Опыт, полученный при создании ХВ-44, позднее пригодился при создании бомбардировщиков В-50, также оснащенных двигателями R-4360.

В 1944 году исследовательский цент на базе Эглин-Филд во Флориде разработал альтернативную систему вооружения, состоявшую из обслуживаемых стрелками турелей с системой управления «Дженерал Электрик». На месте двух автоматических турелей на верхней стороне фюзеляжа установили две турели «Мартин А-3», как на В-24. Переднюю нижнюю турель заменили сферической турелью «Сперри А-2», а заднюю — убирающейся в фюзеляж турелью «Сперри А-3». В каждой из верхних и нижних турелей разместили по два 12,7-мм пулемета. Кроме того, по бортам фюзеляжа установили по одной дистанционно управляемой турели «Эммерсон 136» с одним 12,7-мм пулеметов в каждой. На месте бортовых огневых точек в гнездах типа К-6 установили еще по одному 12,7-мм пулемету. Конструкцию хвостовой огневой точки оставили без изменения.

Хотя испытания показали, что огонь непосредственно управляемых человеком турелей эффективнее огня турелей с дистанционным управлением, на практике такую систему вооружения не применяли. Иначе пришлось бы отказаться от размещения экипажа в гермокабинах. Как оказалось, решение было принято верное. В конце войны тяжелым бомбардировщикам достаточно редко приходилось вступать в бой с истребителями противника.

Для проведения бомбовых операций особого назначения использовались наружные бомбодержатели для подвески под крыльями бомб особо большого калибра. Такие бомбодержатели смонтировали на один B-29-75-BW (44-70060). Самолет получил возможность брать четыре 4000-фунтовые бомбы (1814 кг) или две бомбы «Гранд Слэм» массой по 22000 фунтов (9979 кг). Предусматривались и другие схемы бомбонагрузки. В бомбовых отсеках самолет мог нести бомбы или дополнительные бензобаки.

Бомбы «Гранд Слэм» предполагалось использовать для уничтожения особых целей на территории Японии. Но на практике В-29 с этими бомбами не летали.

В-29-5-ВА (42-65211, «Lady Eve») Дж. Рассела Чивера из 498-й группы на аэродроме Айли-Филд, Сайпан. В борту фюзеляжа зияет огромная дыра от зенитного снаряда.

Четырехпулеметная турель B-29/B-29A/F-13

Четырехпулеметная турель В-29A-40/B-50/RВ-50

В-29 «Еl Pajaro De La Guera» («птица войны») из 6-й бомбардировочной группы, весна 1945 года. Нижняя сторона самолета выкрашена блестящей черной краской. Черная полоса на хвосте указывает на машину командира 6-й группы.

Авиационная часть операции по сбросу на Японию первых атомных бомб получила кодовое название «Силверплейт». В рамках этой программы, начатой 1 декабря 1944 года, 17 бомбардировщиков В-29, выпущенных фирмой «Мартин» в Омахе, приспособили для переноса атомных бомб. Самолеты принадлежали сериям В-29-35/-40/-45/-50-МО. Модификацию самолетов проводили в соответствии с техзаданием «проект 9814S». Затем, в рамках «проекта 98228S» переделали еще 28 В-29, которые оснастили двигателями со впрыском топлива, винтами «Кертис Электрик», переконструированными бомбовыми отсеками. Пулеметное вооружение самолетов ограничили одной хвостовой огневой точкой.

Первый самолет B-29-5-BW (42-6259) модифицировали на аэродроме Райт-Филд, Огайо в декабре 1944 — январе 1945 года. Самолет получил британский бомбосброс «тип F» и бомбодержатели «тип G» для бомб массой 12000 фунтов (5443 кг). Кроме того, самолеты оснастили новой опорной рамой внутри бомбового отсека, подъемным краном С-6, усиленными створками бомбоотсека, новые соединительные коробки, а также радиоальтиметр SCR-718.

В рамках «Проекта А» создавались три типа атомных бомб:

1) «Литтл Бой» (Mk.II, «малыш») — урановая бомба. Внутри бомбы находился закрытый заглушками с двух сторон пушечный ствол, на концах которого находились половины уранового заряда. Подрыв заряда приводил к тому, что обе половины соединялись, образуя критическую массу урана-235. Бомба имела диаметр 23 дюйма (58,42 см), длину 120 дюймов (304,8 см), массу 9000 фунтов (4082 кг).

2) «Фэт Мен» модель 1222 («толстяк») — нереализованный проект плутониевой бомбы. Бомба имела низкие баллистические характеристики, а в ее конструкции предполагалось использовать более полутора тысяч болтовых соединений.

3) «Фэт Мен» модель 1561 (Mk.III/Mod.0 или FM Mk.III/Mod.0, «толстяк») — плутониевая бомба (Pt239). Плутониевый заряд состоял из нескольких частей, которые при подрыве инициирующего заряда объединялись. Диаметр бомбы 60 дюймов (152,4 см), длина 128 дюймов (325,12 см), масса 10000 фунтов (4536 кг).

Бомба «Толстяк» была взята за образец. Было создано несколько учебных бомб, имевших те же размеры, что и «Толстяк». Макеты называли «Пампкинс» («Дыня»). Подвеска «Малыша» требовала дополнительного адаптера.

Единственной частью, получившей бомбардировщики В-29 «Силверплейт», была 393-я эскадрилья 509-й смешанной группы. Именно самолеты этой части сбросили бомбы на Хиросиму и Нагасаки в августе 1945 года.

После войны совершенствование бомбардировщиков В-29, предназначенных для переноса атомных бомб, продолжалось. На базе в Оклахома-Сити на самолеты установили радарный калькулятор МХ-344, новые кожухи двигателей. В конструкцию самолета внесли и другие изменения. В июле 1946 года на базе в Сакраменто самолеты оснастили радаром AN/APQ-13, винтами «Кертисс Электрик», двигатели с впрыском топлива и указатели расхода бензина. Самолеты также получили ряд приспособлений, облегчающих их эксплуатацию в зимних условиях. 12 мая 1947 года кодовое название «Силверплейт» заменили названием «Сэддлтри». При этом на самолетах заменили английские узлы узлами американского производства. Это были бомбодержатели U-12 и подъемный кран С-7.

В-29 из 499-й группы стоят в утреннем тумане на полосе аэродрома Айли-Фигд, весна 1945 года. Базы на Марианах находились в 1500 милях от Японии, но бомбардировщики В-29 имели дальность полета 3250 миль.

«Dautnless Dotty» из 869-й группы. Самолет пилотировал майор Роберт Морган. Морган вел самолеты XXI корпуса в первый налет на Токио 24 ноября 1944 года.