В действительности, ливонские рыцари выработали эффективную стратегию борьбы с русскими войсками. Сначала они пытались бороться с отрядами, совершавшими набеги, с помощью пехоты и артиллерии, но не могли угнаться за татарской конницей. Сталкиваясь же с превосходящими силами пехоты и кавалерии, ливонцы отступали в свои крепости. Эта тактика оставляла поселения совершенно беззащитными против мародеров. Теперь же, из насущной необходимости, Кеттлер усовершенствовал способы действия своей кавалерии, которые могли уменьшить ущерб, приносимый русскими отрядами конницы. Опираясь на лучшее знание местности и возможность отступления в замки, ливонская кавалерия терроризировала врага везде где могла. Это мешало русским рассредоточивать силы, чтобы грабить и жечь деревни, а также мешало снабжению армии фуражом и провиантом и давало некоторую защиту ливонским крестьянам. Кроме того, Кеттлер убедил литовцев помочь ему в защите южных земель Ливонии, а шведов – защищать север. Сконцентрировав оставшиеся силы, Кеттлер назначил на командные посты молодых и дерзких рыцарей, вдохнув боевой дух в свою армию. К несчастью, удача была не на его стороне, о чем говорит следующий отрывок из летописи:

Это сражение обернулось фатальным поражением. Потери были не столь велики, но погибшие рыцари были цветом Ливонского ордена. Все понимали, что традиционное правление и традиционный образ жизни близятся к концу. Несмотря на смятение, поражения и чувство, что сопротивление безнадежно, ливонские рыцари продолжали сражаться, нападая на вражеских фуражиров и защищая самые важные замки. Обширная переписка между магистром и его кастелянами и протекторами показывает, что организация ордена не была полностью разрушена. По-прежнему войска перебрасывались с одного направления на другое, припасы собирались и распределялись. Но рыцарей были слишком мало, они были стары, а наемников было слишком много, чтобы платить им из сократившихся доходов, но слишком мало для открытого сражения. Казна была в жалком состоянии. Готтхард Кеттлер отчаянно пытался собрать деньги и войска из империи и удержать соседних князей от попыток разделить его страну, но его старания не достигали успеха. Хотя Кеттлер с самого начала планировал изменить форму правления орденом и сделаться князем-землевладельцем, следует воздать должное его усилиям по сохранению ордена и его владений и желанию передать наследие нетронутым в руки одного владельца.

И все же он мало что мог сделать, чтобы продлить существование военного ордена. Когда полевая армия потерпела поражение, Кеттлер не мог больше эффективно защищать замки. Многие братья попали в плен и закончили свои дни на улицах Москвы, где им, падавшим от изнеможения, срубили головы во время победного парада. Большая крепость в Феллине, со всеми припасами, оружием и казной, была сдана, когда наемники потребовали, чтобы ее командор принял царское предложение капитулировать. Фюрстенбург, который хотел сражаться до конца, был уведен в Москву, где и провел остаток своей жизни в почетном плену. Иван надеялся, что сможет убедить остальных ливонцев признать себя его вассалами, согласно древней традиции обязанными лишь платить царю налоги и нести военную службу. Купцам же он обещал доступ к русскому рынку. Несколько человек из знати и горожан действительно перешли на сторону царя, но большинство сделало это, лишь попав в плен и не видя иной разумной альтернативы. Еще больше людей верили в рассказы о жестокостях Ивана, из-за которых он получил прозвище «Грозный». Царские обещания значили меньше, чем примеры тирании Ивана. Они считали, что лучше прибегнуть к какой-либо уловке, дававшей возможность пережить этот кризис. Вскоре Кеттлер начал секретные переговоры, направленные на то, чтобы распустить орден, а его самого сделать герцогом тех земель, что могут быть спасены от русских.

Среди братьев ордена были те, кто протестовал против передачи замков, одного за другим, польским гарнизонам, но и они не могли предложить ничего, чтобы защитить их только своими силами. Только собрав все оставшиеся силы, заняв как можно больше денег на оплату наемников, могли они удержать хотя бы Курляндию, и даже это становилось проблематичным, потому что венценосный патрон Кеттлера не торопился ссужать ему новые суммы.

Ливонский орден все еще формально существовал, хотя большинство его братьев были мертвы или находились в плену. Слишком поздно они нашли способы противостоять превосходству русских в численности. Рыцарей было очень мало, а лучшие командиры пали в боях. Ни одна армия не может воевать, не терпя поражений, если же её тактика включает в себя дерзкие и рискованные действия, число поражений будет еще больше. А единственное поражение при Эрмсе привело к потере самого боеспособного отряда кавалерии. Большинство тех, кто выжил, было готово переложить обязанность воевать на других. Возникающий вакуум силы втягивал в страну чужеземцев.

Паника, последовавшая за поражением при Эрмсе и падением крепости Феллин, в самом сердце страны, не прошла мимо внимания эстонцев, этого упрямого народа, так никогда и не смирившегося с владычеством крестоносцев. Память о предыдущих восстаниях, которые оканчивались горькими поражениями, научила их терпению. Но те, в ком остались отвага и инициатива, видели, что их время пришло, стало возможным сбросить ярмо их угнетателей.

Эстонцы не умели обращаться с оружием, ведь поколения назад они были лишены его, но в 1559 году ливонские рыцари организовали отряды местной пехоты, вооружив их мечами, копьями и щитами. Эти отряды использовались для поддержки мелких частей наемников и феодальной конницы, пытавшихся удержать русских мародеров во время осады Ревеля. Со временем русские прекратили наступление и ушли. Тогда эстонские крестьяне осознали, что, если бы они сражались за русских, а не против них, они могли бы получить независимость, или по крайней мере освободиться от немецкого правления. Царь воодушевлял лидеров заговора восстать, напоминая, что он приветствовал всех, кто перешел на его сторону сразу, и наградил их за службу и верность. Он выслушивал советы эстонцев, использовал их в качестве разведчиков и соглядатаев, посылая их в занятые немцами районы для пропаганды среди тех, кто был готов слушать их. В оккупированных землях он велел своим чиновникам снабжать крестьян посевным зерном, помогать восстанавливать дома и удерживать войска от грабежей и насилия. Напротив, немцы вводили все новые и новые налоги, чтобы оплачивать ведущуюся войну, и призывали всех годных на военную службу, для перевозки припасов и снаряжения или на строительство укреплений.