При созванном в Ярославле «Совете всей земли», как и в земском лагере под Москвой, создаются органы центрального административного управления — приказы. Важнейшими из них являлись: Разрядный (дьяки А. Вареев и М. Данилов), Поместный (Г. Мартемьянов и Ф. Лихачев), Дворец (С. Головин), Дворцовый (Большой Дворец — Н. Емельянов и П. Насонов), Монастырский (судья Т. Витовтов и дьяк Н. Дмитриев), Галицкая и Новгородская четь (В. Юдин, затем А. Иванов). Учреждением приказного типа стал созданный при ярославских ополченских властях Денежный двор. П. Г. Любомиров высказал в свое время интересное предположение о существовании в Ярославле Посольского приказа, дьяком которого он называет С. Романчукова, возглавившего летом 1612 г. переговоры с Джекобом Шоу (Яковом Шавом) — предводителем отряда воинов-наемников, просившихся в русскую службу. Тем не менее документального подтверждения о существовании в Ярославле такого приказа нет. Тот факт, что с конца 1612 г. С. Романчуков числился в общегосударственном Посольском приказе, может свидетельствовать лишь об имеющемся у этого дьяка достаточном опыте работы в учреждении подобного типа. Возможно, раньше он действительно состоял при дипломатическом ведомстве, функционировавшем при Ярославском «Совете всей земли», но, скорее всего все же вел посольские дела в составе другого земского приказа.

Ополченские власти предприняли попытку наладить работу органов местного управления. Во время «Ярославского стояния» земского войска были назначены воеводы в Устюжну, Белоозеро, Владимир, Касимов, Клин, Тверь, Кострому, Ростов, Суздаль, Переяславль, Тобольск и другие города Московского государства. Они должны были, помимо прочего, привести в порядок расстроенную в предшествующие годы военную организацию государства. С целью восстановления финансовой системы в это же время, по распоряжению ярославского правительства, местная администрация провела новые дозоры и составлены новые платежные книги. Власти Нижегородского ополчения возобновили начатые еще П. П. Ляпуновым переговоры о призвании на российский престол брата шведского короля принца Карла-Филиппа, признанного в те годы государем в оккупированной шведами Новгородской земле, но так и не прибывшего туда. В июльских грамотах (отписках) руководителей Второго ополчения в Новгород указывалось достаточно категорично: «… и мы того приговору (приговора «Совета всей земли» Первого ополчения об избрании шведского принца на российский престол. — В. В.) держимся…».

В самом Ярославле, действуя через местную Земскую избу, власти ополчения обложили население города чрезвычайным налогом, подобным собранному в Нижнем Новгороде и ряде других поволжских городов, собирали продовольствие, фураж и другие припасы, необходимые для насущных нужд земской рати. В примкнувших к движению уездах формировались и обучались новые отряды и местные ополчения.

Вражда и соперничество двух ополчений и двух правительственных центров особенно обострилась весной — летом 1612 г. Стремясь максимально расширить территорию, подконтрольную ярославскому «Совету всей земли», правительство Пожарского и Минина сделало ставку на военный разгром действовавших в Замосковье отрядов Первого ополчения, на скорейшее вытеснение их из этого района. Сужение сферы влияния подмосковного правительства, тревожившие подмосковные «таборы» известия об антиказачьих настроениях руководителей нового, формировавшегося тогда в Нижнем Новгороде ополчения, реальная угроза прорыва блокады Москвы поляками, а затем и тяжелые поражения, нанесенные ярославскими ратями казачьим отрядам Просовецкого и Толстого в Верхнем Поволжье и Замосковье вызвали серьезный социально-политический кризис в той части освободительного движения, которую возглавляли Д. Т. Трубецкой и И. М. Заруцкий. Воспользовавшись благоприятным моментом, в «таборах» под Москвой активизировали свою деятельность сторонники объявившегося 23 марта 1611 г. в Ивангороде, а затем принятого псковичами нового самозванца — Лжедмитрия III. Во главе заговорщиков встали И. В. Плещеев, князь Г. П. Шаховской и И. В. Засекин. 2 марта 1612 г. они организовали в подмосковном стане присягу псковскому самозванцу, принудив вождей ополчения согласиться с решением казачьего круга. Следствием произошедших в начале марта 1612 г. перемен явилось крайнее размежевание сил, как в самих «таборах», так и в стране. Многие служилые люди и даже казаки покинули ополчение, часть из них ушла в Ярославль.

Перспектива подчинения подмосковного ополченского правительства воцарившемуся в далеком Пскове новому самозванному государю не устраивала его главных «начальников». Присягой Лжедмитрию III остались недовольными сторонники не только Д. Т. Трубецкого, но и И. М. Заруцкого. Честолюбивые планы последнего были связаны с другим претендентом на вакантный российский престол — Иваном Дмитриевичем, годовалым сыном Лжедмитрия II и Марины Мнишек. Оба соправителя, втайне друг от друга, занялись организацией выступления против псковского самозванца. Князь Трубецкой, воспользовавшись посредничеством властей Троице-Сергиева монастыря, начал секретные переговоры с ярославским правительством. Послы князя, братья Пушкины, от имени своего предводителя предложили Пожарскому и Минину объединиться для совместной борьбы с интервентами и с «врагами, которые нынеча завели смуту».

И. М. Заруцкий на примирение с ярославцами рассчитывать не мог, а, возможно, и не хотел. Его отрицательное отношение к событиям 2 марта объяснялось иными причинами: бывший казачий атаман, а ныне земский «боярин и воевода», поддерживал кандидатуру малолетнего «царевича» Ивана Дмитриевича. Воцарение «воренка» возвело бы Заруцкого, вступившего в интимную связь с «паньей Мариною», в ранг полновластного правителя Московского государства. Интрига приехавшего из Пскова атамана Герасима Попова создала реальную угрозу этим честолюбивым замыслам. Заруцкий, использовав все свое немалое влияние на казаков, сделал ставку на устранение воскресшего в третий раз «царя Димитрия». Вместе с посольством И. Плещеева и К. Бегичева в Псков отправились наиболее доверенные сторонники Заруцкого, принявшие активное участие в организованном местным воеводой князем И. Ф. Хованским свержении самозванца: «… собравшись с народом, того самозванца, поимав и связав, к Москве скована отвезли, где его и повесили, а его сообщников по тюрмам посадили».

Устранив опасность, угрожавшую их интересам и устремлениям, Трубецкой и Заруцкий попытались нормализовать отношения с руководителями Нижегородского ополчения, стоявшего в Ярославле. В этот верхневолжский город из-под Москвы было отправлено большое посольство К. Н. Чеглокова и дьяка А. Витовтова, в которое входили также атаманы А. Коломна, И. Немов, С. Ташлыков и Б. Власьев «с товарищами». Послы прибыли в Ярославль 6 июня 1612 г. и привезли от Д. Т. Трубецкого и И. М. Заруцкого «повинную грамоту за своими руками», в которой «бояре и воеводы» Первого ополчения писали, что они от псковского «вора» отстали, так как это «прямой вор, не тот, который был в Тушине и в Калуге». В той же грамоте руководители подмосковного ополчения заявляли, что желают быть с нижегородцами «во всемирном совете и соединенье». В русских источниках сообщения о реакции ярославских ополченских властей на мирные предложения Трубецкого и Заруцкого не сохранилось. Однако в одном из писем Я. П. Делагарди сообщал шведскому королю, что ему и боярину И. Н. Одоевскому из Ярославля прислали грамоту, в которой новгородские власти извещались о приезде к Д. М. Пожарскому из-под Москвы казачьих атаманов, просивших нижегородцев о скорейшем объединении ратных сил. Пожарский выдвинул следующие непременные условия возможного объединения двух ополчений: выдача ярославцам «воренка» (сына Лжедмитрия II Ивана Дмитриевича); приведение подмосковных ополченцев и казаков к присяге (кресту), содержавшей обязательство быть в единении с нижегородцами; объявление об их «пожелании» вместе с приверженцами Пожарского и «Новгородским государством» избрать царем и великим князем шведского принца Карла-Филиппа. Последний пункт условий являлся основным и важнейшим. Переговоры об избрании шведского принца были начаты руководителями Второго ополчения вскоре после прибытия земской рати в Ярославль. В Новгород выехало соборное посольство С. Татищева, вместе с которым отправлено было «со всех городов ото всех чинов по человеку» — свидетельство исключительной важности, которую придавали в Ярославле этой дипломатической миссии.