К началу июня 1942 г. на Черное море прибывает 1-я флотилия торпедных катеров (S-26, S-27, S-28, S-40, S-72, S-102). Полностью разоруженные катера перевозились из Дрездена на Эльбе в Ингольштадт на Дунае на специальных большегрузных автомобильных платформах, после чего спускались на воду, собирались и шли своим ходом в Черное море. Все шесть катеров приняли участие в блокаде Севастополя, причем S-102 19 июня потопил транспорт «Белосток». С августа флотилия, пополненная присланными из Германии катерами S-47, S-49, S-51 и S-52, базировалась на Феодосию и действовала на коммуникациях у берегов Кавказа вплоть до района Туапсе; весной 43-го она принимала участие в блокаде малоземельского плацдарма. В июне в состав флотилии вошли S-42, S-45, S-46, а в начале 1944-го — S-131, S-148, S-149. Последние выходы катеров на наши коммуникации относились к январю — февралю 1944 г., после чего активность советской авиации заставила перенести базу в Севастополь. В последние месяцы войны катера в основном использовались для сопровождения своих же конвоев в качестве противо-катерного охранения.

В ходе боевых действий погибли:

S-27 — 5 сентября 1942 г. торпедирован неисправной торпедой с S-72;

S-102 — 8 июля 1943 г. подорвался на мине в Керченском проливе;

S-46 — 11 сентября 1943 г. потоплен истребителем;

S-42, S-52 и S-131 — 20 августа 1944 г. уничтожены советской авиацией в Констанце (на тяжело поврежденных в этом же налете S-28 и S-149 личный состав уничтожил двигатели);

S-26 и S-40 —19 августа 1944 г. уничтожены авиацией в Сулине, тяжело поврежденный в этом налете S-72 позднее затоплен;

S-148 — 22 августа погиб от подрыва на мине в устье Дуная.

Практически одновременно с флотилией 1 S-F1 на театр перебросили 3-ю флотилию тральщиков (3 R-F1 — R-33, R-35, R-З6, R-37, R-163, R-164, R-165, R-166), действовавшую ранее в Ла-Манше. В связи с отсутствием на Черном море более крупных надводных кораблей катерные тральщики решали широкий круг задач: от траления и конвоирования торговых судов до обстрела занятого советскими войсками побережья Азовского моря в августе 1942 г. В 1943–1944 гг. флотилию усилили катерами R-196, R-197, R-203 — R-209, R-216 и R-248.

R-36 29 апреля 1943 г. подорвался на румынской мине у Констанцы, и его оставшаяся на плаву кормовая часть не восстанавливалась. R-33 19 июля 1943 г. потопила у Ялты советская авиация. Та же судьба постигла в Феодосии 11 апреля 1944 г. R-204. 25 апреля R-208 погиб на Дунае в результате подрыва на британской донной мине. Поврежденные в ходе налета на Констанцу R-37, R-203 и R-205 затопили при эвакуации базы 25 августа, а все остававшиеся «раумботы» — 30 августа в Варненском заливе.

Второй флотилией катерных тральщиков на Черноморском театре стала 30-я, которую сформировали в июле 1943 г. из катеров, ранее входивших в состав Дунайской флотилии. Она включала «раумбот» R-30 (потоплен авиацией 23 сентября 1943 г. в Керчи), катерные тральщики голландской постройки RA-51, RA-52, RA-54 и RA-56 (затоплены экипажами в августе 1944 г.), прорыватели минных заграждений «Sperrbrecher-192» и «Sperrbrecher-193» (последний потоплен советской авиацией 10 апреля 1944 г.), девять катерных тральщиков типа FR, 18 катеров типа FZ и два буксира. Большая часть кораблей этой флотилии в августе 1944 г. успела уйти вверх по Дунаю и продолжила там боевые действия до конца войны.

Эскортные функции выполняли 1-я, 3-я и 23-я флотилии противолодочных кораблей. 1 Uj-Fl сформировали в июне 1943 г. на базе существовавшей с сентября 1942 г. группы противолодочных кораблей Дунайской флотилии «Сулина». В ее состав входили переоборудованные в охотники за подводными лодками военные транспорта типа КТ: UJ-101 (КТ-39), UJ-102 (КТ-40), UJ-103 (КТ-37), UJ-104 (КТ-17), UJ-105 (КТ-24), UJ-106 (КТ-23), UJ-107 (КТ-33), UJ-108 (КТ-29), UJ-109 (КТ-4), UJ-110 (КТ-38), UJ-111 (КТ-30), три корабля: разных типов: UJ-115 «Rosita», UJ-116 «Xanten», UJ-117 «SchifF-19»; а также переоборудованная MFRUJ-118 (F-308).

UJ-102 (КТ-40) погиб 15 декабря 1943 г. в районе Евпатории при довольно курьезных обстоятельствах. Командир корабля доложил о контакте с подводной лодкой, которую он намерен атаковать, после чего связь с ним пропала. Спустя несколько часов на воде обнаружили обломки корабля и тела членов экипажа, из которых не спасся никто. Проведенное расследование предложило в качестве основной версии гибель корабля в результате взрыва боеприпасов на лежавшем на дне транспорте «Santa Fe» — взрыв был спровоцирован глубинным бомбометанием. UJ-117 «SchifF-19» 28 марта 1944 г. выбросило штормом на берег в районе Констанцы. UJ-104 (КТ-17) 27 апреля был торпедирован советским торпедным катером у Севастополя, отбуксирован в порт, где его впоследствии и затопили. UJ-115 «Rosita» потопила советская авиация 20 августа в ходе удара по Констанце. UJ-113 (КТ-39), по-видимому, тогда же получил тяжелые повреждения и его спустя пять дней затопили на внешнем рейде порта. UJ-103 (КТ-37), UJ-105 (КТ-24), UJ-107 (КТ-33), UJ-111 (КТ-30) и UJ-118 (F-308) 26–30 августа были затоплены или брошены экипажами в болгарских водах. Та же судьба постигла в октябре UJ-106 (КТ-23) и UJ-110 (КТ-38), когда они пытались прорваться вверх по Дунаю. UJ-108 (КТ-29) и UJ-109 (КТ-4) в июне 1944 г. в разоруженном состоянии ушли в Эгейское море, где спустя три месяца погибли уже под другими номерами.

Кроме того, на театре имелось две флотилии малых охотников за подлодками KFK. В апреле 1943 г. сформировали 23 Uj-Fl. Эту флотилию укомплектовали военнослужащими из хорватского морского легиона, хотя офицеры оставались немецкими. Позднее, в марте 1944 г. корабли соединения получили полностью германские экипажи. С июля 1943-го флотилия приступила к сопровождению конвоев между Констанцей и Одессой, а позднее и между Констанцей и Севастополем. В ее составе имелись охотники UJ 2301 (KFK-81), UJ-2302 (KFK-82), UJ-2303 (KFK-83), UJ-2304 (KFK-84), UJ-2305 (KFK-85), UJ-2306 (KFK-86), UJ-2307 (KFK-92), UJ-2309 (KFK-15), UJ-2310 (KFK-372), UJ-2311 (KFK-20), UJ-2312(KFK-17),UJ-2313(KFK-373),UJ-2314(KFK-202), UJ-2316 (KFK-31), UJ-2317 (KFK-200), UJ-2318 (KFK-47).

3 Uj-Fl сформировали 16 ноября 1943 г. из группы каттеров 30-й флотилии. В ее состав входили UJ-301 (KFK-7), UJ-302 (KFK-8), UJ-303 (KFK-9), UJ-304 (KFK-10), UJ-305 (KFK-11), UJ-306 (KFK-12), UJ-308 (KFK-44), UJ-309 (KFK-193), UJ-310 (KFK-194), UJ-312 (KFK-45), а позднее также UJ-307 (KFK-19), UJ-313 (KFK-21), UJ-314 (KFK-22), UJ-315 (), UJ-316 (•), UJ-317 (KFK-46) и UJ-318 (KFK-195).

Обе флотилии принимали активное участие в защите коммуникаций на последнем этапе войны, в том числе и во время эвакуации войск 17-й армии из Крыма. Соответственно потери их оказались чувствительными. UJ-2304 (KFK-84) 3 мая 1944 г. потопила советская авиация, UJ-2313 (KFK-373) и UJ-2314 (KFK-202) погибли 9 мая от огня советской полевой артиллерии в Южной бухте Севастополя. UJ-2303 (KFK-83) получил при этом серьезные повреждения и, по некоторым данным, затонул 11 мая на подходах к Варне. UJ-310 (KFK-194) 11 мая получил попадание тяжелого снаряда у мыса Херсонес и затонул на мелководье. UJ-316 18 июня погиб на мине у Сулины, a UJ-2307 (KFK-92) — 23 июня у Варны. В конце августа большая часть катеров оказалась затоплена своими экипажами, а часть стала советскими трофеями.