Дабы установить порядок в этой огромной дорожно-транспортной системе, ГАДУ в конце 1941 года и в 1942 году подразделило ВАДы на отдельные участки дорожных комендатур, каждая из которых состояла из конкретного (но различного) числа отдельных дорожных комендантских рот, в задачу которых входило регулирование движения на этих военных дорогах. Эти дорожные комендантские роты использовали для управления потоком двустороннего движения личный состав из бригад регулировщиков и полков дорожной службы (эксплуатационных) ГАДУ, развернутых главным образом в точках регулирования движения.[721]

8 мая 1942 года ГКО для повышения эффективности своих автотранспортных, дорожно-строительных и ремонтных войск приказал НКО учредить новое Главное управление автотранспортной и дорожной службы Красной Армии (ГУАДСКА),[722]а также соответствующие автотранспортные управления и отделы дорожной службы и ремонтных баз в составе действующих фронтов и армий. Новое управление ведало всеми войсками и задачами автотранспортной и дорожной службы. 12 мая в него были включены ГАДУ и все связанные с ним управления и отделы во фронтах и армиях, как и ряд управлений НКВД, ведавших дорожными службами и базами.[723]В результате этой реорганизации ГУАДСКА в 1942 и 1943 годах смогло обеспечить от трех до шести отдельных автомобильных транспортных батальонов для каждого из действующих фронтов, а также один-два батальона для каждой армии.

В начале 1943 года НКО возложил на ГУАДСКА ответственность за восстановление и ремонт всех военных дорог, а поднятое в статусе Главное автодорожное управление ГУАДСКА развернуло часть своих автотранспортных батальонов до полных полков, придав каждому такому полку по учебному батальону.

Свои усилия по реформированию дорожной службы ГКО увенчал 9 июня 1943 года, когда по его приказу ГУАДСКА было подчинено начальнику тыла Красной Армии, при этом созданы соответствующие дорожные управления и отделы во фронтах и армиях. Приказом НКО от 17 июля ГУАДСКА было разделено на две части: Главное автомобильное управление Красной Армии и Главное дорожное управление Красной Армии. Хотя они выполняли совершенно разные задачи, оба главных управления тесно сотрудничали до самого конца войны.

В ходе этой июньской перестройки НКО начал также формировать дополнительные автомобильные бригады, по одной для каждого действующего фронта. Эти бригады состояли из трех полков, имеющих до шести батальонов каждый, а в ряде случаев — несколько отдельных автомобильных батальонов. В то же самое время НКО повысил статус автомобильных учебных батальонов, создав в составе каждого фронта учебные полки трех-батальонного состава и придавая каждому действующему фронту и армии отдельный авторемонтный батальон. К этому времени в каждую полевую армию входило от двух до трех автотранспортных батальонов.[724]

В 1943 году НКО также усовершенствовал систему военных дорог. Сначала он организовал развертывание на ВАД многочисленных отдельных отрядов,[725]обязанных выполнять дорожные работы на конкретных участках дорог. В июне многие из более старых и неповоротливых эксплуатационных полков дорожной службы были заменены численно более крупными и лучше организованными батальонами дорожной службы. Таким способом НКО смог создать к 31 декабря 1943 года намного более обширную и эффективную структуру автомобильных, дорожно-строительных и ремонтных войск. Массовое расширение дорожной службы Красной Армии в 1943 году и на протяжении остального периода войны стало возможным в большой степени благодаря все более щедрому потоку грузовиков поставляемых Советскому Союзу по программе ленд-лиза (см. об этом ниже).[726]

Накануне войны в состав Красной Армии входили специальные строительные войска (правильнее — трудармии), которые отвечали за строительство и ремонт военных объектов и гражданских сооружений смежного назначения. Подчиненные Главному управлению оборонительного строительства НКО (ГУОС),[727]эти строительные части и их техника находились под оперативным руководством 23 управлений начальников строительства (УНС),[728]приданных на 22 июня 1941 года военным округам и армиям. В свою очередь, эти УНС подразделялись на 138 отдельных строительных участков, ПО из которых были развернуты в западных военных округах. Каждый такой участок имел несколько военно-строительных и саперных батальонов, а также группу специалистов технической поддержки.[729]Кроме того, накануне войны два УНС и три отдельных военно-строительных участка находились в прямом подчинении Совета Народных Комиссаров СССР.

В дополнение к этой официальной структуре строительных войск Красная Армия имела большое количество спешно сформированных строительных батальонов, колонн и отрядов, которые она использовала для строительства оборонительных рубежей, а также прочих сооружений военного и гражданского назначения. Созданные, как правило, на временной основе, эти подразделения комплектовались в первую очередь личным составом из неславянских этнических и религиозных меньшинств, которые считались политически слишком ненадежными для выполнения боевых задач. Эти специальные строительные войска включали в себя как мужчин, так и женщин, многие из которых либо еще не достигли обычного призывного возраста, либо давно миновали его. На протяжении войны более 330 таких частей участвовали в оборонительном строительстве, в том числе свыше 100 — в армии, 60 — во флоте и 100 — в военно-воздушных силах.

В то время как отдельные строительные батальоны обеспечивались административным и техническим штатом за счет инженерных и строительных служб Красной Армии, строительные колонны состояли только из рабочих, которых обычно призывали здесь же. Армейские автомобильные отряды, автомобильные колонны, отряды тяжелых механизмов, а также гражданские автоколонны и отряды обеспечивали строительные войска транспортом и другой механизированной техникой.