Поместная реформа не только спровоцировала хозяйственный кризис, дала толчок к развитию крепостничества, но и не решила задачи, ради которой она и затевалась, — создание системы формирования боеспособных вооруженных сил. Поместье, как правило, не обеспечивало помещика всем необходимым для несения воинской службы — лошадьми, экипировкой, оружием, да и сам он чаще всего оказывался не готов к тяготам воинской службы, не имея ни необходимых навыков, ни желания рисковать жизнью и здоровьем на государевой службе. Повидавший много европейских армий, профессиональный вояка Жак Маржерет уничижительно отзывался о московском поместном войске: «множество всадников на плохих лошадях, не знающих порядка, духа или дисциплины и часто приносящих армии больше вреда, чем пользы». А вот неутешительные итоги смотра Новгородского разрядного полка в 1663 году: «Новгородцев бодрых треть, а две доли бедны; и добрые малоконны, а бедные все бесконны».

Другой острейшей проблемой, которую правительство безуспешно пыталось решить, стало нетство — уклонение от службы, неявка по призыву. Уже с середины 70-х годов XVI века, то есть спустя 20 лет после начала реформы, нетство и дезертирство в русском войске приобрели массовый характер. Поражение России в Ливонской войне в немалой степени объясняется этим обстоятельством. Проходит столетие и во время восстания Разина воевода Ю. А. Долгорукий сообщает царю Алексею Михайловичу неутешительные вести: «На воров малыя посылки посылать опасно, а многолюдную посылку послать — и у нас малолюдно: стольников объявилось в естях 96 человек, а в нетях — 92, стряпчих — в естях 95, а в нетях 212, дворян московских — в естях 108, а в нетях — 279, жильцев — в естях 291, а в нетях 1508 человек». Получается, что в среднем число нетчиков в 3,5 раза (!) превышает число добросовестных служак. И в это в разгар крестьянского восстания, грозившего большими бедами самому сословию помещиков.

Царь Феодор Иоаннович и глава его правительства Борис Годунов старались исправить ситуацию, защищая интересы мелких служилых землевладельцев. Однако власть боролось не с причинами кризиса, а с его последствиями: крестьяне бегут — значит, надо прикрепить их к земле. В 1592/93 и 1597 годах появились указы, после которых земледельцы оказались закреплены за своими господами писцовыми книгами и другими правовыми документами и не могли более на законном основании покидать своих хозяев. В грамоте Феодора Иоанновича от июля 1595 года говорится, что «ныне по нашему указу крестьяном и бобылем выходу нет». Другой указ царя Феодора, изданный в ноябре 1597 года, хотя и не содержал пункта, формально упразднявшего Юрьев день, но подтверждал право землевладельцев на розыск беглых крестьян в течение пяти урочных лет: «Которые крестьяне из поместий и отчин выбежали до нынешнего года за пять лет, на тех суд давать и сыскивать накрепко». Современные исследователи отмечают, что закрепощающий характер носила вся политика правительства, начиная с 80-х годов XVI века. Значение же указа 24 ноября 1597 года в том, что это был первый официальный документ, установивший урочные годы для сыска крестьян.

Инициатором закрепощения, по мнению современников, являлся Борис Годунов. В марте 1607 года царь Василий Шуйский обсуждал с собором, что при Иване Грозном «крестьяне выход имели вольный; а царь Федор Иванович, по наговору Бориса Годунова, не слушая совета старейших бояр, выход крестьяном заказал…». Известно недоброжелательное отношение Шуйского к Борису Феодоровичу. Но С. М. Соловьев соглашается с тем, что «Годунову… выгодно было опираться на духовенство и на мелких служилых людей, которых он старался привлечь на свою сторону уступками, поэтому имеем право принять известие, что Годунов содействовал этой сделке между выгодами духовенства и мелких служилых людей».

В 90-е годы XVI века страна начала потихоньку приходить в себя после изнурительной Ливонской войны и опричного разгула. В этой ситуации крепостнические указы могли принести кратковременный стабилизирующий эффект. Но тут вмешался несчастный случай или, как выразился современник Смуты Авраамий Палицын, «излиание гневобыстрое бысть от Бога». Чудовищный неурожай 1601 года повлек за собой голод, который терзал страну три года подряд, заставив все население страны прийти в движение. Крестьяне целыми семьями покидали насиженные места и отправлялись на поиски пропитания. Царь Борис, понимая, что в таких условиях закрепощение теряет смысл, отреагировал восстановлением Юрьева дня. Более того, царь строго предупреждал землевладельцев о неукоснительном соблюдении указа, настаивая на том, чтобы «крестьян из-за себя выпускали со всеми их животы безо всякой зацепки». «А кто учнет крестьян грабити и из-за себя не выпускати, и тем от нас быти в великой опале», — грозил ослушникам Борис Федорович.

По мнению В. И. Корецкого, реализация годуновских указов 1601–1602 годов на практике приводила к запустению поместий служилой мелкоты, крестьяне которых перебирались к их более предприимчивым и зажиточным соседям. Борис Годунов, в демагогических целях, вставляя в указ слова о крестьянском выходе «от налога и продаж» для порицания насилий, чинимых над крестьянами их господами, жестоко просчитался. В накаленной обстановке осени 1601 года селяне истолковали подобное заявление царского указа в буквальном смысле слова и перестали платить государственные налоги. Кроме того, данные указы внесли страшную путаницу в судопроизводство. Да и не с руки было царю ссориться со служивым сословием, уязвленным популистскими маневрами правительства. Видимо, по этим причинам уже в 1603 году Годунов снова отменил Юрьев день. На этот раз окончательно.

Владельцы мелких поместий испытали губительные последствия голода 1601–1603 годов в той же мере, что и крестьяне. Если в начале XVI века помещики были хорошо обеспечены землей и несли службу в тяжеловооруженной коннице, то на исходе столетия в России появился и получил широкое распространение новый социальный персонаж — пеший сын боярский с пищалью. Именно в гарнизонах южных крепостей несло службу большое число пеших детей боярских. После известий о появлении Самозванца в июне 1604 года Годунов ввел новые нормы поставки воинских людей — значительно облегченные в сравнении с нормами указа о службе 1555–1556 годов. Но своей цели — привлечь на свою сторону служилых людей — указ не достиг. Помещики ответили массовой неявкой на сборные пункты.

Как мы видим, любые, даже благие замыслы Годунова приводили к губительным результатам. Ко времени вступления Лжедмитрия в московские пределы и служилые землевладельцы, и крестьяне были доведены до крайней степени истощения и имели веские основания ненавидеть существующий режим во главе с Борисом Годуновым.

Особую остроту социально-экономические противоречия приобрели в южных землях Московской Руси. Именно сюда на свободные от помещиков земли направлялась основная масса беглых селян. Благодаря этому в 80-е годы XVI века, в то время как центр страны парализовал хозяйственный кризис, на юге наблюдались приметы экономического оживления. Еще в начале 90-х годов по степени закрепощенности юг отставал от центра. Однако правительство словно стремилось наверстать упущенное, что выразилось в стремительных, куда более чем высоких, чем в центральных регионах, темпах прикрепления крестьян к земле. По мнению В. И. Корецкого, в этом заключалось основное противоречие, породившее крестьянскую войну. «Более высокий уровень экономического положения крестьян южных уездов заставлял их с особой болезненностью относиться к неумолимо надвигавшемуся с севера крепостничеству».