Первая известная запись разрядного типа сохранилась в Московском летописном своде конца XV в., в рассказе о походе великого князя Ивана III на Новгород в октябре 1477 г. Летописец, воспользовавшись не дошедшими до нас документами (в разрядных книгах эта запись отсутствует) подробно, по полкам, перечислил выступающих на войну московских воевод. Роспись военачальников была сделана и для Вятского похода 1489 г., она также не сохранилась в официальных разрядных книгах. В. И. Буганов полагал, что разрядные записи стали вестись с 1460-х гг., так как в местнических спорах о событиях более раннего времени использовались не документы великокняжеской канцелярии, а показания авторитетных лиц.

В ходе войн второй половины XV в. русским войскам приходилось действовать на разных направлениях, в поход выступало несколько ратей, обязанных действовать согласованно, поэтому рано или поздно должно было возникнуть ведомство, занимавшееся планированием и осуществлением военных операций. На его деятельность проливает свет, сохранившийся в разрядных книгах фрагмент наказа, посланного в 1482 г. из Москвы стоявшим в Нижнем Новгороде воеводам Ивану Василевичу Булгаку, Семену Ивановичу Молодому Ряполовскому и Ивану Юрьевичу Шаховскому. Он представляет собой указание (по определению Ю. Г. Алексеева, «директиву главного командования») названным воеводам идти на Казань и действовать против противника в «лехких судах», видимо, для устрашения его. Какой именно орган координировал тогда действия русских воевод, неясно, однако функции его соответствовали функциям будущего Разряда, возможно, именно так он и назывался, являясь структурным подразделением Дворцовой избы.

В первой половине XVI в., (не позднее 1527 г.) Разряд превращается в самостоятельное ведомство со своим штатом сотрудников — разрядными дьяками и подьячими. Первыми известными нам разрядными дьяками были Елизар Цыплятев, Афанасий Курицын и Григорий Загряжский. И. И. Вернер связывал окончательную трансформацию Разряда в учреждение приказного типа с русско-литовской войной 1512–1522 гг., происходившей в правление великого князя московского Василия III. Историк полагал, что относить существование Разрядного приказа к более раннему времени рискованно из-за полного молчания разрядных росписей и отсутствия «воеводских наказов об этом учреждении, что было бы трудно допустить, если бы Разряд как учреждение уже существовал в то время».

Разрядный приказ ведал всем кругом вопросов, относящихся к организации обороны страны, и руководил подготовкой военных операций. Он распределял служилых людей по отечеству — дворян и детей боярских на службу по военному, гражданскому и дворцовому ведомствам, вел списки всех дворян по городам с уездами, так называемые «десятни». В своей деятельности Разрядный приказ взаимодействовал с другими ведомствами, в числе функций которых были и военные дела: Пушкарским, Стрелецким, Поместным, Бронным, Иноземским, Земским, Большого Прихода, Казанским, Мещерским, Оружейным, Конюшенным, Городовым, Засечным, Каменных дел, Житным, Посольским, Челобитным и Ямским приказами. В XVII в., помимо большинства указанных ведомств, разрядные дьяки работали в тесном контакте с приказами Рейтарским, Ствольным, Казачьим, Панским, Приказных дел[35], Сбора даточных людей, Хлебным, Полковых солдатских и стрелецких разборных дел, Драгунского и солдатского отпуска, Городового дела, Денежного и хлебного сбору, Сбора немецких кормов, Сбора пятинных и запросных денег, Сбора десятой деньги и Сибирским, а по мере надобности и с другими, в том числе четвертными приказами. Некоторыми особенностями отличалось военное управление Средним и Нижним Поволжьем, и Приуральем. Назначением в эти местах воевод (полковых и городовых) ведал не Разряд, а Приказ Казанского дворца.

Накануне похода из Разряда в города на имя воевод и приказных людей рассылались царские грамоты с предписанием всем назначенным идти на войну дворянам и детям боярским готовиться к выступлению. Собраться на «государеву службу» и прибыть на сборный пункт к назначенному времени они должны были «с людми и конми и с доспехом». Подготовленные служилыми людьми продовольственные запасы отправлялись к месту общего сбора раньше, как правило, по зимнему пути.

Из своих городов дворяне и дети боярские выступали с присланным из Москвы «сборщиком», имевшим на руках полученный в Разряде список подлежащих мобилизации служилых людей. Отобранные для участия в походе служилые люди сразу же должны были сообщить сборщику сколько они берут с собой боевых холопов и обозной прислуги. Точно так же через городовых воевод или особых сборщиков, посылаемых Разрядом, происходил сбор посошных людей с указанием, где и когда посошные должны «стати» на службу. В Стрелецкий и Пушкарский приказы из Разряда посылались памяти с запросом — какое число стрельцов, казаков и служилых людей к «наряду» будет направлено в собиравшееся в поход войско.

Одновременно с рассылкой по городам указов о сборе ратных людей в поход происходило назначение от имени царя и Боярской думы (с обязательным объявлением через Разрядный приказ и записью в разрядных книгах) главнокомандующего, других военачальников и их помощников. Большой воевода (командующий войском) и подчиненные ему полковые воеводы назначались, как правило, из бояр и окольничих, их товарищи и сотенные головы — из дворян Государева полка.

В конце XV в., по сообщению Г. Перкамоты, время сбора войска в поход не превышало 15 дней.

Вместе с назначением большой воевода получал из Разрядного приказа царский наказ. В нем содержалась важнейшая информация. Помимо прочего командующему сообщалось: с кем предстоит вести войну, из каких городов и уездов служилым людям назначено участвовать в походе, когда и где собираться отдельным полкам и всему войску, когда начинать наступление или где ожидать подхода неприятельской армии, кто должен командовать отдельными полками, «нарядом» и «гуляй-городом» («обозом»), заведовать раздачей жалованья и всяких запасов. В наказе содержался маршрут движения отдельных полков и всего войска, сообщался примерный план военных действий.

Помимо наказа главному военачальнику (большому воеводе) вручался «разряд» (войсковая роспись ратных людей и воевод по полкам); для разбора сведений, поступающих командующему из Москвы и от других воевод, от разведывательных отрядов в армию назначались дьяки «с разрядом» или «у разряда». Эти дьяки вместе со своими помощниками — подьячими — составляли штаб войска, получивший в середине XVI в. название «разрядного шатра». Полковые воеводы получали особые наказы, в которых указывались состав полка, его маршрут, функции назначенных к ним под командование младших воевод, имена сотенных голов, число приданных стрельцов и казаков и т. п.

Получив назначение, письменные наказы и «разряды», воеводы с товарищами разъезжались к месту сбора полков. В городе, где была назначена встреча войск, большой воевода производил смотр прибывающим туда ратным людям. Он тщательно осматривал вооружение поступающих под его команду воинов, их амуницию и боевых коней, уточнял состав полков, собирал показания от окладчиков о состоянии и поместьях каждого дворянина и сына боярского, и особо о «нетях» — не явившихся на службу служилых людях и т. п. Все распоряжения большого воеводы записывались дьяками и хранились в разрядном шатре. Составленный тогда же список «естям» и «нетям», с росписью всех по статьям срочно отсылался на царское имя в Разрядный приказ. В свою очередь полковые воеводы расписывали дворян, детей боярских и их людей по сотням, для «кошевой» (обозной) службы, разных «подъездов» (разъездов, посылок и других ответственных поручений). Для исполнения срочных поручений («для всякого дела в розсылку») каждому воеводе придавалось 20 «ясаулов», «молодцов добрых», несших вестовую службу.