Полет Гесса в Шотландию в мае 1941 г. привел к дальнейшему укреплению положения Бормана. Заменив Гесса, Борман, согласно декрету от 29 мая 1941 года возглавил партийную канцелярию. 29 января 1942 года полномочия Бормана были расширены и он получил право контроля над всеми законами и директивами, издающимися Гитлером.

С началом Второй мировой войны Борман принимал активное участие в обсуждении политики по отношению к населению оккупированных стран. На Нюрнбергском процессе был предъявлен меморандум М. Бормана, в котором излагались принципы германской политики в Польше, превращенной в генерал-губернаторство. Приняв участие в беседе Гитлера с генерал-губернатором Г. Франком, М. Борман записал, что фюрер «подчеркнул, что поляки, в противоположность нашим немецким рабочим, рождены специально для тяжелой работы; нашим немецким рабочим мы должны предоставлять все возможности выдвижения: по отношению к полякам об этом не может быть и речи. Даже нужно, чтобы жизненный уровень в Польше был низким, и повышать его не следует… Если поляк будет работать 14 часов, то, несмотря на это, он должен зарабатывать меньше, чем немецкий рабочий».

Борман писал: «Фюрер разъяснил, что… будет совершенно правильным, если в губернаторстве будет избыток рабочей силы, тогда необходимые рабочие будут действительно ежегодно поступать оттуда в империю. Непременно следует иметь в виду, что не должно существовать польских помещиков; там, где они будут, – как бы жестоко это ни звучало, – их следует уничтожить… Фюрер подчеркнул еще раз, что для поляков должен существовать только один господин – немец; два господина, один возле другого, не могут и не должны существовать; поэтому должны быть уничтожены все представители польской интеллигенции. Это звучит жестоко, но таков жизненный закон».

Излагая программу действий по отношению к церкви в Польше, Гитлер, по словам Бормана, сказал: «Будет правильным, если поляки останутся католиками; польские священники будут получать от нас пищу, за это они станут направлять своих овечек по желательному для нас пути.

Священники будут оплачиваться нами, и за это они будут проповедовать то, что мы захотим. Если найдется священник, который будет действовать иначе, то разговор с ним будет короткий. Задача священника заключается в том, чтобы держать поляков спокойными, глупыми и тупоумными. Это полностью в наших интересах».

Борман не только записывал мысли Гитлера, но и разрабатывал решения на их основе. Действуя на основе указаний Гитлера, Борман принял участие в совещаниях, на которых были приняты решения о вывозе 60 тысяч евреев из Вены в Польшу. 31 мая 1941 г. Борман распространил действие антисемитских Нюрнбергских законов на оккупированные территории.

Вскоре после нападения на СССР, 16 июля 1941 г. Борман принял участие в секретном совещании, на котором помимо него были Гитлер, Кейтель, Розенберг, начальник имперской канцелярии Ламмерс. Совещание, посвященное задачам войны на территории СССР, продолжалось 5 часов. На основе результатов обсуждения Борман составил «секретный меморандум». В его первых фразах подчеркивалось, что не стоит публично раскрывать подлинные цели. Они излагались лишь для посвященных: «Крым следует очистить от всех инородцев. Бывшая австро-венгерская Галиция подлежит включению в рейх… В Прибалтике должна быть взята под управление территория до Двины… Приволжская колония должна стать частью рейха, равно как и район вокруг Баку. Этот район должен стать немецкой концессией (военным поселением)».

«Финны хотят заполучить Восточную Карелию, однако из-за наличия большого никелевого месторождения на Кольском полуострове, последний отойдет к Германии. Крайне осторожно надо начать подготовку присоединения Финляндии в качестве федерального государства. Финны претендуют на район Ленинграда. Однако фюрер хочет сравнять Ленинград с землей, а затем отдать его финнам».

«…Нельзя допустить существование каких-либо вооруженных сил западнее Урала – даже если для достижения этой цели нам пришлось бы вести войну сто лет. Все преемники фюрера должны знать: безопасность рейха обеспечена лишь тогда, когда западнее Урала нет чужеземной военной силы. Охрану этого района от всех возможных угроз берет на себя Германия. Железный принцип на веки веков: никому, кроме немца, не должно быть дозволено носить оружие!.. Только немец может носить оружие – не славянин, не чех, не венгр, не казак, не украинец!»…Из завоеванных восточных областей мы должны сделать для себя райский сад. Они для нас жизненно важны».

Борман всецело поддерживал идею о том, что СССР надо превратить в жизненное пространство для немцев. Население же советских земель должно уничтожаться. 5 ноября 1941 г. Борман направил директиву относительно погребения русских: «Для перевозки и погребения гробов не предоставлять. Трупы должны полностью прикрываться крепкой бумагой (промасленной, просмоленной или, если возможно, асфальтовой бумагой) или каким-либо другим подходящим материалом. Перевозка и погребение должны производиться незаметно. Если нужно похоронить несколько трупов, то должна быть вырыта братская могила. В этом случае тела должны быть захоронены рядом, а не друг на друге, в соответствии с местными обычаями относительно глубины могил. В тех случаях, когда захоронение происходит на кладбищах, следует выбирать отдаленное место. Обряды или украшение могил не допускать». Русские должны были исчезнуть с лица русской земли и упокоиться без гробов в безымянных могилах.

8 мая 1942 г. Борман участвовал в совещании с Гитлером и Розенбергом по вопросу о принудительном переселении голландцев в Латвию, а также о проведении на оккупированной территории СССР программы её экономической эксплуатации и уничтожения её населения.

22 июля 1942 г. Борман прибыл в ставку к Гитлеру в Винницу, а затем поехал по украинским деревням. В поездке его сопровождал личный врач Гитлера Брандт. Как писал Лев Безыменский, «Борман совершил это путешествие и вечером изложил Гитлеру некоторые мысли, которые у него возникли. Первое, что бросилось рейхсляйтеру в глаза, – это были дети… Борман заметил, что в деревнях очень мало мужчин и очень много детей. Второе: он увидел мало детей в очках и у всех были хорошие зубы. Гитлер слушал очень внимательно и сделал несколько замечаний».

Другим следствием поездки Бормана по деревням и селам Украины стала директива Розенбергу относительно принципов обращения с населением Советского Союза:

«1. Если женщины и девушки на оккупированных восточных территориях производят аборты, то мы должны это только приветствовать. Немецкие юристы не должны против этого возражать. По мнению фюрера, следует допустить в оккупированных восточных областях интенсивную торговлю противозачаточными средствами, так как мы не заинтересованы в росте ненемецкого населения…

…

3. Немецкие органы здравоохранения ни в коем случае не должны действовать на оккупированных восточных территориях. Не может быть и речи о производстве прививок ненемецкому населению и о других профилактических медицинских мерах.

4. Ненемецкое население не должно получать иного образования, кроме низшего. Если мы совершим эту ошибку, то сами родим будущее сопротивление. По мнению фюрера, вполне достаточно, если лица ненемецкой национальности, в том числе так называемые украинцы, научатся читать и писать.