Однако этот одиночный успех ПВО никак не отразился на общей критической ситуации. Налеты немецких бомбардировщиков постоянно усиливались. В один из сентябрьских дней девять Не-111 внезапно совершили налет на станцию Палласовка, разрушив все станционные постройки и прилегающие здания. Казахские поселки Орда и Джаныбек почти каждый день подвергались бомбардировкам, в результате в них погибли тысячи мирных людей, были уничтожены практически все дома и хозяйственные постройки. В Джаныбеке от прямого попадания авиабомб полностью сгорел госпиталь, раненые красноармейцы прыгали из окон, пытались спускаться по водосточным трубам, те же, кто не мог ходить, отчаянно ползли подальше от огня, но спаслись далеко не все.

Люфтваффе атаковали даже сельскохозяйственные угодья в Казахстане. Так, 12 и 13 сентября германские бомбардировщики сбросили несколько сотен зажигательных бомб разного калибра на поля колхозов «Алгаба» и «Жана Турмыс» Джаныбекского района. В результате сгорели 38 тыс. гектаров сенокосных угодий и кошары для скота. Местные жители стали чуть ли не по полдня отсиживаться в вырытых на окраине поселка щелях и траншеях.

Поселок Орда превратился в военный городок, здесь размещалось руководство гарнизона. Какен Кубейсинов, живший во время войны в Орде, вспоминал: «Я бросил учебу и пошел работать, так же, как и все мои сверстники, пас скот, сеял, убирал урожай и сопровождал обозы до железнодорожной станции Сайхин. В телеги, запряженные волами, загружались вещмешки с продуктами, в основном это были масло, куырдак (жареное мясо) и 2—3 пуда зерна. Сами солдаты шли рядом. В сентябре 42-го, когда мы уже стали приближаться к поджидавшим нас вагонам на станции Сайхин, четыре фашистских бомбардировщика сбросили пять бомб, а затем на бреющем полете обстреляли из пулеметов воинский эшелон. При мне были убиты два и ранены пять человек».

Помимо постоянных бомбардировок, немцы стали все активнее воздействовать на железную дорогу Саратов – Астрахань с помощью многочисленных диверсионных групп, которые регулярно сбрасывались Люфтваффе в казахской степи. Они снабжались большим количеством оружия, запасами взрывчатки, продовольствием, рациями, а также подробными топографическими картами. Все это позволяло им в течение длительного времени автономно существовать в районах, примыкавших к железной дороге. Немецкие агенты подрывали железнодорожное полотно, вели постоянное наблюдение за движением составов, сообщая полученные данные по рации.

Сотрудники НКВД и бойцы истребительных батальонов Джаныбекского и Урдинского районов постоянно вступали в бои и перестрелки с диверсантами. Однако держать под контролем всю дорогу протяженностью около 600 км было невозможно. Поэтому диверсии происходили регулярно. Немецкие самолеты по ночам регулярно сбрасывали своим «партизанам» контейнеры с боеприпасами и продовольствием, а иногда даже совершали посадки на специально оборудованных в степи площадках.

Кроме агентов и шпионов в советском тылу бродили и сбитые немецкие летчики. Какен Кубейсинов рассказывал: «В одну из ночей сентября 42-го во дворе залаяла собака. Мы, ребятишки, выйдя на улицу вместе с мамой, увидели, как ярко вспыхнул свет. Все поняли, что в селе кто-то чужой, потому что в нашем магазине такие лампадки не продавались, и никто у нас не мог позволить себе такие вещи. Наутро я с двумя своими друзьями-пионерами пошел искать следы чужака. Село наше находится в песках, поэтому на окраине увидели отчетливые следы взрослого человека, они уходили в степь. Один из мальчишек побежал звать взрослых. Остальные двое двинулись дальше. Пройдя еще немного, во рву я увидел мужчину, он лежал не шевелясь. Из взрослых к нам из района приехали военный комиссар и представитель местной власти, они приказали немцу сдаться, но тот начал стрелять. Мы мальчишки, пригнулись к земле и, окружив яму, лежали не дыша. Потом немец в одежде советского солдата поднял руки и вышел из ямы. Оказалось, его истребитель был сбит советскими самолетами, он катапультировался и скрывался в наших краях. Военком поблагодарил нас за бдительность, а в школе нас представили как героев».

В середине сентября железнодорожные станции на линии Саратов – Астрахань стали подвергаться бомбовым ударам по нескольку раз в день. Кроме того, все чаще фиксировались полеты вражеских самолетов над Среднеазиатской зоной ПВО, в т.ч. над г. Уральском, причем, учитывая большие пространства этой зоны, ясно, что некоторые из них пролетали над ней незамеченными постами ВНОС. В связи с этим в Западно-Казахстанской области объявили военное положение и ввели режим затемнения, в городах Уральске и Гурьеве были созданы городские комитеты обороны, объединившие руководство государственных, партийных и военных органов. В Уральске был создан оперативный узел связи с линиями проводов на Гурьев, Астрахань и Куйбышев. В Гурьеве была также создана военно-морская база кораблей Каспийской морской и Волжской речной флотилий, а также береговых частей и служб.

Каждый день на различных участках горели пассажирские и товарные вагоны, платформы с техникой, цистерны с нефтью. На большинстве станций были разбиты заправочные колонки для паровозов, склады с углем, стрелки и разъезды. Линии связи были разрушены почти на всем протяжении. Многокилометровые пробки и заторы, пожары, обгоревшие трупы людей, нефтяные лужи – такую картину можно было наблюдать в те дни от Палласовки до Харабали. Особенно большие разрушения наблюдались на 120-километровом участке Эльтон – Баскунчак. Органы Наркомата путей сообщений теряли контроль над обстановкой.

Поскольку железная дорога проходила по почти необитаемым районам, а линии связи проходили только вдоль магистрали и были разрушены, целые эшелоны просто пропадали без вести. В конце концов пришлось в качестве «разведчиков» использовать самолеты У-2. Пролетая над участками дороги, они фотографировали поездное положение, а затем данные передавались в Наркомат путей сообщений. Сложилась уникальная ситуация: в одно и то же время над железной дорогой летали советские и немецкие самолеты и производили аэрофотосъемку одних и тех же объектов. Вероятно, при «совместном» выполнении этих заданий «Юнкерсы» не раз встречались с «кукурузниками», только телетали гораздо ниже.

Особенно трудно приходилось железнодорожникам. Из-за того, что днем Люфтваффе полностью господствовали в воздухе, они вынуждены были ремонтировать пути ночью, в темноте. Каждый день из строя одновременно выходили множество участков, находящихся на большом расстоянии друг от друга, что сильно затрудняло работу. Людей катастрофически не хватало, поэтому к работам привлекалось местное население, в т.ч. женщины и дети. Техника и стройматериалы также имелись лишь в ограниченном количестве, посему качество ремонта оставляло желать лучшего. Из-за нехватки времени на засыпку воронок железнодорожники восстанавливали пути зигзагами, просто обходя рытвины и ямы, а также скопления сгоревших вагонов и цистерн. Когда холодная сентябрьская ночь заканчивалась, все начиналось сначала.

Вот как о сложной напряженной работе по перевозке железнодорожных грузов вспоминал железнодорожник М. В. Кошманов: «Немецкие самолеты-разведчики держали каждый поезд под наблюдением, и достаточно было из Астрахани выйти наливному составу, как на подходе к Верхнему Баскунчаку он подвергался бомбежке. Надо было искать выход. Посоветовались с диспетчерами и решили днем составы с наливными емкостями останавливать и пропускать через Верхний Баскунчак вагонами вперед. Таким образом, мы хотели ввести в заблуждение вражеских воздушных разведчиков».