События Смутного времени привели к значительному сокращению численности терского казачества, в XVII в. объединившегося в сравнительно немногочисленное Терское казачье войско. Если в 1638 г. «вольных атаманов и казаков, которые живут на Терке-реке» значилось 356 человек, то уже в 1651 г. там было 440 терских и гребенских атаманов и казаков.

Ситуация, складывавшаяся в районах поселения вольных казаков, привлекала пристальное внимание в Москве. Правительство прекрасно понимало сложность положения на Дону и других казачьих реках, где находились как сторонники, так и противники сближения с Русским государством, опасавшиеся распространения московских порядков на свои юрты. Серьезно осложняли отношения их «воровские» (разбойные) действия казаков в пределах Московского государства, особенно в Поволжье, а также их нападения на Большую Ногайскую орду, находившуюся в союзе с Россией. Поэтому у царских властей сохранялось настороженное отношение к казачьей вольнице, приводившее порой к враждебным акциям против нее.

В 1574 г. Иван Грозный в ответ на жалобы ногайского князя на умножившиеся разбойные нападения на его владения вольных людей предложил ему своими силами уничтожить донских казаков, которые «не по нашему велению на Дону живут». Тогда же воеводам пограничных городов предписывалось казнить всех объявившихся в их крепостях казаков. В правление царя Федора Ивановича отношение к донцам несколько изменилось. 31 августа 1584 г. от его имени на Дон была отправлена грамота, адресованная «донским атаманам и казаком старым и новым», со следующим предложением: «как воинские люди крымские и нагаи пойдут войною на наши украины, или какие воинские люди пойдут с полоном с наших украин, и вы б в те поры на тех людей на перевозех приходили и над ними промышляли а нам тем служили. А мы вас за вашу службу жаловати хотим, а ныне есмя к вам свое жалованье, которым ходили атаманы и казаки под Калмиус, послали с Борисом с Благим, селитру и свинец, а вперед вас своим жалованьем хотим жаловати». В 1592 г. русскому правительству удалось договориться с Низовым войском Запорожским о совместной борьбе с крымскими татарами, пообещав выплачивать им денежное и хлебное содержание. Периодически царское жалованье получали также запорожцы, волжские, терские и яицкие казаки.

Отношения русского правительства с вольными казаками вскоре вновь испортились. В конце XVI в. правительство предприняло попытку взять юрты донских казаков под свой постоянный контроль. На требование Москвы государевым «делом промышлять» под началом головы Петра Хрущова донцы ответили категорическим отказом, заявив, что «прежде сево мы служили государю, а голов у нас не бывало, служивали своими головами. И ныне де рады государю служить своими головами, а не с Петром». По сообщению летописца, «казакам от царя Бориса было гонение велие: не пущали их ни на какой город, куды они не придут, и их везде имаше и по темницам сажаху».

В конце XVI в., из-за бегства населения из центральных районов страны на окраины, ряды казачества стали быстро пополняться. Если в первой половине 1590-х г. обшая численность донского казачества едва превышала 2 тыс. человек, то на рубеже XVI и XVII столетий, как предполагает Н. А. Мининков, численность так называемого Главного войска, размещавшегося в городках Нижнего Дона составляла уже не менее 5–6 тыс. человек. При этом следует учитывать, что значительная часть донского казачества, проживавшего в поселениях выше Раздор и по притокам Дона, не входила в это объединение. С мнением Миненкова можно согласиться. Известно, что в годы Смутного времени казачьи отряды, действовавшие на территории Московского государства, насчитывали не одну тысячу человек «вольных казаков». К ним примкнуло («показачилось») немало крестьян, посадских и служилых людей. Отряды донских, терекских и яицких казаков служили самозванцам и даже интервентам, участвовали во многих мятежах начала XVII в. Тем не менее, правительство знало о имевшемся несогласии в казачьей среде и склонно было поддержать казаков, которые оставались в своих городках, продолжая оберегать русские «украйны». Дважды, в 1606 и 1608 гг. на Дон направлялось царское жалованье. Выплата его прекратилась только в 1609 г., после окружения Москвы войсками Лжедмитрия II и начала польско-литовской интервенции и возобновилась сразу же после избрания на царство Михаила Федоровича Романова.

Войско Донское окончательно сформировалось уже после Смутного времени, при деятельной поддержке Москвы. Правительство помогало процессу объединения, рассчитывая, что он облегчит контроль за донской вольницей. В грамоте от 18 марта 1614 г., при обращении к казакам, содержится характерная запись «все наше войско нижних и верхних юртов и запольных речек». В том же году на Дон было прислано царское знамя. С 1613 г. началась посылка казакам регулярного жалованья. В первой половине XVII в., по разным причинам, оно не выплачивалось лишь в 1618, 1620, 1625–1627, 1629–1631, 1636 и 1647 гг. Первоначально, направляя на Дон «казну» правительство стремилось отвлечь казачество от поддержки Заруцкого и других врагов, переключить внимание донцов на борьбу с татарами, ногаями и азовцами. Расчет русских властей оправдался. Процессу консолидации не смогли помешать даже происходившие в 1617–1618 гг. волнения на Дону, когда был «выбит» из круга сторонник Москвы атаман Смага Чертенский. Возглавившие Войско Епиха Радилов и Исай Мартемьянов не дали ему распасться, сохранив союзнические отношения с Россией.

В 1614 г. численность казаков, живших в Раздорах и других низовых городках, составляла всего 1888 человек Постепенно ряды донской вольницы пополнились и казаки смогли активизировать свои действия против Турции и Крыма. Первый большой морской поход состоялся весной 1617 г. Казачье войско численностью 700 человек захватило и разграбило на анатолийском побережье города Синоп и Трапезунд. Это нападение явилось полной неожиданностью для турецкого правительства, попытавшегося принять меры для предотвращения новых казачьих атак. В 1618 г. под Азовом на реке Каланче для наблюдения за выходом донцов в море строиться башня, было засыпано русло Мертвого Донца, через которое ранее незамеченными проходили казачьи струги. Однако год от года нападения донцов и действовавших в союзе с ними запорожцев становились все мощнее.

В первой половине XVII в. лишь однажды — на рубеже 20–30-х годов, отношения русского правительства и казаков обострились и привели к конфликту и полному разрыву. В 1630 г. Москва, вступившая в антипольский союз с Турцией, потребовала от донцов выступить в поход на помощь турецкой армии, стоявшей под Очаковым. Казаки решительно отвергли это предложение, заявив, что они никогда своим врагам туркам «не служивали». Более того, донцы продолжали совершать нападения на Крым. Правительство арестовало приехавших Москву с войсковыми отписками атамана Наума Васильева и 70 казаков, разослав по городам в заточение. Патриарх Филарет объявил казакам «вечное запрещение и отлучение». Действия московских властей вызвали на Дону взрыв возмущения, жертвой которого стал воевода Иван Карамышев, казненный донцами по вздорному обвинению в желании «казаков казнить казнью смертною, вешать и в воду сажать и кнутьем достальных бить». Войсковым атаманом был тогда Волокита Фролов. Правительство попыталось организовать блокаду Дона, однако жители русского порубежья легко обходили запреты властей, пользуясь покровительством местных воевод, поддерживавшими тех кто торговал с донцами в интересах личного обогащения. Определенную роль сыграло разрешение для русских людей ездить на Дон для выкупа оказавшихся в татарском плену родственников. Пользуясь этим, целые караваны тяжело нагруженных лодок-будар отправлялись к вольным казакам, доставляя им необходимые запасы. Достаточно подробные сведения об истинном положении дел поступили в Москву в 1631 г. от лазутчиков из числа царицынских стрельцов, посланных на Дон «проведывать всяких вестей» и узнать «казачьи умышленья». По возвращении они доложили, что видели у казаков торговых людей, прибывших на бударах из Воронежа «со всякими хлебными запасы, и с медом, и с вином, и з зельем, и с свинцом, и с сукны». На Дону также ждали прибытия 20 будар из Белгорода и приезда 70 торговых людей из Валуек, которые, как выяснилось позднее, были на Северском Донце перехвачены и разгромлены запорожцами. Правительство попыталось провести розыск в отношении лиц, дерзко нарушавших его запреты, однако он окончился практически безрезультатно. Впрочем, разрыв донского казачества с Москвой оказался непродолжительным. В 1632 г. в канун Смоленской войны при войсковом атамане Иване Каторжном, отношения были восстановлены.