Василий Шуйский в течение двух лет постоянно был занят тем, что уговаривал москвичей потерпеть, подождать подхода войск, не сдавать город мятежникам. Он многократно назначал сроки (обычно три недели) окончания осады, кланялся толпе, а иногда, если верить перебежчикам, падал перед народом ниц («крестом»). Его уговоры неизменно достигали цели.

Что касается дворян, Василий Шуйский старался завоевать их поддержку разнообразными средствами.

Образование обширного фонда поместных земель помогло преодолению кризиса дворянского сословия в XVI в. Но к началу XVII в. поместная система пришла в упадок. Большая часть поместного фонда разорилась и запустела. Московская военно-служилая система не могла существовать без сильной центральной власти. Однако Смута подорвала мощь монархии. Беспорядочные конфискации, проводившиеся царями и самозванцами, окончательно разорили и дезорганизовали дворянское землевладение.

Будучи в осаде, царь Василий не имел земель, которые он мог бы, в соответствии с традицией, пожаловать дворянам за верную службу и мужество. Выход был найден. Государь стал жаловать служилым людям за «московское осадное сиденье» вотчины. Отличившиеся дворяне не получали новых земель, но пятая часть их поместья (государственной собственности) закреплялась за ними на правах вотчины (полной частной собственности).

При Грозном помещики мечтали, что им удастся закрепить за собой поместья на праве полной собственности. Опричнина развеяла их мечты. При царе Василии их надежды воскресли. Помещики сами определяли, какие села и угодья станут их вотчинной собственностью. Понятно, что они забирали себе лучшие земли и угодья. Эти новые вотчины, располагавшиеся посреди старых поместных владений, они могли передавать по наследству, дарить и продавать без всякой санкции со стороны казны.

Цепь военных неудач и трудности осадного времени породили кризис власти. Знать и дворяне многократно пытались отстранить от власти Василия Шуйского.

В конце мая 1608 г. племянник царя князь Михаил Скопин выступил навстречу войскам Лжедмитрия II. Когда полки достигли речки Незнань, Скопин был отозван в столицу. По словам летописца, государю сообщили об измене: «в полках же нача быти шатость, хотя царю Василью изменити князь Иван Катырев, да князь Юрьи Трубецкой, да князь Иван Троекуров и иные с ними».

Заподозренные лица были арестованы. Но они принадлежали к высшей знати и не могли быть казнены без боярского суда. Шуйскому пришлось ограничиться служебными перемещениями. Князь Иван Катырев был отправлен первым воеводой в столицу Сибири Тобольск, князь Иван Троекуров попал на воеводство в Нижний Новгород, а князь Юрий Трубецкой — в Тотьму. Несколько дворян, в их числе Яков Желябужский, были казнены на Москве.

В войске Скопина все воеводы — Иван Воротынский, Иван Романов, Григорий Ромодановский, Иван Черкасский, Данила Мезецкий — сохранили свои посты. Смещен был один Скопин.

Москва находилась в критическом положении. Скопин отбросил от стен столицы Болотникова. Он один мог противостоять новой «воровской» рати. Присутствие в столице самого даровитого из полководцев было абсолютно необходимо. Однако князь Михаил был не только отозван с Незнани, но и отправлен царем в Новгород Великий. Борьба за первенство внутри клана князей Шуйских началась.

Племянник царя получил жестокий урок. В дальнейшем он позаботился о том, чтобы обеспечить себе свободу действий и избежать произвола самодержца.

Царь Василий передал войско Скопина под начальство своего брата Ивана. 22 сентября 1608 г. князь Иван вступил в бой с неприятелем под Рахманцевом в окрестностях Москвы. Его ратники обратили в бегство полки Микулинского, Вилямовского и Стравинского. В центре они охватили полк Яна Сапеги и завладели всей его артиллерией. Гетман едва избежал плена. Воеводы считали, что противник разгромлен, и не ожидали контратаки. Между тем Сапега вырвался из окружения и бросил в атаку две гусарские роты. Их атака решила исход битвы. Победа обратилась в поражение. Иван Шуйский трусливо бежал с поля боя. Передовой полк воеводы Ромодановского выстоял. Но он не получил помощи от большого полка и был разбит. Литовцы преследовали московские полки на протяжении четырех миль.

Ответ за поражение Шуйскому пришлось держать перед боярами и всем миром. Дума требовала ответить, как случилось, что крупные отряды литовской армии оказались под стенами Москвы. Царю были поставлены определенные условия. Он должен был добиться вывода литовских ратных людей из России не позднее 1 октября. Если царю сделать это не удастся, он должен «оставить государство».

Царь Василий приложил все усилия, чтобы выполнить требование бояр. В соответствии с мирным договором, подписанным польскими послами в Москве, король Сигизмунд III должен был отозвать своих подданных с территории России. Но Ружинский не собирался выполнять условия договора. Литовцы продолжали громить войска царя Василия и разорять страну.

Первая осадная зима принесла тяготы и нужду московскому населению. Враги царя решили использовать момент и совершить переворот. Заговор возглавили князь Роман Гагарин-Стародубский, вождь рязанских дворян Григорий Сумбулов, московский дворянин Тимофей Ильин. Заговор был хорошо подготовлен.

25 февраля 1609 г. дворяне проникли в Кремль и ворвались в думные палаты, где заседала Боярская дума. Придя «в Верх к бояром, — повествует летописец, — и начаша говорить, чтоб царя Василия переменити». Гагарин и его сообщники надеялись свергнуть царя, склонив на свою сторону Боярскую думу. Думе надо было всего лишь подтвердить свое прежнее решение об отрешении Шуйского от власти в случае, если к 1 октября он не добьется вывода иноземных войск из страны.

Летописец уверяет, что бояре «отказаша» Гагарину. Правда заключается в том, что дума не выступила на защиту Шуйского и не приняла мер для подавления бунта. Вместо энергичных действий члены думы поспешно разъехались по своим дворам.

Гагарин с дворянами не были обескуражены. Из дворца они отправились в Успенский собор, где шло богослужение. Забрав патриарха Гермогена из храма, заговорщики «ведоша его на Лобное место», где уже собралась большая толпа. Мятежники объявили владыке, что восстали на Шуйского за его тайные казни: «и топере, де, повели многих, нашу братию сажать в воду, за то, де, мы стали».

Патриарх вступил в спор с мятежниками и постарался убедить народ, что царь Василий не собирается никого казнить.

Гагарин и дворяне отнюдь не были сторонниками «царя Дмитрия», в противном случае они заявили бы, что Шуйский отнял трон у «прирожденного государя». Заговорщики же толковали, что Василий не был избран всей землей. Им и в голову не пришло выпустить из тюрьмы арестованных агентов Лжедмитрия II.

Взывая к патриотизму жителей столицы, патриарх заявил, что государь избран Московским государством, которое всегда все «государства Русской земли слушали». Что касается кровопролития, оно есть кара Божья русским людям за грехи, особенно за измену законному государю.

Речь Гермогена утихомирила толпу. Глава церкви поспешил покинуть площадь и укрылся на своем подворье.