Наступление войск Крымского фронта окончилось неудачно, немецкие войска перешли в наступление. В этот период командование флотом усилило воинские перевозки в Севастополь. 11 марта «Красный Крым» в охранении эсминца «Свободный» доставил из Поти в Севастополь 180 т снарядов и мин. Выгрузив боезапас, крейсер в охранении эсминца «Шаумян» в тот же день вышел из Севастополя, имея на борту 246 раненых и четыре тела 305-мм орудий для линкора «Парижская Коммуна» (общий вес 208 т). Вечером 12 марта корабли прибыли в Поти.

16 марта на корабль было погружено 165 т боеприпасов, 20 т продовольствия, 150 аэростатов заграждения, и 293 бойца и командира. В 17.40 крейсер с эсминцем «Незаможник» вышли из Поти в Севастополь, конвоируя танкеры «Серго» и «Передовик». 18 марта конвой 11 раз атаковали бомбардировщики и 1 раз торпедоносцы. Корабли вели интенсивный зенитный огонь. Всего на корабли и транспорты было сброшено 50 бомб, но ни одна в цель не попала. 19 марта в 1.30 корабль прибыл в Севастополь, где на него погрузили четыре ствола 305-мм орудий. В 20.30 с эсминцем «Незаможник» крейсер вышел из Севастополя в Поти.

Кормовые орудия крейсера «Красный Крым», 1943 г.

Почти непрерывные походы полными ходами в течение года, сказались на состоянии механизмов. С 25 марта по 23 апреля 1942 г. крейсер ремонтировался в Батуми.

С 24 апреля по 1 мая «Красный Крым» совершил два рейса в Севастополь, доставил 130 т боеприпасов, 2500 человек пополнения и вывез 90 раненых и 100 эвакуированных. На переходах и при стоянке в главной базе он отражал налеты немецкой авиации.

Всего за период с 22 июня 1941 г. по 1 мая 1942 г. «Красный Крым» при отражении атак авиации израсходовал 1336 100- мм и 2288 45-мм снарядов.

8 мая противник начал наступление на Севастополь. Главком Северо-Кавказского направления приказал командующему флотом: «…Крейсеру «Красный Крым» после погрузки с двумя эсминцами не позже 10 мая выйти из Новороссийска в Севастополь»…». 11 мая днем крейсер с эсминцами «Дзержинский» и «Незаможник» вышел из Поти и утром 12 мая прибыл в Новороссийск. Приняв пополнение для Приморской армии, они в 20.00 вышли в Севастополь. 13 мая в тумане корабли следовали вдоль Анатолийского побережья, а затем повернули на север, и подошли к входной точке фарватера. В полночь они застопорили машины до улучшения видимости. Только в 19.50 14 мая «Красный Крым» вошел в главную базу, доставив 2000 бойцов и командиров и 80 т боеприпасов. Из-за густого тумана крейсер, как и другие корабли, прибывшие в Севастополь, не мог до 19 мая выйти из бухты. 19–20 мая, крейсер, приняв 473 раненых с эсминцем «Незаможник» перешел из Севастополя в Туапсе, а затем в Поти.

«Красный Крым» в Поти, 1943 г.

2 июня «Красный Крым», приняв маршевые роты, вооружение, боезапас и продовольствие, в сопровождении эсминцев «Сообразительный» и «Свободный», вышел из Новороссийска и ночью 3 июня прорвался в Севастополь. 4 июня, приняв 275 раненых и 1998 эвакуируемых, в 2.00 корабли вышли из Севастополя и утром 5 июня прибыли в Туапсе.

В 1942 г «Красный Крым» чаще других кораблей эскадры привлекался к перевозкам воинских пополнений и грузов в блокированный Севастополь — с февраля по май он семь раз прорывался в главную базу.

За смелые и решительные действия при высадке десантов в Григорьевку, Феодосию и Судак, за мужество и героизм личного состава, проявленные в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками, 18 июня 1942 г. приказом Наркома ВМФ № 137 экипаж крейсера «Красный Крым» был удостоен гвардейского звания.

«Красный Крым» в Поти, август 1943 г.

22 июня «Красный Крым» перешел из Поти в Туапсе, для очередного похода в Севастополь. Однако командованию флота уже стало ясно, что крейсера не смогут прорываться в осажденный город.

26 июля в день Военно-Морского флота контр-адмирал Н.Е. Басистый вручил кораблю гвардейский флаг. Флаг принял командир корабля капитан 1 ранга А.И. Зубков.

В конце июля 1942 немецкие войска перешли в наступление на Северном Кавказе. Создалась угроза прорыва 17-й немецкой армии к Черному морю в районе Новороссийска. Началась эвакуация города. С 5 по 17 августа, «Красный Крым» совершил четыре рейса, доставляя из Новороссийска в Батуми эвакуируемых и ценные грузы, а в Туапсе части 32-й гвардейской стрелковой дивизии.

В период с 28 августа по 6 октября 1942 крейсер прошел текущий ремонт.

В середине октября 1942 г. войска противника перешли в наступление в районе Туапсе. 21 октября «Красный Крым» с эсминцами «Беспощадный» и «Сообразительный» доставили из Поти в Туапсе 3350 бойцов, 11 орудий и 47 минометов. 2 декабря «Красный Крым» в сопровождении эсминца «Незаможник» доставил из Батуми в Туапсе части 9-й горно-стрелковой дивизии.

«Красного Крыма» во главе флота входит в Севастополь, ноябрь 1944 г.

«Красный Крым» участвовал в десантной операции в районе Южной Озерейки, в составе отряда прикрытия. Утром 3 февраля 1943 г. отряд вышел из Батуми и двигался на запад, чтобы дезориентировать противника, а затем повернул в район операции. 4 февраля в 2.16 отряд подошел к району высадки и лег на боевой курс. В 2.35 «Красный Крым» открыл огонь по Озерейке. Израсходовав 598 130-мм и 200 100-мм снарядов, в 3.05 корабль прекратил огонь. Закончив обстрел берега, крейсер лег на курс отхода. 5 февраля в 10.50 «Красный Крым» прибыл в Батуми.

В апреле 1944 г. А.И. Зубков был назначен командиром крейсера «Мурманск» преданного США в счет репараций. Командиром «Красного Крыма» становится капитан 1 ранга П.А. Мельников.

С 15 мая по 17 августа 1944 г. крейсер прошел плановый ремонт в Поти. При этом был применен метод неполного докования в 5000-тонном доке. Длина носовой консоли корабля составила 33,6 м, угол дифферента плавдока — 3°. Находившийся в доке крейсер посетил нарком ВМФ адмирал Н.Г. Кузнецов.

«Красный Крым» в Южной бухте Севастополя, 1944 г.

В ноябре 1944 г. эскадра Черноморского флота перебазировалась в Севастополь. 4 ноября в 9.00 крейсер вышел из Поти вместе с линкором «Севастополь» в охранении пяти эсминцев и 8 катеров «больших охотников». 5 ноября в 8.00 корабли соединились со вторым отрядом — два крейсера и три эсминца. В 8.50 на флагмане был поднят сигнал «Красному Крыму» быть головным». Крейсер полным ходом обошел линкор и стал во главе эскадры. В 12.50 носовая 100-мм установка крейсера сделала первый салютный выстрел, он первым из кораблей эскадры вошел в базу и в 13.07 стал на бочку.