Бояре и иерархи часто сменяли друг друга у гроба. И у каждого из них было что вспомнить о патриархе. Не появлялся у гроба лишь князь Фёдор Мстиславский. Да ему и не дано было встать с ложа. Всевышний наказал его за кощунство и зло, чинимое ближнему. Он лежал пластом, и теперь у него не двигались ни ноги, ни руки, не было речи и слуху. У жестокосердых было что сказать в его адрес: «Бог покарал справедливо!»

Мраморную раку патриарха Филарета поставили в царскую усыпальницу, возле стояла рака с мощами царя Фёдора Иоанновича.

После похорон царь Михаил ещё долго не мог прийти в себя. И как миновало сорок дён, подумал, что пришло время наказать виновных в смерти патриарха и государя. Царь считал, что главный виновник в смерти его отца есть князь Фёдор Мстиславский. Но он уже был наказан и так сурово, что царь Михаил не помнил, кого бы Господь ещё так жестоко покарал. Другие же виновники, воеводы Шеин и Измайлов, всё ещё пребывали с войском в окружении под Смоленском. Это их позорное бездействие, считал царь, и надломило силы и здоровье Филарета. Они открыли дорогу полякам в глубины России. А патриарх лучше других знал, что такое есть польское господство. Но если бы Измайлов и Шеин дрались с честью, считал царь, и ныне патриарх бы здравствовал, вдохновляясь их победами. Знал же Михаил, что его отец не мог побороть в себе ненависть к католикам, к иезуитам, пытающимся поработить православие в России.

Год спустя, когда русская рать была вызволена из окружения под Смоленском на унизительных для России условиях, царь Михаил повелел судить воевод Шеина и Измайлова. И суд приговорил их к смертной казни. Царь Михаил утвердил первый в своей жизни смертный приговор, а утвердив, ушёл в Благовещенский собор и долго молился, прося у Господа Бога прощения за жестокосердие. Потом же пришёл в царскую усыпальницу и помолился близ раки Филарета, словно докладывал ему о том, что Россия вновь вступила в пору благоденствия и залечивания военных ран.

Позже историки и учёные России напишут о времени царствования первого царя династии Романовых и о времени правления государством Филарета: «Исторические успехи новой династии, её укрепление во главе государства в значительной мере связаны с личностью святейшего патриарха всея Руси, великого государя Фёдора Никитича. Сама властная фигура патриарха и его сан содействовали поднятию авторитета власти. Умирая 1 октября 1633 года, Филарет покинул Московское государство окрепшим настолько, что ни внешние опасности, вызывающие тяжёлую борьбу с соседями, ни внутренние язвы народного хозяйства и государственного быта, готовящие ряд грядущих потрясений, не могли расшатать воздвигнутого из развалин политического здания. С кончиной патриарха ничто по существу не изменилось, несмотря на несомненное ослабление правительственного центра», — читаем мы в историческом сборнике «Три века», издания 1912 года.