Со сдачей в плен последних авторитетных руководителей китайских повстанцев в Маньчжурии началась массовая сдача в плен всех верных им отрядов. Первая крупная партия китайских солдат численностью 4000 человек была взята в плен войсками генерала А.В. Каульбарса еще в июле—августе 1901 года. Под свою ответственность он приказал разоружить пленных и передать их местным китайским органам власти для организации из них отрядов полиции. Эта инициатива была одобрена российским императором, который повелел: «…принять на службу в полицию с сохранением оружия 4000 сдавшихся с тем, чтобы обезоружение их проводить постепенно, как возможно по местным условиям, с выдачей пособия от 2 до 5 лан каждому».

В период с 8 сентября по 22 октября 1901 года в Северной Маньчжурии сдалось в общей сложности 2216 бывших китайских солдат. Из них 1324 человека были переданы для зачисления в полицейскую стражу, 121 отправлен на родину в Застенный Китай[10], 615 человек отправлены по местам жительства в пределах Маньчжурии, а 156 человек разошлись. С конца октября и до декабря 1901 года сдалось еще 263 бывших китайских солдата».

Наиболее сложной операцией осени 1901 года стало уничтожение крупных отрядов хунхузов численностью в 2000 человек, которыми командовал бывший подручный Люданзыра — Ванлоуху. Его уничтожение было поручено отряду в составе 320 стрелков, 200 конных охотников, 143 аргунских казаков с шестью орудиями под общим командованием полковника Ирмана, командира Забайкальского артиллерийского дивизиона.

В начале 1902 года русским командованием в Северной Маньчжурии были организованы и проведены две последние крупномасштабные военные экспедиции в бассейне реки Сунгари и на Чанбошаньском нагорье. Эти операции «подтвердили окончательно, что китайские войска и крупные скопища хунхузов в Северной Маньчжурии были искоренены».

В Южной Маньчжурии экспедиционными отрядами русских войск руководили генерал Мищенко и полковник Добронравов. Однако отряды и шайки противника были немногочисленны и при приближении русских войск сразу разбегались. В ходе военных операций нашим войскам сдалось в плен свыше 3000 бывших китайских солдат и один из их предводителей — Линчи, который был выслан на жительство в Читу.

В соответствии с Высочайшим повелением российского императора сроком окончания военных действий в Маньчжурии было приказано считать 26 марта 1902 года. Таким образом, вооруженная стадия российско-китайского конфликта в Маньчжурии продолжалась почти два года. Однако и после марта 1902 года некоторые русские войска и военные учреждения оставались в Маньчжурии и продолжали эвакуацию на родину. Постепенно функция обеспечения русского военного контроля в этом регионе Китая полностью переходила в ведение корпуса Охранной стражи КВЖД.

Параллельно с «военным успокоением» Маньчжурии русским военным командованием решалась задача так называемого «политического успокоения» этого региона Китая.

Еще в конце сентября 1900 года адмирал Е.И. Алексеев направил Военному министру секретную телеграмму с предложениями о послевоенном устройстве Маньчжурии. В документе говорилось: «На первое время оккупация в интересах наших должна иметь характер преимущественно политический, почему полагал бы желательным сохранить в Мукденской провинции, насколько возможно, прежний административный строй, не вмешиваясь без особой надобности в дела внутреннего управления. В этих видах следует оставить во главе управления цзянцзюня, предоставив ему право, для поддержания порядка, иметь полицейскую охрану в определенном числе.

Для руководства и контроля при нем должны состоять уполномоченные военные и Министерства иностранных дел…

Дабы сохранить подобающее значение цзянцзюня среди населения, считаю полезным сохранить его нынешнюю независимость и вести мои сношения с ним через наших уполномоченных…».

В начале ноября 1900 года в Петербурге состоялось так называемое Особое совещание трех министров: военного, иностранных дел и финансов, на котором была принята соответствующая инструкция — «Основания русского правительственного надзора в Маньчжурии». Этот документ фактически являлся программой политического устройства Северо-Восточного Китая вплоть до заключения официального договора или соглашения с китайским правительством.

Основным принципиальным положением вышеназванного документа, состоявшего из 21 пункта, являлся пункт первый: «Маньчжурия остается составной частью Китайской империи и сохраняет те же административные подразделения и тот же порядок управления, которые существовали до занятия сей области русскими войсками». Далее в инструкции оговаривалось, что русские войска «временно оккупируют эту страну».

В пунктах 6—8 «Оснований русского правительственного надзора в Маньчжурии» обосновывались необходимость и легитимность российского вмешательства:

«6. Китайские войска, расположенные в Маньчжурии, приняли самое деятельное участие во враждебных по отношению к России действиях и поэтому были уничтожены и рассеяны. Ввиду бесполезности в настоящее время китайских войск для водворения и поддержания в Маньчжурии порядка китайскому правительству будет предложено отказаться от содержания своих войск в Маньчжурии.

7. С упразднением в Маньчжурии китайских войск значение цзянцзюней и фудутунов по командованию войсками, расположенными во вверенных им провинциях и фудутунствах, уничтожается, и посты эти должны явиться чисто административными, с сохранением за цзянцзюнями и фудутунами тех прав, которые они до сих пор имели, за исключением права командования войсками.

8. Для полицейской службы и поддержания порядка в Маньчжурии вне линии железной дороги при цзянцзюнях и фудутунах формируется вооруженная пешая и конная полицейская стража. Численность означенной полицейской стражи при цзянцзюнях и фудутунах определяется в провинциях Цицикарской и Гиринской командующим войсками Приамурского военного округа, а в провинции Мукденской — командующим войсками Квантунской области.

В вооружении полицейской стражи орудия не допускаются. Иностранцы на службу в полицейскую стражу не принимаются ».

В соответствии с положениями выработанного тремя российскими министрами документа на командующих русскими войсками в регионе возлагалась задача «установления надзора за деятельностью цзянцзюней и фудутунов и оказание им содействия в восстановлении и поддержании порядка». Российский военный контроль над местной китайской администрацией заключался прежде всего в том, чтобы их деятельность «не имела по отношению к России враждебного характера».

Помимо общего контроля над китайской администрацией со стороны командующих русскими войсками, при каждом из цзянцзюней учреждались должности русского военного комиссара в штаб-офицерском чине. Именно через них должно было осуществляться сношение между местными китайскими властями и командирами (начальниками) русских войск и гарнизонов в Маньчжурии. При этом цзянцзюни и фудутуны в процессе сношений с представителями русских властей приравнивались по служебному положению: первые — к губернаторам, вторые — к уездным начальникам. Помимо военных комиссаров, при цзянцзюнях учреждались также должности российских дипломатических агентов.