Во главе дворянских сотен стояли сотники, чаще встречающиеся в источниках под именем сотенных голов или просто голов, в отличие от сотников у стрельцов и других приборных служилых людей. С середины XVI в. сотенные головы уже не выбирались местным уездным дворянством или сотней, а назначались Разрядным приказом от имени царя, в экстренных случаях (смерти, ранения, болезни, пленения старого головы) — воеводой, под началом которого находилось оставшееся без командира подразделение. В походных «разрядах» (войсковых росписях) вслед за воеводами и их товарищами указывались поименно головы каждого полка.

Стремясь улучшить организацию поместного ополчения, обеспечить более правильное верстание служилых людей земельным и денежным жалованьем и укрепить в их рядах воинскую дисциплину, правительство Ивана Грозного в середине XVII в. провело реформу вооруженных сил, приняв знаменитое «Уложение о службе 1555/1556 г.». Текст этого документа включен в летописи, где озаглавлен «О рассмотрении государьском». Процитируем его:

«Посем же государь и сея расмотри: которые велможы и всякие воини многыми землями завладели, службою оскудеша, — не против государева жалования и своих вотчин служба их, — государь же им уровнения творяше: в поместьях землемерие им учиниша, комуждо что достойно, так устроиша, преизлишки же разделиша неимущим, а с вотчин и с поместья уложеную службу учини же: со ста четвертей добрые угожей земли человек на коне и в доспесе в полном, а в далной поход о дву конь; и хто послужит по земли, и государь их жалует своим жалованием, кормлении, и на уложеные люди дает денежное жалование; а хто землю держит, а службы с нее не платит, на тех на самих имати денги за люди; а хто дает в службу люди лишние перед землею, через уложенные люди, и тем от государя болшее жалование самим, а людям их перед уложеными в полтретиа давати денгами. И все государь строяше, как бы строение воинству и служба бы царская безо лжи была и без греха вправду; и подлинные тому розряды у царскых чиноначальников, у приказных людей».

Через весь текст Уложения красной нитью проходит следующая главная мысль его составителей: прямое и самоотверженное исполнение долга служилыми людьми должно быть вознаграждено щедрым земельным и денежным жалованьем со стороны государя. Соответственно этому нерадивые и неисполнительные воины должны нести заслуженное наказание и прежде всего выплачивать за свою провинность значительные денежные штрафы, размер которых вдвое превышал сумму, полагавшуюся за исправную службу. Например, за каждого не выставленного «уложенного» человека в доспехе взималось 4 руб., в тегиляе — 2 руб. В случае представления на смотр или в походное войско лишних людей служилому человеку добавлялось жалованье, а «избыточные люди» получали денежное довольствие в «полтретья», т. е. в 2,5 раза больше. Правительство последовательно проводило эти решения в жизнь, не считаясь ни с денежными расходами, ни с обидами знатных лиц.

В 1604 г. Уложение было дополнено Соборным приговором о введении правил посылки ратных людей в походы. Приговор гласил: «Повелехом, отныне и впредь вседы: кто колико поместей и отчин имеет, а сам коея ради вины на войну не идет, хоша старости или болезни для, или в приказех и городех судейства и управления ради быти сам не может, ни сына пошлет, тому слати холопа от двусот четвертей с конем, с полным доспехом и запасом, коему граду куды идти велено будет; а будет у коего недостаток или лишек в четвертях по мерным вскормленным книгам, и тем складываться и посылати по жеребью; а которые за ранами и увечьем из полков отпустятся, и которые в полону будучи. Выдут, и тех оставляти в домех на два лета и холопей им не посылати; а которых вдов мужи, а детей малых отцы убиты на войне или в плене держатся, ино тех по тому же два лета не посылати». Уклонившимся от службы грозило наказание — лишение земельного владения: «А которые имеют поместья и отчины, и сами или их дети не в войске и холопей не пошлют, и сысчется про то допряма, что они огурством не пошлют, и у тех со сколких четвертей службы не будет, толико четвертей взяти и отдати безпоместным и малопоместным, кои служат, детем боярским и иных чинов людем». Особо были оговорены меры в отношении церковных властей, по-видимому, не стремившихся к участию в военных предприятиях государства. Из текста договора видно, что иерархи и монастыри не посылали «холопей годных в службу» или высылали их «без доспеха и харчей». За это с них взыскивали по 15 руб. за невыставленного в полки человека. Самих монастырских военных слуг велено было писать в стрельцы «без пощады». Составителями документа было подчеркнуто, что на службу необходимо выставлять «гожих» людей. В том случае, если у архиереев или монастырей таких слуг не было, правительство соглашалось принять от них деньги по гривне с четверти (10 руб. со 100 четвертей) «и давати те денги служилым людем, коли война есть; а коли войны ни откуда же, ино людей и денег не брати».

Первоначально собранными в городах дворянскими сотнями и отрядами командовали выборные головы из их среды. Вскоре после принятия Уложения о службе 1555/1556 г. была осуществлена замена выборности голов назначением их центральным военным ведомством и включение сотенных голов в официальные «разряды». Эти мероприятия имели большое значение, способствуя укреплению порядка в войсках и повышению боеспособности армии в целом. Назначение голов Разрядным приказом устраняло своеволие полковых воевод, снижало значение родственных связей и уездных корпораций дворян и детей боярских. При указном способе назначения голов во внимание принимались не только родовитость, но и знание или опыт в военном деле, что повышало авторитет головы и придавало сотне большую самостоятельность.

Вышесказанное относится к сбору на службу и выступлению в поход дворянского ополчения. Служилые люди по «прибору» (прежде всего стрельцы и казаки) являлись в походное войско в составе своих подразделений (иногда — сводных сотен и приказов), с собственными командирами, которые начальствовали над ними в мирное время во время гарнизонной службы. На время похода стрельцы, казаки и пушкари, равно как и посошные люди, распределялись по полкам поместного ополчения, усиливая их, но не изменяя принципов организации войсковых частей.

В XVII в. управление вооруженными силами усложнилось. Как и прежде, вооруженными силами, их сбором, снаряжением и подготовкой к боевой деятельности ведали многочисленные приказы. Число их по сравнению с XVI в., заметно выросло. Сохранив большую часть старых военных приказов, правительство создало множество новых учреждений, в результате чего распределение функций между ними становилось более сложным и запутанным. Многие из новых приказов, не оправдывая своего назначения, ликвидировались, а их функции передавались другим ведомствам.

В конце XVI в. был создан Иноземский приказ, о котором сообщалось в «Записке о царском дворе, церковном чиноначалии, придворных чинах, приказах, войске, городах и проч.», составленной около 1610–1611 гг. в Москве для царевича Владислава. Запись об этом ведомстве была краткой и гласила: «Приказ Иноземцов, где их ведают всех». Изменения в системе управления вооруженными силами особенно бурно протекали в XVII в. После Смутного времени возникают Казачий приказ (не позднее апреля 1613 г., иногда именовался Казачьим разрядом) и Панский (1614 г.; с 1623 г. получил название Иноземского) приказы. Появление драгун вызвало попытку учреждения Приказа драгунского строя, упоминавшегося с 1646 г. Для руководства полками рейтар и копейщиков в 1649 г. учредили Рейтарский приказ, разделивший свои функции организации службы конных полков «нового строя» с Разрядным, Иноземским и областными приказами.