Как и раньше, стрельцы делились на приказы, по 500 человек в каждом. Стрелецкие головы со своими приказами были вполне самостоятельны, подчиняясь непосредственно центральному учреждению — Стрелецкому приказу, известному, по крайней мере, с 1571 г., но возникшему, вероятно, вскоре после учреждения первых стрелецких приказов. Приказ ведал комплектованием, снабжением, вооружением и, по-видимому, обучением, стрельцов на территории всего Московского государства, осуществляя также административно-военные и судебные функции в отношениистрельцов.

Особое положение московских конных и пеших стрельцов определяли их служебные обязанности. Стремянные стрельцы несли ежедневно охрану царского дворца, самого государя и членов его семьи. Пешие стрельцы из состава расквартированных в столичном городе приказов, переменяясь по неделям, несли в Москве караульную службу. Как было показано выше, московские стрельцы часто посылались в другие города для временного, а иногда и постоянного усиления гарнизонов находившихся в пограничных крепостях. В начале 1640-х гг. правительство приняло решение об устройстве на житье в южных городах Яблонове, Усерде, Короче, Чугуеве, Вольном и Хотмышске 1200 московских стрельцов. В. А. Александров пытался обнаружить архивные свидетельства о выполнении этого решения, но отыскал лишь документы о переводе в 1647 г. 200 московских стрельцов в Усерд. Поэтому исследователь усомнился в реализации правительственного решения и, перепутав Усерд с Карповом, отметил в своей диссертации: «Кроме Карпова, куда было переведено, как нам известно, 200 стрельцов из Москвы, никаких сведений о переводе московских стрельцов на юг нам не встречалось». Между тем, в другом московском архиве (ОР РГБ) сохранились материалы о том, что в 1642 г. на «вечное житье» в город Чугуев были переведены 200 московских стрельцов. Это обстоятельство свидетельствует о том, что распоряжение правительства об усилении гарнизонов южных городов московскими приборными людьми было исполнено.

В военное время стрельцы принимали участие в походах и боевых действиях в составе войска, во время штурмов городов первыми шли на приступ, в полевых сражениях с татарскими армиями стрельцы, как правило, размещались в «гуляй-городе» (обозе).

Московские стрельцы получали за службу большое денежное и хлебное жалованье. В XVI в. оно составляло: ежегодно по 4 руб., 12 четвертей (72 пуда или 1 т. 152 кг.) ржи и столько же овса. Старший командный состав назначался исключительно из числа служилых людей «по отечеству» — дворян и детей боярских. Стрелецкому голове, командовавшему приказом (полком), платили ежегодно 30–60 руб., он имел большой поместный оклад, как правило, 300–500 четвертей земли. Стрелецкие сотники, помимо земли, получали 12–20 руб., пятидесятники — 6 руб., десятники — 5 руб. денежного жалованья. В отличие от других приборных людей московским стрельцам выдавалась из казны соль (пятидесятникам — по 5 пудов; рядовым — по 2 пуда) и ежегодно сукно «на платье». В середине XVII в. денежное жалованье московским стрельцам несколько увеличилось: рядовым выплачивалось по 5 руб., десятникам — по 6 руб. и пятидесятникам — по 7 руб. Хлебного жалованья они получали соответственно 7¾, 83/8 и 9 четвертей ржи и столько же овса.

В 1616 г. жалованье городовым стрельцам было увеличено «перед прежним с прибавкою». Рядовым стали платить по 3 руб. и выдавать хлебного жалованья по 6–7 четвертей ржи и овса на год. Стрелецкие сотники получали по 10 руб. Пятидесятники — по 3 р. 50 коп, десятники — по 3 р. 25 коп. Примерно такое же жалование установили для стрельцов, нанятых на службу Соловецкой обителью. В XVII в. соловецкие стрельцы получали 3 руб. деньгами, 3 четверти ржи и 3 четверти овса. Как и государевым приборным людям, жалованье им выдавалось два раза в год. Вооружались соловецкие стрельцы за счет монастыря. Командовали ими два пятидесятника. Половина соловецкой стрелецкой сотни несла службу в монастыре, другая половина — в Сумском и Кемском острогах. Всего на содержание стрельцов монастырь тратил 380 рублей в год.

Городовые стрельцы располагались гарнизонами, численностью от 20 до 1000 и более человек, преимущественно в пограничных городах. Значительное число стрельцов находилось на северо-западной границе, особенно в Пскове и Новгороде. Стрелецкие сотни и приказы стояли в южных и «понизовых» пограничных крепостях, где многие из них несли конную службу. Однако, там они были менее заметны — на этих «украйнах» имелись другие ратные люди, особенно казаки, несшие не только «полевую», но и «городовую» службу. Как и московские стрельцы, городовые служилые люди «по прибору» обеспечивались из казны денежным, хлебным и земельным жалованьем. Земельные угодья отводились им сразу на все подразделение (приказ, сотню). Единых окладов земельного жалованья для стрельцов, по-видимому, не существовало. Денежное жалованье рядовых городовых стрельцов было в несколько раз меньше московского оклада, в XVI в. составляя, как правило, 2 руб. Десятники в городах получали по 2 руб. 25 коп., пятидесятники — 2 руб. 50 коп., а сотники — 10 руб., не считая хлебного жалованья, равнявшегося 6–7 четвертям (36–42 пуда или 576–672 кг.) ржи, «овса по тому ж». Однако в 1623 г. денежное жалованье городовым стрельцам начали повышать. В грамоте, присланной из Москвы в Псков воеводам князю Андрею Васильевичу Хилкову и Ивану Федоровичу Наумову, в отношении гдовских стрельцов предписывалось: «Учинить прибавку пятидесятником — три рубли с полтиною, десятником по три рубли с четью, рядовым по три рубли человеку, а хлеб по прежнему». Хлебное жалование на Коле составляло 2 четверти ржи, 4 четверти овса и 1 четверть ячменя.

Стрелецкие войска были достаточно мобильны, поэтому их часто перебрасывали для усиления того или иного участка границы. Так, в XVII в. в летнее время на южную «украину» перебрасывалось большое число стрельцов из Москвы и пограничных северо-западных русских городов: Великого Новгорода, Пскова, Вязьмы, Торопца, Острова, Гдова, Ладоги, Изборска, Опочки, Старой Руссы, Заволочья. Эти части призваны были усилить оборону рубежей, подвергавшихся татарским и ногайским нападениям. В 1630 г. в поход на Дон были направлены стрельцы и казаки из состава гарнизонов южнорусских крепостей. Всего 1960 человек. Из некоторых городов взяли более половины имевшихся там приборных людей. Так, Воронеж, где находилось 182 стрельца и 310 казаков, выставил в армию 100 стрельцов и 180 казаков. В том же году 30 тульских и михайловских стрельцов и казаков были отправлены в Мещовск, 50 дедиловских и лебедянских — в Масальск. Иногда стрельцы из пограничных городов, наиболее опытные в военном деле, направлялись на «годовую» службу в другую, менее защищенную пограничную крепость. В этом случае их старались заменить в своем городе служилыми людьми, переброшенными из более спокойных в военном отношении уездов. Так, и 1629, и в 1638 гг. в Терках несли годовую службу 500 астраханских пеших стрельцов, а в Астрахани несли службу: в 1629 г. — 500 стрельцов- «годовальщиков» из Казани, а 1638 г. — 1325 «казанских и пригородных, и нижегородских стрельцов».

В мирное и в военное время городовые стрельцы несли гарнизонную службу. Они охраняли крепость и острог (стояли на караулах по стенам, башням, у городских и острожных ворот), правительственные учреждения (съезжую избу, таможню, «наряд», «зелейную» (пороховую) казну и т. п.). В обороне городов им отводилась главная роль. Неслучайно в 1617 г. новый углицкий воевода Петр Дашков, обнаруживший во вверенном ему городе, из ранее находившихся там приборных людей 6 пушкарей, написал в направленном в Москву донесении следующую характерную фразу: «а во всех твоих государевых городех без стрелцов осада крепка не живет».