Общепризнанного определения пуританизма в британской историографии не существует по сей день. По этой причине многие историки считают нужным дать своё определение пуританизма. Такая ситуация не закрывает путей к взаимопониманию — трудно сформулировать лишь его общее, для всех приемлемое определение, но в целом вполне ясно, где искать пуритан, хотя и тут есть свои нюансы. Как писал П. Мак-Грат, «каждый чувствует, что такое пуританизм, но (а может быть, как раз по этой причине) существует почти столько же «пуританизмов», сколько изучающих его историков».

Пуританами обычно предлагают именовать тех, кто стремился придать церкви Англии облик, в максимальной степени сходный со строем управления и доктриной континентальных кальвинистских церквей. При этом пуритане считали, что следует всемерно бороться за изменение англиканской церкви изнутри и не покидать её ряды. Те из сторонников продолжения Реформации, которые отчаивались изменить строй и обряды англиканской церкви и покидали её, становились в глазах пуритан «сепаратистами» — этот термин используется также и современными историками пуританизма. Спорным является вопрос о том, следует ли включать сепаратистов в ряды пуритан, поскольку обе эти группировки резко порицали друг друга. Основой этих споров были, как считает большинство исследователей, религиозные разногласия, хотя при этом обращается внимание также на различия в социальной базе этих религиозных групп — среди сепаратистов преобладали представители самых неимущих слоев городского населения. Сепаратисты рассматриваются как идейные предшественники индепендентов XVII в., хотя они в целом представляли, в отличие от индепендентов, более низкие социальные группы.

П. Коллинсон отметил, что в эпоху Елизаветы не были распространены абстрактные термины, так что те или иные взгляды часто назывались по имени лица, занимавшего ту или иную позицию. Исследователи обращали внимание на то, что в исторических терминах есть элемент конвенциональности, и за религиозными течениями в Англии XVI–XVII вв. не сразу закрепились их названия. Относительно термина «сепаратизм» есть следы его употребления с 1608 г. До появления термина «пуританизм» в отношении тех, кто был недоволен королевским решением о церковном строе в Англии от 1559 г., употреблялся термин “precisian” (формалист, педант). В определении начала употребления термина «пуританизм» исследователи достаточно единодушны: оно вошло в оборот после того, как архиепископ Кентерберийский Паркер с 1565 г. стал требовать единообразия в облачениях священников, что привело к всплеску дискуссий и размежеванию существовавших в церкви группировок. Несогласных с его распоряжениями и стали называть пуританами, о чём упомянули [церковные историки XVII в. Т. Фуллер и П. Хейлин. Фуллер относил начало употребления термина к 1564 г., а Хейлин к 1565 г., называя пуритан «цвинглианской» или «кальвинистской» фракцией.

Существует мнение, что термин «пуританизм» был впервые употреблен в католических кругах английским католиком-эмигрантом Томасом Стэилтоном в сочинении «Крепость веры», изданном в Антверпене в 1565 г. как эпитет по отношению к английским протестантам, выступившим против ношения традиционных облачений священников. К 1568 г. католики употребляли термин «пуританин» и по отношению к сепаратистам. Первое упоминание термина представителями церковных властей в Англии относится к 1572 г., когда архиепископ Кентерберийский Паркер назвал пуританами радикальных протестантов внутри англиканской церкви, используя в их адрес также и другие выражения: «эти глупые отказники» (recusants), «этот педантичный народ», «формалисты».

Употребление и понимание термина «пуританизм» эволюционировало с течением времени: по мнению А. Симпсона, «он появился как насмешка, затем был принят в самозащите, а в итоге установился как удобное обозначение». X. К. Портер показал, что англиканские авторы в 1560-е гг. быстро дали оценку появлению пуритан в контексте истории западного христианства и связали их с ранее появлявшимися еретическими течениями. Само название «пуритане» (латинское purus (чистый) в переводе на греческий язык, но мнению англиканских апологетов, выявляло идейные корни пуританизма: «чистый» по-гречески «катарос» — катары ранее уже претендовали на совершенство и чистоту в сравнении с другими членами церкви. Идейными соратниками пуритан представлялись анабаптисты, а предшественниками — донатисты, которые настаивали на необходимости личного совершенства священнослужителей и полагали, что в противном случае таинства теряют силу.

Идейное родство с такими далеко не почтенными предшественниками сильно уязвило пуритан и вынуждало их занимать поначалу оборонительную позицию и открещиваться от самого этого имени. Сами же пуритане называли себя в 1560–1570-е гг., да и позднее, «истинным евангелистами» (“true gospellers”), «благочестивыми» (“the godly”), «исповедующими истинную веру» (“professors of true religion”). По словам Л. Сасека, имя пуритан стало почтительным только в ретроспективе: «очень немногие стали бы хвастаться в XVI в., что они пуритане, но теперь многие гордятся тем, что происходят от пуритан».

В период правления Елизаветы английские интеллектуалы, испытавшие влияние Ренессанса, и художественные круги придерживались невысокого мнения о пуританах, считая их любопытными, лезущими в личную жизнь окружающих, глупыми и лицемерными. Часто в связи с этим исследователи приводят реплику одного из персонажей «Двенадцатой ночи» (1601) Шекспира: «Ты что думаешь, если ты добродетельный, не должно больше быть пирогов и пива?». Пуритан обвиняли в провоцировании споров и ссор в вопросах морали, в скупости и стремлении к наживе. В начале XVII в. появились антипуританские пьесы Бена Джонсона «Алхимик» (1610), «Варфоломеевская ярмарка» (1614), где образы пуритан окарикатурены до предела. Еще в XIX в. Т.Б. Маколей писал об отношении пуритан к развлечениям и говорил, что «пуритане ненавидят травлю медведей не потому, что больно зверю, а потому, что зрелище приносит удовольствие зрителям».

Одним из первых свидетельств того, что пуритане начали принимать это прозвище, наполняя его другим содержанием, был выход в 1605 г. в Амстердаме трактата пуританина с сепаратистскими наклонностями Уильяма Брэдшоу «Английский пуританизм». В первой половине XVII в. пуритан называли также «мятежными сектантами», «схизматиками», «круглоголовыми» — привычка коротко стричься отмечалась ещё у сепаратистов в XVI в.

После 1688 г. создались возможности легального существования нонконформизма, и эта религиозная традиция начала обретать своих защитников, в печатном виде пропагандировавших историю движения. К XVIII в. в Англии сгладилась и острота противостояния в религиозных вопросах. Вышедшая в 30-е гг. XVIII в. книга Д. Нила «История пуритан, или Протестантских нонконформистов» содержала уже не отрицательные, а хвалебные отзывы о пуританах, в такой степени, что исследователи называли ее «агиографией». Во второй половине XIX в. Дж. Р. Грин в «Краткой истории английского народа» (1874) уже представлял пуританизм как «одно из самых ценных явлений английской жизни и культуры» и критиковал только пресвитериан за нетерпимость к чужим мнениям.

Характеризуя существующую разницу во мнениях в определении пуританизма, Дж. Морган пишет, что «между такими исследователями, как Дж. Нью, которые находят пуритан диаметрально противоположными «ортодоксальным» членам англиканской церкви, и позицией таких исследователей, как Ч. Джордж, которые видят мало специфики в пуританской позиции и действиях по сравнению с теми, кто принадлежал к англиканской церкви, существует очень широкий спектр».