Первый крупный скандал, связанный с его именем, случился в конце 1993 года, когда Дмитрия Николаевича уволили с поста начальника городской налоговой инспекции. Инициаторами увольнения стали мэр Петербурга Анатолий Собчак и председатель Петросовета Александр Беляев, которым удалось инициировать это увольнение через собственные связи в тогдашнем российском правительстве. Причиной конфликта между генерал-лейтенантом налоговой службы Дмитрием Филипповым и руководством города стало нецелевое использование бюджетных средств, вскрытое питерскими налоговиками. Как писали местные газеты, в свое время Дмитрию Филиппову и его подчиненным удалось обнаружить, что средства, выручаемые Фондом имущества от приватизации различных петербургских предприятий, поступали не напрямую в бюджет, а прокручивались в «Вита-банке» и еще нескольких банковских учреждениях, что является грубым нарушением законодательства. По мнению налоговиков, за всеми этими шалостями стоял лично глава Фонда имущества Эдуард Бурэ. Скорее всего, какой-то интерес к этому делу имел и мэр города Собчак. Иначе как объяснить то обстоятельство, что, узнав о прокрутке бюджетных средств, мэр, вместо того чтобы восстановить справедливость, обрушил свой гнев на доложившего ему об этом налогового генерала? Позже Филиппов восстановился в должности с помощью суда, после чего красивым жестом подал в отставку.

Покончив с государственной службой, Дмитрий Николаевич занялся бизнесом. Он возглавил «Петербургскую топливную компанию» (ПТК), именуемую в кулуарах деловых кругов не иначе как «Тамбовнефтепродукт». Однако долго в этой должности не продержался, потому как привык быть на любом месте работы полновластным хозяином, а в «Петербургской топливной» подлинными хозяевами были совсем другие люди. В ноябре 1996 года в Петербурге случилось убийство генерального директора финансово-промышленной группы «Росско» Сергея Рогова, и Дмитрий Филиппов взял руководство ФПГ в свои руки. Менее года спустя помимо управления группой «Росско» Дмитрий Николаевич одновременно занимал посты председателя совета директоров банка «Менатеп-Санкт-Петербург», ВНИИТМАШ и Тобольского нефтехимического комбината. Вдобавок к этому он числился президентом Лиги предпринимателей Санкт-Петербурга и Ленинградской области, а также руководил собственным благотворительным фондом «Невские берега». Словом, был крут и, по местным меркам, почти всемогущ.

Говорят, что незадолго до смерти Филиппову в течение нескольких недель угрожали по телефону, говорили, что он «приговорен». В ответ на это Дмитрий Николаевич усилил собственную охрану, организованную бывшими кадровыми офицерами ФСБ. Но тут грянул роковой день 10 октября, лишний раз подтвердив печальную истину: от заказного убийства никакая охрана не спасает…

Первоначально существовало несколько основных рабочих версий убийства Филиппова. Как-то: давний конфликт с «Энергомашбанком» по поводу принадлежности здания НИИТМАШа; лоббирование Филипповым интересов НК ЮКОС; прежняя работа в ПТК; причастность к деятельности «Академии национальной безопасности».{ За время существования АНБ, которую патронировал спикер Госдумы Геннадий Селезнев, вокруг этой организации произошло немало криминальных событий. Менее чем через неделю после покушения на Дмитрия Филиппова, бывшего хорошим знакомым Селезнева, совершено покушение на первого вице-президента АНБ, советника Селезнева – Михаила Ошерова. В ноябре 1998 года по обвинению в крупном хищении денег у академии был арестован гендиректор АНБ Александр Забутый. После гибели в ноябре того же года Галины Старовойтовой, которая занималась собственным расследованием деятельности АНБ, сотрудники УБЭПа производили изъятие документов в офисе академии (тогда вскрылись крупные злоупотребления). Наконец, 21 сентября 2001 года в Петербурге застрелили вице-президента академии Олега Тарана.} Однако в конечном итоге на первое место выдвинулась версия, согласно которой былое убийство Сергея Рогова и Дмитрия Филиппова суть звенья одной цепи и связаны с финансовой группой «Росско».

В начале декабря 1998 года министр внутренних дел РФ Сергей Степашин сделал официальное заявление о том, что «дело Филиппова» фактически раскрыто. Примерно в это же время прошла информация об аресте нескольких человек, подозреваемых в организации убийства Дмитрия Филиппова. Среди них депутат Тюменской областной думы, бывший генеральный директор Тобольского нефтехимического комбината Владимир Юдин и его сын Ярослав – один из руководителей московской топливной фирмы «Росферо». Отец и сын были доставлены в Санкт-Петербург и помещены в следственный изолятор «Кресты».

Через несколько недель после ареста Юдиных, 20 января 1999 года, прокуратура города возбудила уголовное дело № 7806 по факту создания неким Айратом Гимрановым банды, руководства ею и участия в ней и совершаемых ею нападениях, по признакам преступления, предусмотренного ст. 209 ч. 1 и 2 УК РФ.

16 февраля с санкции заместителя Генерального прокурора России по данному уголовному делу арестован депутат Законодательного собрания Санкт-Петербурга Юрий Титович Шутов. Помимо Шутова также было задержано двенадцать, а впоследствии еще четверо человек, причастных к деятельности этой банды. Сама операция проводилась в момент подготовки злоумышленниками убийства депутата Государственной думы Вячеслава Шевченко. В ходе задержания из различных тайников сотрудниками милиции извлечено оружие, принадлежащее членам банды: автоматы, помповые ружья, пистолеты, винтовки, боеприпасы, взрыватели для мин, огневые шнуры и более 62 килограммов тротила.

По версии прокуратуры, лично Шутовым в составе банды и членами банды, организованной и возглавляемой им, в 1997–1999 годах был совершен целый ряд особо тяжких и тяжких преступлений. В том числе убийства, покушения и приготовления к ним, разбои, грабежи, похищения людей – всего 25 преступных эпизодов. В частности: в октябре 1998 года – убийство председателя совета директоров ОАО ФПГ «Росско» Филиппова Д. Н.; в июне 1998 года – убийство председателя совета директоров ОАО НИАИ «Источник» Болотовского Н. И.; в феврале 1998 года – убийство заведующего юридической консультацией № 30 Дубовика И. В.; приготовление к убийству председателя совета директоров ЗАО «Петербургская топливная компания» Степанова А. Г.; приготовление к убийству депутата Государственной думы Шевченко В. А.

Из текста «Представления о лишении депутата Законодательного собрания Санкт-Петербурга Шутова Юрия Титовича неприкосновенности», направленного 1 июня 2001 года прокурором города Иваном Сыдоруком в адрес спикера городского парламента, следует, что вина Шутова в совершении убийства Дмитрия Филиппова и в покушении на убийство его охранников подтверждается совокупностью следующих доказательств (позволю себе процитировать их здесь дословно){ Текст «Представления» взят с официального сайта Аркадия Крамарева.}.

…Как следует из показаний обвиняемого Николаева Е. А., летом 1998 г. возле офиса и в офисе Шутова в гостинице «Санкт-Петербург» он неоднократно встречал Юдина В. В. – заказчика убийства Филиппова. Со слов члена банды Федорова Николаеву известно, что задержка с исполнением убийства происходила по вине Юдина, который медлил с передачей денег из-за возникших проблем с акциями. Установленная Шутовым иерархия в банде не позволяла принимать решения самостоятельно не только ее рядовым членам, но и одному из руководителей банды – Гимранову. Вопрос о месте закладки взрывного устройства при подготовке убийства Филиппова – в плафоне в парадной или в электрощите на улице – Гимранов обсудил с Шутовым, и тот не согласился с его мнением, в связи с чем был дан временно отбой. В момент убийства Филиппова Шутов находился в Сочи и постоянно торопил Гимранова с исполнением заказного убийства, о чем Гимранов постоянно сообщал членам банды, задействованным в данном преступлении. Пока убийство Филиппова не было совершено, Шутов в Санкт-Петербург не вернулся. Об исполнении «заказа» Шутову доложил Денисов, связавшись с ним по телефону.