В компетенцию Цицикарского, Гиринского и Мукденского цзянцзюней и командующих войсками Приамурского военного округа и Квантунской области, как устанавливало русское правительство, входил широкий крут вопросов административного и хозяйственного значения. Однако при этом действовал категорический запрет «затрагивать какие бы то ни было вопросы политического характера», обсуждение которых должно было вестись на уровне правительств.

Российско-китайские переговоры о будущем устройстве в Маньчжурии велись на межгосударственном уровне около года, однако закончились безрезультатно. Значительно больших успехов русские власти добились при проведении переговоров на местах, непосредственно с маньчжурскими властями. Однако в начале осени 1900 года ведение таких переговоров были затруднено в связи с тем, что многие китайские чиновники бежали со своих мест вместе с отступавшей китайской армией.

Мукденский цзянцзюнь Цзэн Ци бежал вместе с армией. Однако вскоре он вышел на русское военное командование с инициативами о прекращении военных действий. 30 сентября 1900 года генерал Д.И. Суботич получил от него письмо, в котором китайский чиновник соглашался сотрудничать с русскими военными властями: «…Ради добрых отношений, существующих более 200 лет между двумя государствами, я никогда не думал нарушить или потерять такую нашу вековую дружбу и поэтому неоднократно обращался к Вам с просьбой о прекращении военных действий. К приходу русских войск в столицу (Мукден) я поддерживал народное спокойствие и приказал остановить военные действия. По общему мнению, мы должны были выехать из столицы и ждать дальнейших переговоров с горьким чувством жалости о всем происшедшем.

Наверное Вы, почтенный цзянцзюнь, Ваши чиновники и, наконец, все жители Мукденской провинции знали о моем искреннем желании прекратить всякие враждебные действия друг к другу. Я слышал, что Вы, почтенный цзянцзюнь, по приезде в Мукден командировали солдат для охранения императорских могил и дворца, а также Вы успокоили местных купцов и жителей, которые занимаются теперь своим делом тихо и спокойно, при том Вы не позволяли солдатам взять у жителей какую бы то ни было вещь, и даже ни один из жителей не был убит или ограблен. Такие высоконравственные распоряжения и внимание не только в наш век, но и очень редко встречаются даже в старину у знаменитых вояк. За что я глубоко тронут и признателен… Вследствие разорения имущества населения бежавшими солдатами и хунхузами необходимо принять теперь меры к преследованию их, чтобы дать возможность жителям мирно продолжать свою обыденную жизнь».

«Гибкая» позиция Цзэн Ци устраивала русское военное командование и политическое руководство России. 16 ноября 1900 года Цзэн Ци вернулся в Мукден и приступил к исполнению обязанностей цзянцзюня. Военным комиссаром при нем стал полковник Б.Л. Громбчевский.

Гиринский цзянцзюнь Чан Шунь остался на месте при приближении русских войск и был оставлен на своем посту русскими военными властями. Военным комиссаром при нем был назначен подполковник Н.М. Манакин.

Цицикарский цзянцзюнь Шоу Шань покончил с собой, и фактически до конца 1900 года вопрос о новом главе провинции Хэйлунцзян так и не был решен. Российским военным комиссаром в этой провинции выступал полковник Искуль фон-Гильденбанд.

Некоторая часть китайских чиновников и должностных лиц восприняли военное поражение Китая и установление военного контроля над Маньчжурией как явление неизбежное и попытались найти свое место в создавшихся условиях. Типичным в этом отношении является письмо фудутуна Мукдена Лин Си к генералу Д.И. Суботичу, полученное русским командованием 20 октября 1900 года. В заискивающей манере китайский чиновник ставил перед русским командованием проблемы местного населения и просил содействия в их решении:

«Под знаменами Великого цзянцзюня Великого Российского Государства я услышал весть о Вашем прибытии, мое сердце взволновалось и почувствовало радостный отклик. Пусть будет с Вами счастье и благополучие. Пусть наступят мирные отношения, о чем я ныне только и думаю и прошу Вас…

Услышав о справедливости и человечности Вашей армии, я был глубоко обрадован. В Мукдене и во всех ближайших местах, где появились Ваши мощные войска, разбойники бежали и исчезли. Но кругом во всех остальных деревнях злоумышленники только теперь стали появляться. Простой народ страдает. Торговля не двигается вперед. Народ ежедневно поедает очень много, но доставлять хлеб и зерно трудно в 10 000 раз…

Я, фудутун, глядя на тягость нынешнего времени и скорбя сердцем за народ и желая спасти 10 000 людей, погрязших точно в угольной яме, почтительнейше подношу мое вершковое письмо Вашему величию, в глубоком раздумье о более чем 200-летней дружбе наших обоих государств. Об этой сердечной связи можно сказать, что она глубока и толста…

Полагаю, что дорогие войска расположились в Мукдене только для того, чтобы охранять народ, охранять железную дорогу и производить постройку. Но Мукден не имеет властей, народ не имеет главы. Путь и дороги преграждены. Ни деньги, ни хлеб не имеют движения. Торговые дела не растут, как стебель без ветвей. Человеческие сердца разделились. Что касается найма рабочих, провоза и прочего, то все эти дела трудно осуществимы сообразно желаниям. Мало того, что это все не полезно для нашей ничтожной земли, но и для работ по постройке железной дороги дорогого государства это представляет затруднения».

Одним из важнейших направлений политической деятельности русского военного командования в Маньчжурии стала работа с местным населением. Показательным в этом отношении стала помощь русской стороны во время голода в провинции Хэйлунцзян в 1901 году.

В марте того года по почину русского военного коменданта Цицикара капитана Некрасова из 21-го Восточно-Сибирского стрелкового полка в городе был образован благотворительный комитет. В него вошли представители местного населения и русской стороны. Комитет собрал и раздал через цзянцзюня голодающим 842 рубля и 12 тысяч пудов чумизы (местного проса). В течение 3,5 месяцев военным комендантом было выдано продовольствие 5 тысячам нуждающихся семей.

Помимо содействия в организации различных благотворительных обществ русское военное командование в лице генерала Н.И. Гродекова разрешило выдачу голодным жителям продовольственных запасов, захваченных русскими войсками в качестве военной добычи. Так, в марте со складов в Цицикаре было выдано нуждающимся 2 тысячи пудов чумизы, в феврале и марте было выдано бедным в Нингуте 10 тысяч пудов чумизы. В декабре голодающее китайское население получило от русского военного командования 20 тысяч пудов чумизы. И таких фактов было множество.

Эти меры русского военного командования были высоко оценены российским императором. На всеподданнейшем докладе об этом 28 июля 1901 года он начертал: «Одобряю; если нужно, так следовало бы продолжать».

К осени 1900 года практически вся территория Северо-Восточного Китая находилась под контролем русского военного командования. Главным объектом военно-политического контроля России над Маньчжурией была полоса Китайско-Восточной железной дороги, прежде всего населенные пункты в полосе отчуждения. В двух из трех провинций Маньчжурии к этому времени была установлена власть местной китайской администрации на уровне цзянцзюней. Однако большое число китайских населенных пунктов не имело местных органов управления, и властные функции там осуществляли русские военные коменданты или представители КВЖД.