В мае 1676 года лорд Воан доносил госсекретарю сэру Джозефу Уильямсону, что «сэр Генри, вопреки своему долгу и оказанному ему доверию, восхваляет приватирство и ставит преграды всем моим планам и намерениям сократить число тех, кто избрал сей жизненный путь». Губернатор просил правительство вывести Моргана из состава Совета Ямайки, но дело замяли. Лорд Воан с грустью констатировал: «Все местные лица, облеченные властью, имеют свой интерес в приватирстве и поэтому не желают содействовать его искоренению».

В июле того же года Воан выдвинул очередные обвинения против Моргана и Роберта Биндлосса в Совете Ямайки. Моргана он обвинял в связях с известными флибустьерами, а Биндлосса — в деловых отношениях с месье д’Ожероном, губернатором Тортуги.

Трения между Воаном и Морганом продолжались до тех пор, пока первый не покинул остров в марте 1678 года. Несмотря на обвинения, которые Воан выдвинул против Моргана в Уайтхолле, тот оставался вице-губернатором и при новом губернаторе — графе Карлайле.

Четыре месяца (с марта по июль — до прибытия на остров графа Карлайла) сэр Генри Морган исполнял обязанности губернатора Ямайки. Он был большим энтузиастом оборонительных работ. Известно, что в апреле 1678 года Морган созвал Совет и, как он говорит, «взял с собой некоторых джентльменов осмотреть форты». Спустя три недели он писал Ковентри, что необходимо предпринять экстренные меры по усилению Порт-Ройяла. В это время основные усилия колониальной администрации были направлены на восточный оборонительный рубеж и центральную часть южной стороны города. Новые каменные стены были возведены у «тюрьмы», положив начало Форт-Руперту, вооруженному 22 пушками и сторожившему юго-восточные подходы к Порт-Ройялу. Новый форт был построен также на северной оконечности палисадов и назван Форт-Карлайл в честь нового губернатора, который прибыл на остров 19 июля 1678 года. Кроме того, Форт-Джеймс был усилен новой каменной платформой.

Не довольствуясь достигнутым, Морган настоял на возведении новых батарей между фортами Чарлза и Руперта. К этому его побуждала угроза со стороны французов, о чем сообщал в июле 1679 года секретарь острова Роланд Пауэлл. Было построено укрепление, ставшее известным как Форт-Морган, или Морган-Лайн, в котором установили 16 пушек; их доставили моряки с военного корабля «Хантер». Как писал его капитан 8 сентября 1679 года, «[я отправил] 30 наших людей на берег, чтобы затащить большие пушки на новый Форт Моргана».

Будучи председателем адмиралтейского суда, Морган получал ежегодное жалованье в 600 ф. ст. «Должность адмиралтейского судьи, — признавался он, — была дана мне не потому, что я знаю дело лучше других, а также не из-за ее выгодности, поскольку я покинул школу слишком рано, чтобы слыть знатоком тех или иных законов, и гораздо больше упражнялся с пикой, чем с книгой; что же касается выгоды, то здесь, в этом городе, не сыщется ни одного носильщика, который не заработал бы больше денег, чем я получаю от этого суда. Но я искренне стараюсь поддерживать честь суда ради служения Его Величеству».

В период губернаторства Карлайла флибустьерство опять расцвело — в основном из-за стремления графа к личному обогащению и его конфликтов с палатой ассамблеи. Правда, после набега Джона Коксона и его друзей на Пуэрто-Бельо (в 1680 году) и отъезда графа Карлайла на родину, сэр Генри, вторично взяв в свои руки управление островом, вынужден был начать преследование наиболее активных пиратов. «Приватирство искушает бедного и неудачника, — писал он в Лондон, — и я не жалею сил, дабы искоренить это зло». Несколько флибустьеров было задержано и отдано под суд, парочку «закоренелых негодяев» пришлось-таки вздернуть на виселице. Об этом Морган докладывал госсекретарю сэру Леолайну Дженкинсу в письме от 8 (18) марта 1682 года:

«С тех пор как я приступил к исполнению приказов Его Величества, три пирата были казнены; целая группа, которая два последних года беспокоила испанцев в Южных морях, с помощью испанского пилота прибыла на [Британские] Подветренные острова; шестнадцать из них отправились в Англию с Бартоломью Шарпом, их вожаком, остальные находятся на Антигуа и соседних островах, исключая четырех, которые прибыли сюда, один из коих сдался мне, другие трое были обнаружены мной с большим трудом. Они были после этого найдены виновными и осуждены. Тот, который сдался сам, стал доносчиком, чтобы получить благосклонность суда. Один из осужденных оказался кровавым и отъявленным негодяем и достоин наказания, двое других, как мне доложили, могут быть прощены судьями; я не хочу выступать против этого до получения приказов Его Величества, и я искренне рад, что мнение суда столь благосклонно; я питаю большое отвращение к кровопролитию и весьма сожалею, что за время моего недолгого правления мне так часто приходилось наказывать преступников смертью».

К моменту, когда сэр Томас Линч повторно вернулся на остров как губернатор (в мае 1682 года), масштабы морского разбоя уже значительно сократились. По иронии судьбы, именно на этой фазе сэр Генри и Роберт Биндлосс были выведены из состава Совета и смещены со всех должностей (в октябре 1683 года). Кузен сэра Генри, капитан Чарлз Морган, был отстранен от командования фортами Порт-Ройяла, а его друг Роджер Эллетсон уволен с должности главного судьи. Сообщая о своем решении в министерство торговли, Линч писал: «Сэр Генри Морган и капитан Морган (его кузен) организовали специальный клуб, посещаемый только пятью или шестью лицами, где (особенно когда его члены бывали пьяны) диссиденты богохульствовали и ругались». И далее: «Во время пьянок сэр Генри поносит правительство, ругается, чертыхается и божится сверх всякой меры». Морган слал протесты в Англию, но они не были услышаны. Уволенный со службы, он запил и уехал на время из Порт-Ройяла на свои плантации.

В 1683 году специальный акт Совета Ямайки поставил флибустьеров вне закона, приравняв их к обычным пиратам. Спустя год Линч умер, успев оставить поручение на пост временно исполняющего обязанности губернатора Хендеру Моулзвёрту — ярому противнику пиратов; этим были развеяны надежды Моргана еще раз получить должность главы ямайской администрации.

Новым губернатором Ямайки король назначил сэра Кристофера Монка, второго герцога Альбемарля, который был близок к партии плантаторов и флибустьеров. Он вывел из Совета сторонников Моулзвёрта и ввел туда своих людей, в том числе Моргана и Эллетсона.

Государственная служба принесла Моргану гораздо более солидный доход, чем некогда — флибустьерство. Он владел тремя большими плантациями (Пенкарн в приходе Сент-Джордж, Артурс-Лэнд в приходе Сент-Мэри и Дэнкс в приходе Кларендон), 122 африканскими невольниками, 7 индейцами, 11 белыми сервентами, а все его состояние оценивалось в 5250 ф. ст. Поместье Морганс-Вэлли в Кларендоне, где он одно время проживал, было, по всей видимости, присоединено к Дэнксу.

Между тем бренные дни сэра Генри были уже сочтены. Знаменитый врач и коллекционер, основатель Британского музея Ганс Слоан, проживавший в те годы на Ямайке, был приглашен неким доктором Роузом осмотреть больного экс-флибустьера. Моргана он нашел «худым, с землистым цветом кожи, глаза желтоватые, живот выдающийся, или выпуклый». Пациент жаловался на отсутствие аппетита, слабость, тошноту и понос. Слоан решил, что виной тому — «пьянство и [распутная] ночная жизнь», и прописал Моргану целый букет мочегонных и слабительных средств. Однако старый развратник не захотел менять привычный образ жизни, и обратился за помощью к колдуну-африканцу. Последний, как писал Слоан, «поставил ему клистир с мочой и облепил его с ног до головы глиной с водой, чем усилил кашель. Тогда он отказался от черного доктора и послал за другим, который посулил ему исцеление, но больной продолжал слабеть, кашель усиливался, и вскоре он умер».