Летом 1943 г. для эскортной и сторожевой службы у побережья Румынии и Болгарии сформировали 30-ю и 31-ю эскортные флотилии. Их основу составили сторожевые катера Дунайской флотилии типа «Дельфин», новопостроенные KFK и мобилизованные рыболовные катера. 30-ю флотилию (находилась в оперативном подчинении командующего Дунайской флотилией) составляли 29 катеров с номерами между G-3001 и G-3080, 31-ю — 26 с номерами между G-3101 и G-3184.

1 августа 1944 г. все эскортные флотилии и флотилии охотников за подлодками переформировали в 1 и 2-ю флотилии обороны побережья Черного моря (Kuestenschutzflotillie Schwarzes Меет). Флотилии имели в своем составе корабли с литерным обозначением SM: 1-я — 101–111, 121–132, 141–147, 161–166, 2-я — 201–231, 241–247. Как уже отмечалось, частично флотилии комплектовались катерами типа KFK, частично — обычными рыболовными катерами.

Как и на других театрах войны, на Черном и Азовском морях в основных базах и портах имелись небольшие соединения базовых сторожевых кораблей и каптеров. Соединения охраны рейдов имелись в Бердянске (RJB01 — RB10), Феодосии (RF01 — RF15), Геническе (RG01 — RG10), Керчи (RK01 — RK14), Мариуполе (RM01 — RM10), Очакове (R01 —

R015), Николаеве (RN01 — RN04, RN21 — RN25), Одессе (PI — Р5, R021 — R029), Севастополе (RS01 — RS10, RS24 — RS31, RS1701 — RS1710), Таганроге (RTa01 — RTa10), Темрюке (RT01 — RT10) и Варне (BW01 — BW04, BW19, BW20). Часть кораблей и катеров этих флотилий погибла в боевых действиях, часть затопили при эвакуации портов, а уцелевшие в августе 1944 г. пополнили флотилии обороны побережья.

В связи с отсутствием на Черном море достаточного количества транспортных судов, а также необходимостью перевозок в интересах готовившихся к наступлению войск в начале 1942 г. немцы приступили к формированию на театре десантных флотилий барж MFR. Впоследствии роль барж еще более возросла, когда в начале 1943 г. на них лета задача снабжения войск 17-й армии на Кубанском плацдарме. В ноябре — декабре того же года десантные флотилии составили основу сил блокады наших войск на Эльтигенском плацдарме южнее Керчи, а в мае 1944-го вывезли из Севастополя не менее половины от числа эвакуированных морским путем военнослужащих противника. Столь активное применение MFR обусловило и многочисленность имевшихся на театре флотилий и довольно большие потери.

1 L-F1 сформировали в феврале 1942 г., 3 L-F1 — в октябре 1942 г., 5 L-F1 — в апреле 1943 г. и 7 L-F1 — в июле 1943 г. Всего в разное время в их состав входили: F-121, F-122[120], F-125, F-128, F-130 — F-139, F-142 — F-145, F-162, F-168, F-170, F-176, F-211, F-217, F-229, F-301 — F-307, F-312—F-316, F-322, F-323, F-325, F-326, F-329, F-332—F-337, F-339 — F-342, F-353, F-367 — F-369, F-371 — F-374, F-382, F-386, F-394, F-395, F-401, F-405, F-406, F-418, F-419, F-445 — F-449, F-467, F-469 — F-476, F-492, F-493, F-521, F-532—F-539, F-558 — F-586, F-589, F-591 — F-594, F-848 — F-852, F-893 — F-898.

Количество MFR на Черном море постоянно изменялось. Дело в том, что их строили в Варне (80 единиц) и в портах на реке Дунай. Таким образом, германские силы на Черном море не только в основном укомплектовывались кораблями местной постройки, но и передавали их на другие театры. Например, F-123, F-124, F-126, F-127, F-129, F-331, F-338, F-370 после непродолжительного пребывания на Черном море перешли в Эгейское. Корабли последних серий, вошедшие в строй в 1944 г: F-899 — F-908, — уже к середине года в основном ушли на Дунай и далее воевали там.

К сожалению, исчерпывающей информации по потерям MFR нет — они были очень велики и на завершающем этапе даже не всегда фиксировались документально. Самым страшным врагом MFR являлась авиация Черноморского флота. Она потопила: F-134 и F-125[121](9.9.1942), F-533 (18.9.1942), F-176 (26.2.1943), F-535 (27.2.1943), F-386 (19.11.1943), F-309 и F-367 (19.5.1943), F-328 (27.5.1943), F-144 (7.7.1943), F-217 (24.9.1943), F-229 (9.10.1943), F-418 (17.10.1943), F-449(9.11.1943), F-594(28.11.1943), F-306 (30.11.1943), F-573(1.12.1943), F-360 (3.12.1943), F-305 и F-369 (5.12.1943), F-565 (13.4.1944), F-395, F-564 и F-569 (15.4.1944), F-132 (6.5.1944), F-130 (поврежденная советской авиацией и брошенная экипажем, 12.05.1944 добита артиллерией подводной лодки С-33), F-568 (20.8.1944).

На втором месте оказались мины: F-145 (3.6.1942), F-133 (10.8.1942), F-138 (5.10.1942), F-336 и F-538[122](19.12.1942), F-162 (2.1.1943), F-323 (24.1.1943), F-473 (17.2.1943), F-143 (24.2.1943), F-371 (9.3.1943), F-136 (14.3.1943), F-475 (15.3.1943), F-121 (15.6.1943), F-583 (6.09.1943), F-302 и F-315 (2.10.1943), F-125 (4.10.1943), F-128 (26.10.1943). Навигационные аварии, в том числе при уклонении от ударов советских сил, стали причиной гибели F-470 (23.5.1943), F-126 (4.11.1943), F-419 (11.11.1943 затоплен на мелководье в результате повреждений, полученных в ночном бою с F-305), F-536 (23.11.1943), F-341 и F-574 (30.11.1943, уклоняясь от удара штурмовиков Ил-2, сели на мель, где их позже уничтожили), F-446 (9.01.1944), F-558 (16.02.1944). Не раз попадали MFR и под торпедные удары черноморских подводников, которые потопили F-329 (тяжело повреждена 23.5.1943 в бою с подлодкой Л-4, не восстановлена), F-474 (10.10.1943), F-592 (15.11.1943), F-566 (2.12.1943), F-580 (9.12.1943). Береговая артиллерия уничтожила F-313 (6.11.1943), F-135 (20.02.1944), торпедные катера — F-334 (1.08.1942). F-303, F-492, F-493, F-577 были затоплены 28.10.1943 при эвакуации из Геническа, a F-560 — 2.11.1943 в Скадов- ске. F-374 и F-521 потоплены 25.08.1944 в Килийском гирле. Остальные MFR погибли в результате не установленных по документам причин, либо были затоплены в конце августа 1944 г. в румынских и болгарских водах. Часть из них подняли и ввели в состав советского Черноморского флота.

В феврале 1943 г. формируется 3-я флотилия артиллерийских барж. В нее входили артиллерийские лихтеры типа MAL: 1–4, 8-11. Поскольку лихтеры строились в Германии, а затем посекционно перевозились по железной дороге на Черное море, окончить формирование флотилии удалось только к июню. В последующие месяцы флотилия занималась сопровождением конвоев, ходивших на Кубань, а также несением дозорной службы в Азовском море, причем неоднократно участвовала в боевых столкновениях с бронекатерами Азовской флотилии. MAL-8, поврежденный 18 сентября штурмовиками Ил-2, выбросился на берег, где 26 сентября его взорвали саперы; MAL-1, MAL-3, MAL-9 — MAL-11 были взорваны своими экипажами 29 октября в Геническе при эвакуации порта. MAL-2 и MAL-4, находившиеся в разобранном состоянии в Севастополе, перевезли в Констанцу, но в строй так и не ввели.

Расформированную в октябре 1943 г. флотилию воссоздали в феврале 1944 г. — на этот раз она состояла из свежепостроенных артиллерийских барж. В нее входило шесть AF: 51–56. В апреле — мае плавбатареи флотилии принимали участие в артиллерийской поддержке фланга сухопутных войск у Севастополя, а также несении ночных противокатерных дозоров. Все они были затоплены своими экипажами в румынских и болгарских водах в конце августа.