Из прибывшего из запаса личного состава комплектовались не только те части, формирование которых предусматривалось планом развертывания, но и не учтенные этим планом (зенитные части, дивизионы катерных тральщиков, лоцманские пункты и др.). К 10 июля на флоте сформировали и укомплектовали личным составом шесть новых зенитных дивизионов, роту ВНОС, десять береговых батарей, пулеметную роту, минометный дивизион и ряд других подразделений. По указанию наркома ВМФ с 5 июля начались подготовительные работы по формированию Азовской военной флотилии.

Большую работу в период мобилизации и развертывания флота выполнили органы тыла. В частности организовали укрытие в подземные хранилища 1300 вагонов боезапаса, находившегося на незащищенных складах и под открытым небом в Сухарной балке и бухте Голландия, изыскали недостающее вооружение и снаряжение для вновь формируемых частей; обеспечили ремонт материальной части соединений, ведущих боевые действия. Однако работы по рассредоточению боезапаса и топлива шли медленно из-за отсутствия погрузочно-разгрузочных средств и недостатка в транспорте и рабочей силе. Военно-морские базы не имели своих мастерских для ремонта оружия и боевой техники.

По мобилизации Черноморский флот за первый месяц войны получил 84 судна и катера от гражданских наркоматов, а также 105 пограничных катеров (из них 46 типа МО) и две эскадрильи НКВД (6-я бомбардировочная и 7-я разведывательная).

За счет отмобилизованных судов прежде всего резко увеличили состав тральных сил. Так, по состоянию на 1 августа тральные силы флота выглядели следующим образом:

— 1-й дивизион тральщиков ОВР Главной базы в составе (бортовые номера) Т-401 (11), Т-402 (12), Т-403 (13), Т-404 (14), Т-405 (15) и Т-412 (16);

— 2-й дивизион тральщиков ОВР Главной базы в составе Т-406 (21), Т-407 (22), Т-408 (23), Т-409 (24), Т-410 (25), Т-411 (26) и Т-413 (27);

— 3-й дивизион тральщиков ОВР Главной базы в составе Т-481 «Пионер» (31), Т-482 «Земляк» (32), Т-483 «Тракторист» (33), Т-504 «Работник» (34), Т-505 «Судком» (35), Т-506 «Местком» (36), Т-507 «Делегат» (37), Т-517 «Райкомвод» (38), «Доротея» (39);

— 4-й дивизион тральщиков Одесской ВМБ в составе Т-484 «Хенкин» (41), Т-485 «Каховка» (42), Т-486 «Советская Россия» (43), Т-487 «Очаковский канал» (44), Т-501 «Сиваш» (45), Т-502 «Маныч» (46);

— 5-й дивизион тральщиков Одесской ВМБ в составе Т-491 «Кизилташ» (51), Т-492 «Белобережье» (52), Т-493 «Хаджибей» (53), Т-494 «Сары-Камыш» (54), Т-495 «Конка» (55), Т-497 «Егурча» (56), Т-503 «Байкал» (57);

— 6-й дивизион тральщиков Новороссийской ВМБ в составе «Зоря» (61), Т-489 «Хоста» (62), Т-511 «Червонный казак» (63), Т-512 «Валерий Чкалов» (64), Т-513 «Норд» (65), Т-514 «Ост» (66), Т-515 «Геленджик» (67), Т-516 «Майкоп» (68);

— 7-й, 8-й и 9-й дивизионы катерных тральщиков.

Также увеличилось количество сторожевых кораблей. В частности, из мобилизованных шаланд сформировали 10-й дивизион сторожевых кораблей Одесской ВМБ в составе «Кубань» (101), «Петраш» (102) и 11-й дивизион Новороссийской ВМБ в составе «Рион» (111), «Дон» (112), «Буг» (113), «Днестр» (114). За счет пограничников флот пополнился морскими охотниками типа МО — их стало 70 единиц.

В ходе военных действий изменялась структура Черноморского флота и количественный состав его соединений и частей. Так, на 3 июля 1942 г., то есть фактически с падением Севастополя, в составе флота имелись:

Эскадра кораблей с базированием на Поти:

— линейный корабль «Парижская коммуна» (с 31.05.43 г. «Севастополь»), крейсера «Красный Кавказ» (ремонт) и «Красный Крым» (в Батуми, нуждается в ремонте);

— 1-й дивизион эсминцев в составе «Железняков» (ремонт), «Незаможник», «Шквал», «Шторм» (в Батуми);

— 2-й дивизион эсминцев в составе «Бодрый», «Бойкий», «Беспощадный» (все в ремонте);

— Отряд легких сил в составе крейсеров «Молотов» и «Ворошилов» (в Батуми), 3-го дивизиона эсминцев: «Харьков» (ремонт), «Сообразительный», «Способный» (ремонт).

Первая бригада подводных лодок (базировалась на Поти):

— 1-й дивизион в составе Л-4, Л-5 (ремонт), Л-6 (ремонт), Л-23, Л-24;

— 2-й дивизион в составе Д-4 (в Туапсе), Д-5, С-31 (ремонт), С-33 (ремонт);

— 3-й дивизион в составе Щ-205, Щ-207 (ремонт), Щ-208, Щ-209 (все в Батуми);

— 4-й дивизион в составе Щ-213, Щ-214, Щ-215, Щ-216 (все в Батуми).

Вторая бригада подводных лодок имела в своем составе:

— 6-й дивизион в составе А-2 (в Туапсе), А-3 (в Поти), А-4 (в Очемчири), А-5 (в Поти);

— 7-й дивизион в составе М-31 (в Туапсе) и ремонтирующихся М-32, М-33, М-60, М-62;

— 8-й дивизион в составе М-111, М-112, М-113, М-117, М-118, М-120 и ремонтирующихся М-35, М-36.

Первая бригада торпедных катеров в составе 38 единиц, из которых 11 находились в ремонте.

Вторая бригада торпедных катеров в составе 17 единиц, из которых 5 находились в ремонте.

Отряд заградителей в составе минных заградителей «Коминтерн» и «Сызрань» (ремонт).

Гидрографические суда флота в составе 28 единиц, из них 9 в ремонте.

— 1-й дивизион тральщиков в составе Т-401, Т-403 (ремонт), Т-404, Т-412;

— 2-й дивизион тральщиков в составе Т-406, Т-407, Т-408 (ремонт), Т-409 (ремонт), Т-410, Т-411;

— 3-й дивизион тральщиков в составе «Пионер» (ремонт), «Земляк», «Судком» (ремонт), «Райкомвод», «Доротея».

— 1-й дивизион сторожевых катеров в составе 8 единиц, из них 5 в ремонте;

— 2-й дивизион сторожевых катеров в составе 8 единиц, из них 6 в ремонте;

— 3-й дивизион сторожевых катеров в составе 16 единиц;

— 9-й дивизион сторожевых катеров в составе 8 единиц, из них 2 в ремонте;

— 12-й дивизион сторожевых катеров в составе 10 единиц.

Новороссийская военно-морская база включала:

— 10-й отдельный дивизион подводных лодок: Щ-203 (Новороссийск) и находящиеся в ремонте — в Поти М-51 и М-52, в Новороссийске М-54 и М-55, в Туапсе Щ-201 и Щ-202;

— охрану водного района в составе 6-го дивизиона тральщиков («Ост», «Киров», «Крапивницкий», «Скумбрия», «Новороссийск», «Азов», Ш № 10 и находящиеся в ремонте «Геленджик», «Червонный казак», «Норд», «Хоста», «Заря», «Судак», «Спартак», «Димитров», «Майкоп»); 10-го дивизиона сторожевых кораблей (сторожевые корабли «Кубань» и «Петраш» (ремонт)); 4-й дивизион сторожевых катеров (6 катеров типа МО-4, из которых два в ремонте);

— 31-я 152-мм четырехорудийная батарея (м. Мысхако);

— 714-я 130-мм трехорудийная батарея (Геленджик, м. Тонкий);

— 394-я 100-мм четырехорудийная батарея (м. Пенай);

— 464-я 102-мм четырехорудийная батарея (р-он Благовещенской);