К этому времени в Москве уже был составлен заговор, во главе которого встал знатный князь Василий Иванович Шуйский. После смерти Бориса Годунова он оказался единственным московским боярином, не поехавшим навстречу Лжедмитрию. В июне 1605 г. он предпринял попытку свержения самозванца, был разоблачен, приговорен к казни, но затем помилован и отправлен в ссылку. Вернувшись в конце 1605 г. в Москву, Шуйский возглавил новый заговор, завершившийся гибелью самозванца. Восстание началось 17 мая 1606 г. Заговорщикам удалось ворваться во дворец и разоружить стражу Лжедмитрия. Все приближенные его разбежались. Один лишь Петр Басманов пытался защищать самозванца, но был убит. Царь попробовал бежать, но, выпрыгнув из окна дворца с высоты 20 локтей, сломал ногу и был убит — застрелен из пищали сыном боярским Григорием Валуевым. Труп самозванца волоком притащили на Красную площадь и бросили в грязь посреди рыночных рядов. Через три дня его тело закопали в поле за Серпуховскими воротами. Некоторое время спустя, боясь колдовской силы мертвого самозванца, — над местом погребения которого ночью горели странные голубые огни, его труп вырыли, сожгли на костре, пепел смешали с порохом и выстрелили из пушки в том направлении, откуда Лжедмитрий I пришел в Москву.

В день восстания 17 мая москвичи расправились не только с самозванцем, но и многими поляками, служившими в его войске и приехавшими на Русь в свите его невесты. Бояре с трудом смогли остановить эти стихийные расправы народа со своими обидчиками. Встревоженные действиями посадских людей власти поспешили с избранием нового государя, не дожидаясь созыва правильного Земского собора с участием выборных представителей всей земли. 19 мая 1606 г. собравшимся на Красной площади народом новым царем был «выкрикнут» главный герой произошедшего в столице переворота пятидесятичетырехлетний боярин Василий Иванович Шуйский.

Четыре года его правления стали временем тяжелейших потрясений и испытаний для русского народа. Прекратить начавшуюся при Борисе Годунове и Лжедмитрии I «междоусобную брань» в Московском государстве новый властитель не смог. В своих действиях, направленных на стабилизацию обстановки в стране, он пытался опереться на дворянство и посадские общества северных и центральных районов страны, наиболее пострадавших от социальных катаклизмов прошлых лет и поэтому заинтересованных в ужесточении политического режима в стране. В угоду их требованиям В. И. Шуйский еще более ограничил личную свободу крестьян, увеличив срок сыска беглых до 15 лет. Подобная политика царя дала прямо противоположный его ожиданиям результат, еще больше накалила обстановку в стране и привела к обострению противоречий между консервативным Севером и радикальным Югом, где даже помещики выступали противниками ограничения крестьянского выхода и продолжали укрывать беглых, селившихся на их землях.

Итогом противостояния стало возникновение на Юге страны мощного антправительственного движения. Еще во время майского восстания 1606 г. из Москвы в Путивль, а затем в Польшу бежал один из ближайших сподвижников погибшего Лжедмитрия I Михаил Андреевич Молчанов, прихвативший с собой одну из государственных печатей. После воцарения Василия Шуйского по многим русским городам были разосланы грамоты, скрепленные украденной печатью. В них утверждалось, что царь Дмитрий Иванович вновь чудесным образом спасся и вскоре вернется, чтобы покарать изменивших ему московских людей. Выглядели такие послания вполне достоверно, ведь в силу установившейся традиции в то время царские грамоты не скреплялись личной подписью государя, но в обязательном порядке заверялись его печатью.

Одну из таких грамот получил возвращавшийся из турецкого плена донской казак Иван Исаевич Болотников, бывший боевой холоп князя А. А. Телятевского. Проезжая через Польшу, в Самборе, в замке Мнишеков, его представили некоему лицу, назвавшемуся «царем Дмитрием Ивановичем», возможно, М. А. Молчанову. «Самборский самозванец» пожаловал Болотникову чин «большого воеводы», выдав ему 60 дукатов и саблю, и направил в Путивль к воеводе князю Григорию Петровичу Шаховскому, начавшему поднимать Северскую землю против царя Василия Шуйского.

Болотников и еще один самозванец — Лжепетр (беглый холоп Илейка Коровин, назвавшийся «царевичем Петром Федоровичем», мифическим сыном царя Федора Ивановича) оказались во главе одного из самых мощных в российской истории народных восстаний. В нем приняли участие не только крестьяне и холопы, но и многие служилые люди, отряды которых возглавили авторитетные в их среде вожди: П. П. Ляпунов, Г. Ф. Сумбулов и И. И. Пашков. Одержав победы над правительственными войсками под Кромами, Ельцом, потерпев неудачу в столкновении в устье реки Угры, но затем взяв реванш в бою на реке Лопасне, восставшие вышли к реке Пахре. Здесь после жаркого боя отряда Пашкова с войском М. В. Скопина-Шуйского, мятежники были остановлены. Отступив к Коломне, Пашков соединился с рязанским войском Г. Ф. Сунбулова и П. П. Ляпунова и овладел этой важной крепостью. Затем повстанческие отряды начали новое наступление на Москву. Встревоженный успехами мятежников Василий Шуйский направил против них армию под командованием Ф. И. Мстиславского и Д. И. Шуйского. 25 октября 1606 г. в 50 верстах от столицы, у села Троицкого, произошло большое сражение закончившееся тяжелейшим поражением московских «бояр и воевод». Взятых в плен 9 тыс. простых ратников Пашков распустил по домам, а знатных пленников отправил в Путивль. 28 октября 1606 г. войска Пашкова подошли к Москве, куда вскоре прибыл и Болотников, принявший на себя командование всей повстанческой армией. Основные позиции мятежников находились у села Коломенского и у деревни Заборье (у Серпуховских ворот), а рать Пашкова отошла к Николо-Угрешскому монастырю. Осада столицы длилась более месяца — до 2 декабря. Это был период наивысшего подъема восстания, охватившего тогда огромную территорию: под контролем мятежников находилось более 70 городов юга и центра России.

В критический момент борьбы московские власти проявили максимум решимости и организованности, тогда как действия повстанческих вождей оказались неэффективными. Искушенный в политических интригах Василий Шуйский и поддержавшие его церковные иерархи сумели убедить москвичей, в неизбежности жестокой мести за свержение Лжедмитрия I. Решимости столичного посада стоять до конца против мятежной рати не смогли поколебать ни проникающие в город вражеские лазутчики, ни распространяемые восставшими прокламации — «воровские листы», как называл их патриарх Гермоген.

Посадские люди, участвовавшие в начавшихся в повстанческом лагере у села Коломенского переговорах, также говорили с мятежниками твердо и убедительно. На все утверждения Болотникова о том, что он видел в Польше «царя Димитрия» москвичи отвечали: «Это несомненно, другой, мы того Димитрия убили». Подобная уверенность не могла не произвести определенного впечатления на соратников Болотникова, особенно из числа рязанских и тульских служилых людей. Вскоре монолитное антиправительственное движение окончательно распалось.

Воспользовавшись установившейся на период переговоров мирной передышкой, московское правительство сумело собрать войска. В столицу прибыли дворянские ополчения из Смоленска, Дорогобужа, Белой и Вязьмы. Армия Шуйского росла, армия Болотникова слабела — 15 ноября 1606 г. на сторону московского царя перешли дворянские отряды П. П. Ляпунова и Г. Ф. Сумбулова.