Так или иначе, но запорожские казаки, имея главным центром своих поселений город Старую Самарь, уже около 1576 года обратили свое внимание на вековой дремучий лес, «дубовую товщу», находившуюся в 26 верстах выше города, и здесь, на обширном острове, между рекой Самарой и ее рукавом Самарчиком, устроили первую в своих вольностях, а по-теперешнему во всей Екатеринославской губернии, небольшую деревянную церковку «с шпиталем, звоницею и школою при ней», во имя святителя и великого чудотворца Николая, снабдили ее церковной утварью, богослужебными книгами, ризницей и выписали для юной церкви иеромонахов из Киевского монастыря, а в 1602 году устроенную церковь обратили в Самарско-Николаевский монастырь и ввели в нем богослужение по чину греческого Афонского монастыря[682].

С этого времени и начинается история церкви в пределах вольностей войска запорожского низового. С тех пор запорожские казаки, заботясь о святости православной веры, разновременно в течение всей своей исторической жизни устроили у себя около 60 церквей, не считая нескольких часовен, скитов и молитвенных икон, и открыто выступили на борьбу с врагами за веру предков. В конце XVI века такими врагами русской веры и народности объявило себя польское правительство и католическое духовенство. В 1596 году между Польшей и Украиной, по проискам римской курии, состоялась так называемая церковная уния; по этой унии православные люди Украины присоединялись к католической церкви, ни в чем не нарушая своей веры и обычаев, но признавая лишь верховным главой, в духовном отношении, римского папу. Так условлено было на бумаге, на деле же вышло совсем иначе: Польша, бывшая в то время главным рассадником иезуитов, оттого сама заразившаяся иезуитским верогонением и бесконечной ненавистью ко всему православному, вскоре после введения унии стала насильственно обращать православных людей в католиков, стала запрещать богослужения в украинских городах по восточному обряду, стала глумиться над русским православным духовенством, и тогда всем сделалось ясно, что введенная на Украине уния была лишь мостом, через который иезуиты стремились провести в православную Украину католическую веру. Тогда против насилий со стороны католического духовенства и гонений польского правительства подняли свой голос именно запорожские казаки: в 1632 году на общей войсковой раде, публично и торжественно, они решили удалить из своей среды всех католиков, живших среди низового православного товарищества; они не сделали католикам никакого насилия, напротив того, выделили из войскового скарба часть принадлежавшего им добра, но велели им немедленно оставить пределы запорожских вольностей. Однако католики, может быть, не желая расстаться с вольной жизнью; может быть, не желая возвращаться к ненавистным порядкам своей отчизны, решились принять православную веру и навсегда остаться в Запорожье[683].

Между тем гонения со стороны католиков на православных на Украине не прекращались, и тогда на защиту веры предков и народных прав в самой Украине выступил знаменитый гетман Богдан Хмельницкий. Он нашел приют у запорожских казаков в их Сечи на Микитином Роге, получил от них военную и денежную помощь и в 1648 году, 8 мая, впервые нанес врагам православной веры страшное и роковое поражение в пределах вольностей запорожских казаков, на речке Желтые Воды, впадающей в реку Ингулец[684], теперешнего Верхнеднепровского уезда Екатеринославской губернии. В этом же году, после победы над поляками при Желтых Водах и Корсуне, Хмельницкий прислал на сечевую церковь в Микитином Роге и ее священнослужителей 300 талеров в подарок[685]. Так Микитинская церковь была второй после Самарско-Николаевской в Запорожском крае; нужно думать, однако, что эта вторая церковь была не постоянная, а временная, подвижная.

После целого ряда битв, последовавших за первыми поражениями поляков, запорожские казаки, в 1654 году, вместе с малороссийскими казаками и народом, поступили в подданство русского царя, и тогда их православная церковь нашла защитников в лице высших иерархов русской церкви. В это время, именно в 1656 году, в пределах вольностей запорожских казаков, в селении Старом Кодаке, устроена была третья церковь, во имя архистратига Михаила. Церковь эта была походная, привезенная из Запорожской Сечи и устроенная, по распоряжению Коша, для учрежденной впервые в Старом Кодаке береговой стражи из охочих казаков-лоцманов; при ней был иеромонах Самарско-Николаевского монастыря[686].

В наставшей после присоединения Украины и Запорожья к России войне русских с поляками и их союзниками, турками и татарами, запорожские казаки принимали самое деятельное участие, воюя против недругов православной Христовой веры. За это им жестоко отомстили полудикие крымцы: в отсутствие запорожцев они прошли с огнем и мечом из края в край все Запорожье, испепелили казацкие жилища, разорили главные их займища, захватили с собой массу всякого добра и, что всего больнее было для запорожских казаков, истребили огнем главную святыню их – только что возникший Самарско-Николаевский монастырь. С невыразимой грустью возвращались запорожцы после трудных походов в свои родные места; вид страшных разрушений, оставленных повсюду татарами, в особенности же в Самарском монастыре, наполнил негодованием их сердца; они не могли забыть разрушения святыни татарами даже спустя 55 лет после того, когда сами жили под протекцией крымского хана.

Заняв родные пепелища, запорожские казаки в марте 1659 года, после общей войсковой рады на Романковом кургане, выше Днепровских порогов, где теперь село Романково Екатеринославского уезда, решили построить четвертую по счету церковь на новой своей Сечи, Чертомлыцкой, во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Церковь эта была окончена в сентябре, а богослужение в ней начато первого числа в октябре храмового праздника в Сечи. Вслед за построением церкви в Сечи запорожские казаки взялись за возобновление разрушенной татарами церкви в Самарском монастыре: скоро на месте сгоревшей маленькой церкви явилась большая и лучшая, по-прежнему со шпиталем, звонницей и школой; в 1672 году она была торжественно освящена и вслед за тем открыта богослужениям. Спустя 5–6 лет после этого, в период времени от 1677 по 1678 год, к реке Самаре хлынула с одной стороны масса православных поселенцев Заднепровья, не стерпевших страшных насилий со стороны польских властей, с другой – масса казаков, бежавших из-под Черкас, Канева и Чигирина после разорения их во время Русско-турецкой и русско-казацкой войн; и те и другие, между прочим, были поселены близ Самарско-Николаевского монастыря[687].

Конец XVI и начало XVII столетия во всех отношениях неблагоприятны были для православной церкви Запорожского края. Это время в истории низовых казаков ознаменовано было большими смутами и тревогами: в 1679 году турецкие войска приходили на Запорожье и ниже Сечи «смуровали» для себя две крепости; тогда запорожцы принуждены были уйти из Сечи в луга; с 1687 года открылись крымские походы князя Василия Голицына, продолжавшиеся по 1689 год; тогда русские войска шли через вольности запорожских казаков и устроили здесь, в Старой Самаре, базис для отражения татар, так называемую Новобогородицкую крепость, послужившую поводом к недовольству и открытому бунту со стороны запорожцев на русское правительство, видевших в построении крепости посягательство на их собственную свободу; в 1692 и 1693 году на Украине действовал бывший канцелярист Петрик, поднявший все Запорожье и Крым против украинских старшин и гетмана Ивана Мазепы; в 1694 году запорожские казаки ходили под крымский город Перекоп; в следующем году принимали участие в азовских походах Петра против турок, а в 1701 году ходили походом к городам Минску и Пскову против шведов[688]. Наконец, ко всему этому запорожские казаки в это же время испытали ужасные бедствия от засухи, неурожая, саранчи и мора[689]. Все это вместе взятое не могло, конечно, благоприятно отозваться на положении возникшей церкви в Запорожском крае. Отсюда неудивительно, почему за весь этот период исторического существования казаков к четырем возникшим церквам – Самарской, Никитинской, Старокодацкой и Чертомлыцкой – прибавилась лишь одна, в запорожском селении Лычковом, на левом берегу Орели, в 55 верстах от Самарско-Николаевского монастыря, существовавшая уже в 1706 году[690].