Хосе был не силен в гуманитарных науках, зато блистал на уроках математики и геометрии. В одиннадцать лет, что невероятно рано даже для того времени, Хосе стал кадетом Мурсийского полка и бросил школу. Возможно, это произошло из-за тяжелого финансового положения семьи. В двенадцать лет его послали в Мелилью, что в Северной Африке. Там Хосе впервые принимал участие в боевых действиях на стороне прославленного испанского героя Луиса Даоиса. В тринадцать лет он участвовал в осаде Орана. После тридцати шести часов боя город был полностью разрушен. Затем Хосе направили на Пиренеи — сражаться с французами. Уже в семнадцать лет он получил звание лейтенанта. В 1797 году Сан-Мартин, будучи офицером военно-морского флота Испании, принимал участие в битве у мыса Св. Висенте. Тогда испанцы потерпели поражение от англичан, которыми командовали Джервис и Нельсон. Ровно через год британское судно «Лион» захватило фрегат «Санта-Доротея», на котором служил Хосе. Через некоторое время Хосе обменяли на британского пленника. Юность Хосе де Сан-Мартина сильно отличалась от комфортной жизни молодого Симона Боливара.

В 1800 году Сан-Мартин вновь в боевом строю. Он сражался с португальцами. Затем Хосе принимал участие в блокаде удерживаемого британцами Гибралтара. В 1803 году он служил в Кадисе, где в то время свирепствовала страшная эпидемия. Его отец, занимавший пост коменданта порта Малага, заболел и умер.

О дальнейшей жизни Хосе де Сан-Мартина, вплоть до вторжения Наполеона в Испанию, почти ничего не известно. Кумир молодого кадета Сан-Мартина — Даоис был казнен французами. 2 мая 1808 года толпа спровоцировала нападение на французский флот, находившийся в заливе. Французы окружили штаб генерала Солано. В штабе были старшие офицеры, Сан-Мартин и его наставники. В то время тридцатилетний Сан-Мартин был офицером караульной службы Кадиса. Он приказал солдатам укрыться в здании. Но туда ворвалась толпа. Озверевшие люди загнали Солано на крышу здания и четвертовали. Даже закаленному в боях Сан-Мартину вынести это было не по силам — он перенес серьезную психическую травму. До конца жизни Хосе носил при себе миниатюрный портрет Солано — командира, которого он не смог защитить. Неудивительно, что всю жизнь Сан-Мартин питал отвращение к насилию, презирал разнузданное поведение толпы.

Его назначили адъютантом полка. Он отличился в бою при Архонилье. Сан-Мартин в лоб атаковал французские позиции, при этом в его распоряжении имелся всего двадцать один солдат. Вскоре он стал капитаном, а через несколько недель, когда под Байленом была наголову разбита армия Наполеона, Хосе был повышен в звании до подполковника, поскольку сумел отличиться в этом бою.

Через два месяца Сан-Мартин серьезно заболел. Поправившись, он присоединился к армии Каталонии. В 1810 году он был уже генерал-адъютантом, а через год получил первое по-настоящему ответственное назначение: его произвели в командиры полка драгун в Сагунто. В Сан-Мартине не было ни раздражительности Миранды, ни военного дилетантства Боливара. Он был знающим, храбрым и добросовестным офицером. Потому дослужился до самых высоких чинов. Его братья тоже были на хорошем счету в армии: Хуан Фермин — командир гусар в Лузоне, Мануэль Тадео — полковник пехоты, даже игрок и гуляка Хусто Руфино стал офицером полка Алмансы.

14 сентября 1811 года в порту Кадиса Хосе де Сан-Мартин, старший офицер, имеющий выдающиеся боевые заслуги, вовсе не склонный к фантазиям, происходивший из семьи с крепкими военными традициями, двадцать два года прослуживший в испанской армии, тайно проскользнул на борт британского корабля и отправился в Лондон. Он был готов стать изменником и повернуть оружие против страны, которой прежде так преданно служил. И все это ради континента, где прожил всего лишь семь первых лет жизни. Мы имеем весьма смутные представления о том, как произошла эта перемена. Кадис, буквально наводненный испано-американскими ссыльными, всегда был рассадником заговоров. Известно лишь то, что в 1808 году Матиас Сапиола, офицер испанских военно-морских сил, в Буэнос-Айресе завербовал Сан-Мартина в масонскую ложу «Рыцари разума». Эта ложа была связана с немасонской ложей Миранды в Лондоне, которая называлась «Реуньон». В нее входили известные сторонники борьбы за независимость в Буэнос-Айресе Карлос де Альвеар и Хуан Мартин де Пуэйрредон.

Сам факт его присоединения к ложе говорит о том, что Сан-Мартин сомневался в правильности испанской колониальной политики. В 1810 году испанская и португальская монархии уже лежали в руинах. Монаршие особы находились в ссылке. В Каракасе и Буэнос-Айресе произошли восстания. Сан-Мартин скорее всего понял, что будущее — за независимыми испанскими колониями.

Он был офицером испанской армии самого высокого ранга. И тем не менее пришел к такому выводу. Похоже, что вступление такой важной персоны в масонскую ложу следует считать не столько результатом усилий ссыльных аргентинцев, членов масонских лож, сколько секретной службы Британии. В Кадисе лорд Макдафф (позднее — четвертый граф Флейты) подружился с Сан-Мартином. Он договорился с британским дипломатом сэром Чарльзом Стюартом о поездке Сан-Мартина в Лондон. Стюарт обеспечил Сан-Мартину безопасный проезд и поддельный паспорт. В декабре 1811 года в гражданской одежде и без гроша в кармане Сан-Мартин прибыл в Лондон и снял там убогую квартирку.

Сан-Мартина сразу же приняли в старом доме Миранды на Графтон-Вей. Теперь там жил венесуэльский поэт Андрес Бельо. Дом Миранды стал местом встреч членов ложи «Реуньон», которая, хоть и не была масонской, заимствовала от франкмасонства его одержимость, таинства и ритуалы, включая клятвы и обеты.

Там Сан-Мартин познакомился с девятнадцатилетним Карлосом де Альвеаром, а также с Мануэлем Морено и Томасом Гидо, которые были старше его. С Альвеаром он уже встречался в Аргентине пять лет назад. Он был знаком и с одним из друзей братьев Каррера. Через месяц Сан-Мартин покинул Лондон на маленьком судне «Джордж Каннинг», которое прибыло в Буэнос-Айрес в марте 1812 года. Через пять лет после этого события Самуэль Хай описывал этот город так: «Это бесконечное, необжитое пространство вовсе не радовало глаз. Исключение составляли всего несколько улиц, находившихся по соседству с центральной площадью. Дома были низкими и грязными и становились все грязнее и ниже по мере приближения к окраинам».

В мае 1810 года в Буэнос-Айресе собрался городской совет — «кабильдо». Он обсуждал падение испанского правительства. 25 мая наместник Бальтасар Идальго де Сиснерос, назначенный на этот пост после неудачного вторжения в Аргентину Хоума Поупэма в 1807 году, был смещен и арестован хунтой. Хунта провозгласила, что правит страной от имени Фердинанда VII. В Монтевидео, портовом городе, расположенном на противоположном берегу реки, эти действия были осуждены как незаконные. В Асунсьоне, столице провинции Парагвай, также не приняли это «пронунсьяменто» из Буэнос-Айреса. В 1811 году Асунсьон провозгласил свою независимость, теперь им управлял мрачный Гаспар Родригес де Франсиа. Британский капитан Ричард Бартон так описывал этого угрюмого, замкнутого человека: «Этот безразличный, проницательный, хмурый аскет превращался в страшное чудовище, когда дул восточный ветер… Очевидно, что республика этого диктатора была воспроизведением, в более жестком варианте, иезуитской восстановительной системы. Она имела успех, потому что народ был подготовлен к ней». Генерал Мануэль Бельграно, направленный из Буэнос-Айреса, не смог подавить это восстание. Сантьяго Линьерс, герой антибританского сопротивления, стремился помешать патриотическому движению из своей цитадели в Кордове, но был убит.