Еще до назначения на пост чусоснабарма Рыков активно боролся против незаконных реквизиций. 5 ноября 1918 года он сообщал главнокомандующему И. И. Вацетису, что армейские подразделения самовольно захватили ряд пароходов, которые крайне необходимо использовать в последние дни навигации для перевозки продовольственных и нефтяных грузов. Так, в Казани были реквизированы пароходы «Повелитель», «Буря», «Гоголь», «Коммунистка», «Коммуна» и «Иван Сусанин», в Симбирске — «Аскольд». Аналогичные события произошли в Котласе, Царицыне и других портах.

Но все же главным в деятельности Рыкова на посту чусоснабарма была многогранная работа по налаживанию производства для обороны и его наиболее целесообразного распределения. Препятствий к этому было неисчислимое количество. Резко уменьшилось количество рабочих, особенно квалифицированных. К весне 1918 года число работающих в крупной промышленности сократилось вдвое. Культурный и общеобразовательный уровень рабочего класса был невысок. В 1918 году среди рабочих-мужчин лишь 35―40 процентов имели начальное образование. Среди женщин-работниц более половины были неграмотны.

К январю 1919 года в Петрограде осталось только 55 тысяч рабочих. В Московской губернии численность рабочих уменьшилась на 42 процента, в Иваново-Вознесенской — на 75,5 процента. Именно в этих районах рабочие были наиболее сознательными и квалифицированными. К весне 1922 года было сокращено 25,7 процента всех рабочих промышленности ВСНХ.

С осени 1919 года стал осуществляться перевод на военное положение крупных предприятий. Рабочие объявлялись мобилизованными. Самовольное оставление работы считалось дезертирством и каралось по законам военного времени.

Постоянные мобилизации в действующую армию рабочих играли крайне дестабилизирующую роль в налаживании производства важнейших промышленных товаров, крайне необходимых для армии. Так, завод в Петрограде по производству телеграфных аппаратов в связи с этим обстоятельством находился на грани закрытия. Количество рабочих к августу 1919 года сократилось с 350 до 110 человек. Рыков ставит вопрос перед правительством о необходимости освободить от призыва в армию и возвратить на завод мобилизованных квалифицированных рабочих, а также дать им тыловой армейский паек.

19 августа 1919 года Рыков писал Троцкому, что мобилизация квалифицированных рабочих разрушающе действует на деятельность оборонных предприятий, способствует катастрофическому падению производительности труда. Он напоминал, что необходимо точно и своевременно указывать не только количество, но и место доставки продукции оборонных предприятий. В то же время он призывал пресекать случаи спекуляции солдатами оружием и обмундированием.

К концу гражданской войны в армии сложилось напряженное положение с обмундированием для красноармейцев. Особенно не хватало шинелей. 18 сентября 1920 года Рыков направил приказ руководителям всех фабрик, производящих шинели, незамедлительно перейти на 10-часовой рабочий день всем рабочим и служащим, «приложить все усилия для выполнения задания, напрячь все силы для фронта. Пусть каждый помнит, что каждая выпущенная шинель или телогрейка идет на фронт и увеличивает нашу мощь». В соответствии с приказом принимались меры по справедливой оплате труда, премирование проводилось натурой. В приказе подчеркивалось, что приняты меры по обеспечению семей рабочих, которым «предоставляется максимум того, что может дать в настоящее время Республика. Саботажники и разгильдяи понесут наказание по всей строгости революционных законов».

Чтобы ускорить изготовление военного обмундирования, Рыков председательствует в Главодежде, издает по этому ведомству ряд приказов, добивается снабжения Главодежды всем необходимым оборудованием и сырьем, распространения льготных пайков на рабочих.

Вместе с председателем коллегии Главного управления текстильных предприятий В. П. Ногиным Рыков многое сделал для снабжения продовольствием рабочих фабрик, производящих сукно для Красной Армии.

Большое внимание Рыков уделял улучшению работы Тульского, Ижевского, Тамбовского, Симбирского, Калужского, Рязанского и других оружейных заводов. Практически он посетил все оружейные заводы. Вскоре армия стала получать необходимое количество разнообразного оружия и патронов.

Но решать все эти проблемы было нелегко. Из-за недостатка сырья пришлось закрыть хорошо оборудованный орудийный завод в Царицыне и на его базе создать мастерские по ремонту орудий. Основная масса рабочих была уволена, остались только наиболее квалифицированные. 2 июня 1919 года Рыков писал Ленину о необходимости любой ценой удержать Астрахань, ибо там имелись значительные запасы тканей, металла, около 7 миллионов пудов соли. По распоряжению Ленина в Астрахань была направлена специальная комиссия для обороны города. Рыков отметил, что было налицо позорное и преступное бездействие, высоко оценил работу Кирова и Мехоношина. Он предупреждал РВС 11-й армии, что, если Волга будет перерезана белогвардейцами, положение Астрахани будет критическим. Он сообщал Ф. Ф. Раскольникову, что у неприятеля большое количество аэропланов, что боеспособность Каспийской военной флотилии незначительна, многие корабли нуждаются в ремонте.

В годы гражданской войны и империалистической военной интервенции большую роль играла кавалерия. В связи с переходом значительной части казачества на сторону контрреволюции председатель РВС Троцкий выдвинул лозунг: «Пролетарий, на коня!» Лозунг получил поддержку руководящих органов Республики. Необходимо было в кратчайший срок создать красную кавалерию. При активном участии Рыкова произвели необходимое количество амуниции, были подготовлены лошади, обучены конноармейцы. Кавалерийские соединения Красной Армии внесли немалый вклад в защиту завоеваний Великого Октября.

Белые армии имели грозное по тем временам оружие — английские и французские танки. Было налажено производство и первых советских танков. Находили и другой выход. Под руководством Рыкова и Троцкого было налажено бронирование тракторов «Катерпиллер».

Особое значение придавалось бесперебойной работе железнодорожного, морского и речного транспорта. Многие распоряжения по этим проблемам Рыков направлял совместно с наркомом путей сообщения Л. Б. Красиным. По стране перемещалось огромное количество грузов, прежде всего предназначенных для многочисленных фронтов. Еще 1 ноября 1918 года Совнарком РСФСР назначил Рыкова членом чрезвычайной транспортной комиссии. Возглавляя ряд важнейших государственных и военных постов, Рыков проявил себя талантливым организатором, осознающим высокую ответственность за судьбу своей страны. В связи с 10-летием РККА ЦИК СССР наградил его орденом Красного Знамени.

Ленин высоко оценивал деятельность Рыкова на посту чусоснабарма. Он подчеркивал, что дело снабжения армии «Рыков стал вытягивать единолично». Известно, что в 1920 году Рыков, вопреки Ленину, отстаивал необходимость коллегиального управления промышленностью. Этот вопрос обсуждался на IX съезде партии и был решен в пользу единоначалия в управлении производством. Позже Ленин писал, что «освобожденный от „маленького“ избытка коллегиальности в ВСНХ, Рыков показал себя единоличной властью как чрезвычайный комиссар снабжения». Председатель РВС Троцкий неоднократно высоко оценивал роль Рыкова на посту чусоснабарма. Так, 12 января 1920 года он говорил: «Под руководством т. Рыкова наша расстроенная промышленность дала максимум того, что она могла дать… Вся организация снабжения была сосредоточена у Рыкова».[171]

Характерно, что успешная работа Рыкова по снабжению Красной Армии получала высокую оценку даже в белогвардейской печати.

16 августа 1921 года ВЦИК постановил ликвидировать чусоснабармы. Он с благодарностью отметил заслуги его работников перед революцией, особенно тех, кто работал на фронтах.

С 1921