В начале апреля 1949 г. Щиров получил распоряжение прибыть в Главный штаб ВВС. Но он не хотел возвращаться в Москву, тем более предвидел свое позорное, как казалось, увольнение из армии. В общем, ничего хорошего ему не предвещало, и он принимает решение перед отъездом заехать в Ленинакан, встретиться с друзьями, поговорить. А там видно будет. Но по дороге резко меняет свое решение. Ночью Щиров сходит с поезда, следовавшего в Ленинакан, и направляется к государственной границе с Турцией. Возникшая и ставшая навязчивой бредовая идея — при аресте все рассказать в компетентных органах — заслонила разум. И, как назло, никого не оказалось рядом, чтобы отговорить Сергея от безрассудного поступка. Рано утром 7 апреля пограничный наряд обратил свое внимание на человека в кожаном реглане и авиационной фуражке у канала, впадавшего в реку Араке, в районе селения Беркашат Октемберянского района Армянской ССР. Изначально пограничникам показалось, что вероятный нарушитель делал все, чтобы его заметили. Он стоял на виду и вел себя странно. Сначала перешел канал, а затем вернулся. Наряд принял его за проверяющего и решил задержать. Задержанный сопротивления не оказал, но заявил, что является неудачным перебежчиком, и просил не препятствовать его переходу в Турцию. Его доставили в Ереван, где тут же допросили, а потом отправили в Москву, в МГБ СССР. Одна маленькая деталь: из 28 предметов, изъятых у задержанного, 18 составляли награды (Звезда Героя Советского Союза, два ордена Ленина, орден Красного Знамени, орден Кутузова 3-й степени, орден Александра Невского, орден Отечественной войны 1-й степени, орден Красной Звезды, югославский орден Партизанской Звезды и медали).

Возможно, Щиров надеялся на то, что его «иконостас» станет убедительным доказательством его честности, а то, что он расскажет в Москве, приведет гэбэшников в шок. Но он, измученный любовной трагедией, которая ломала всю его жизнь, был просто наивен. Теперь героя уже не могли защитить и боевые награды. Есть основание предполагать, что на первом же допросе в столице Сергей заявил истинную причину своего «побега», но это не было зафиксировано в протоколе. С первого допроса его утащили волоком, а после двух таких про Берию он уже не вспоминал. Через месяц пребывания на Лубянке Щиров подписал все, что ему предлагали. Оставалась надежда на суд военного трибунала, где он мог бы выступить и рассказать правду про Берию. Но «шпионскую деятельность в пользу иностранного государства» рассмотрело Особое совещание при министре госбезопасности, где приговор был суровый: «25 лет лагерей строгого режима». В обвинительном заключении Щирова говорилось:

«... Будучи враждебно настроенным к ВКП (б) и Советской власти, пытался изменить Родине — совершить побег за границу». И далее в деле № 2508 следовало постановление: «Щирова, как изменника Родины, направить в особый лагерь». Так продолжалось восхождение героя на голгофу в возрасте Христа, но уже в Речлаге, в Воркуте. Находясь там, Сергей нарушал лагерный режим и дерзил. Об этом постоянно информировалось лагерное начальство. Бывший герой за это очень часто содержался в штрафном изоляторе. Теперь он уже не хотел молчать. Как итог, 14 сентября 1951 г. военный трибунал выносит ему новый приговор: 25 лет лагерей плюс 5 лет поражения в правах. Дело № 10–8682, заведенное в Воркуте 28 апреля 1951 г., теперь хранится в архиве ФСБ в Сыктывкаре. В нем говорится, что Щиров признан главным виновным в том, что «создает среди заключенных антисоветскую повстанческую организацию, именуемую ВНТС (Всероссийский народно-трудовой союз), проводит антисоветскую агитацию, направленную на свержение существующего в нашей стране советского строя, клевещет на руководство партии и Советского правительства, восхваляет агрессивную политику Англии и Америки...».

После завершения первого в его жизни судебного процесса Щирова отправляют в Инту, в Минлаг. Но бывший летчик-истребитель и здесь не смиряется со своим положением. И снова жалобы надзирателей и охранников. Однажды доведенный до отчаяния Сергей каким-то образом поджег свою камеру. Его хотели спасти, но «гражданин начальник» запретил это сделать. «Пусть сгорит в собственном огне», — кричал он. Однако судьба смилостивилась на этот раз. Огонь потух сам. И хотя Сергея вытащили без признаков жизни, он выжил. В Минлаге Щиров отсидел до 1953 г., а потом в лагерь пришло постановление о его этапировании в Москву, в Бутырскую тюрьму, в распоряжение Главной военной прокуратуры. После смерти Сталина начался пересмотр его дела, который продолжался более двух месяцев. Тем не менее 30 декабря 1953 г. Сергея снова возвращают в Инту. Лишь в 1954-м придет решение коллегии Верховного суда СССР от 17 февраля о его освобождении и снятии судимости. Уже не будет Сталина, Берии, но и не будет Героя Советского Союза, летчика-аса подполковника Щирова.

Как-то Сергей сказал надзирателю: «История повернется в другую сторону, и тогда мы вас будем судить». История действительно повернулась в другую сторону, но не совсем круто, чтобы ему вернули звание Героя, воинское звание, все награды, а самое главное, чтобы восторжествовала справедливость. А уж судить ему не пришлось никого!

В Москву он вернулся сломленным человеком. А. В. Ворожейкин рассказывал: «В середине 50-х годов у входа в метро меня остановил щупленький человеке бледным, изможденным лицом: «Арсен!» — радостно воскликнул он. На глаза у него навернулись слезы. Я не узнал его, но слезы меня насторожили, и я сочувственно сказал: «Извините, я вас что-то не помню». «Я Щиров, Арсен!» «Сережа!» — я обнял товарища, и мы долго стояли так и молчали».

Корреспондент «Красной Звезды» Алексей Голиков тоже случайно встретился с Щировым одним из первых. Он вспоминал: «В бюро пропусков Главного штаба ВВС меня окликнул какой-то человек в засаленной кепке, старом офицерском кителе. Серые в полоску брюки заправлены в солдатские кирзовые сапоги. «Не узнаешь? — спросил он. — Я же Сергей Щиров. Вот хотел к бывшим сослуживцам заглянуть, да видеть они меня не хотят, — с горечью посетовал Щиров. — А ведь я уже не враг народа». Он сильно сдал за эти годы. Лицо в морщинах, землистые щеки ввалились, и только когда улыбался беззубым ртом, по-прежнему щурил усталые, какие-то пристывшие глаза. И улыбка от этого получилась страдальческой, вымученной, говорит тихо, почти шепотом, все время боязливо озираясь...»

В столице Сергея приютил у себя на квартире Н. Ф. Исаенко. Боевой товарищ пытался помочь бывшему командиру, но даже устроить его на работу оказался бессилен. Не подлежал Щиров и полной реабилитации.

А что Софья Матвеевна? В 1950-е она вышла замуж то ли за полковника, то ли за генерала госбезопасности. Во время пребывания в Москве Сергей навестил и ее. История умалчивает, о чем говорили бывшие супруги, на которых еще семь лет назад оглядывались прохожие. Безусловно, в квартиру теперь уже респектабельная дама не впустила амнистированного зэка. Но, видимо, пожалев, выбросила ему раскладушку... Даже в возрасте эта женщина оставалась красивой «особенной, осенней красотой, которая не стирается с годами, а наоборот, приобретает неотразимое очарование», напишет очевидец.

Вот что показал о ней на очередном допросе по делу Берии полковник Саркисов P.C.: «Мне также известно, что Берия сожительствовал с женой военнослужащего, Героя Советского Союза, фамилию которого я не помню, звать жену София, телефон ее Д-1–71–55, проживает она по ул. Тверская-Ямская, дом номер не помню. По предложению Берия через начальника сан. части МВД СССР Волошина ей был сделан аборт». О ней же написал А. В. Сухомлинов в своей книге «Кто Вы, Лаврентий Берия?»: «Одна из забеременных от Берия женщин была... кем бы выдумали? Никогда не догадаетесь. Женой Героя Советского Союза (это из протокола допроса Саркисова). Ну что здесь сказать? Да, это, конечно, очень важно! Такой успех у жены Героя Советского Союза!!! А можно иначе. Вот Берия — негодяй. До чего довел жену Героя Советского Союза?!»