В 1543 году Макарий стал митрополитом Московским. Он взошел на кафедру в трудное для Русской церкви время. Вот уже несколько лет служилая знать вертела митрополитами, как хотела, а у малолетнего государя не было власти, чтобы воспрепятствовать этому. Но Макарий старается не участвовать в придворных интригах, лишь постепенно и осторожно поддерживая государя-юношу и собиравшихся вокруг него людей. Добрые советы митрополита способствовали постепенному возвышению Ивана IV над хаосом придворной борьбы. Русская церковь так же нуждалась в централизации, как и государство. Обычаи ее в разных областях России отличались друг от друга, не было даже единого пантеона святых. Некоторых из них почитали в одной земле, а по соседству совершенно не знали. Митрополит повелел собрать всю бытовавшую тогда духовную литературу и сведения обо всех святых, почитаемых в Русской земле. Вычистив из полученной совокупности всё то, что не соответствовало замыслу или считалось «отреченной» (нежелательной для чтения) литературой, Макарий разместил остальное по месяцам и дням: жития святых и произведения канонизированных Церковью авторов. Получилось 12 колоссальных по размеру книг, которые именуются Макарьевскими минеями четьими. Этот огромный труд занял 20 лет и завершился в 1552 году.

До святого Макария Русская церковь знала всего 22 русских святых. Его усилиями на соборах 1547 и 1549 годов были канонизированы еще семнадцать.

Жизнь Церкви нуждалась в установлении общего порядка вместо той пестроты, которая существовала в разных концах Руси. В 1551 году прошел большой церковный собор, получивший наименование Стоглавого, поскольку его постановления уместились в 100 глав. Эти главы построены в форме диалога: царь Иван IV вынес к Церкви вопросы, требовавшие обсуждения и решения; собор, в свою очередь, отвечал по пунктам. Книга, где всё это собрано, так и называется «Стоглав». Помимо экономического собор имел большое нравственное и политическое значение. На нем обличались пороки духовенства, а также склонность прихожан к ересям, астрологии, «мудрованию» в духе протестантизма, тогда очень влиятельного в Восточной Европе. Собор определил компетенцию церковных судов. Показано было также, сколь далеко может простираться вмешательство государя в область церковных дел. Царь пожелал задать Церкви крайне щекотливые вопросы, и Церковь должна была ответить ему, кое в чем уступив позиции.

На многих государственных преобразованиях того времени лежит отсвет воли и мудрости святого Макария. Пока он был жив, борьба монарха и служилой знати не принимала жесточайших форм, которые придут в российскую политику через год после его кончины. А отношения между государем и Церковью надолго приняли благодатный характер симфонии — сотрудничества.

В середине 40-х годов XVI века произошло обострение отношений с Казанью, вылившееся в трудную затяжную войну. Первые походы на Казань, по всей видимости, не отличались особым размахом. Иван Васильевич в них не участвовал.

Первое масштабное зимнее наступление на Казань 1547/48 года сорвалось — как будто из-за ранней оттепели и таяния льда на реках. Иван Васильевич оставил армию и вернулся в Нижний Новгород. Похоже, сам государь не очень-то рвался участвовать в рискованном воинском предприятии. Между тем его воеводы, несмотря на путевые сложности, добрались до столицы Казанского ханства и нанесли под ее стенами полное поражение противнику.

Через два года Иван все-таки дошел до Казани, но так и не приступил к штурму. Простояв под городом недолгое время, царь вновь отступил по той же самой причине — из-за оттепели и дождей. Таким образом, для него эти походы были «мирными».

В 1552 году царь вновь встал во главе объединенных сил Московского государства, отправленных на Казань. По тем временам он был уже совсем взрослым человеком — ему исполнилось 22 года. Из его переписки с князем Андреем Курбским, бежавшим впоследствии за пределы России и перешедшим на службу к великому князю Литовскому, известны странные подробности очередного казанского похода. По всей вероятности, Иван Васильевич не ладил с собственными воеводами. Возможно, он даже опасался плена. «Когда мы Божьей волей с крестоносной хоругвью всего православного воинства ради защиты православных христиан двинулись на безбожный народ казанский, и по неизреченному Божьему милосердию одержали победу над этим безбожным народом, и со всем войском невредимые возвращались обратно, что могу сказать о добре, сделанном нам людьми, которых ты называешь мучениками? — напишет царь Курбскому. — А вот что: как пленника, посадив на судно, везли с малым числом людей сквозь безбожную и неверную землю! Если бы рука Всевышнего не защитила меня, смиренного, наверняка бы я жизни лишился. Вот каково доброжелательство к нам тех людей, о которых ты говоришь, и так они душой за нас жертвуют — хотят выдать нас иноплеменникам!»

Царские укоризны наводят на мысли иного рода: в армии во время большого похода государь не являлся полновластным хозяином и распорядителем. Отчасти это могло происходить от отсутствия у него опыта в ведении боевых действий, отчасти же — по причине мощного влияния аристократических кланов, видимо, истинных хозяев войска.

Вызывает определенное недоумение сама необходимость присутствия монарха в войсках, отправленных на Казань. В подавляющем большинстве случаев государями не рисковали, когда речь шла о большой и опасной воинской операции — против Крыма, ногаев или Казани. Очевидно, воеводы могли обойтись без молодого царя, не сведущего в тактике крупных соединений. Наступление на Казань натолкнулось на упорное сопротивление неприятеля, а движение по вражеской территории происходило в условиях нехватки пищи и воды. Вероятно, фигура государя потребовалась для воодушевления войск. Реальными же командующими были все те же большие воеводы, то есть та же служилая аристократия.

Андрей Курбский в «Истории о великом князе Московском», сочинении крайне недружелюбном в отношении Ивана Васильевича, отмечает личную храбрость и энтузиазм государя: «…сам царь исполнился усердием, сам и по собственному разумению начал вооружаться против врага и собирать многочисленные храбрые войска. Он уже не хотел наслаждаться покоем, жить, затворясь в прекрасных хоромах, как в обыкновении у теперешних царей на западе (прожигать целые ночи, сидя за картами и другими бесовскими измышлениями), но сам поднимался не раз, не щадя своего здоровья, на враждебного и злейшего своего противника — казанского царя». Далее Курбский как будто пишет о полной самостоятельности Ивана Васильевича: «он велел…», «он отправил…». Однако важнейшие решения принимались государем только по совету «со всеми сенаторами и стратегами». Особенно характерный эпизод произошел в день решающего штурма Казани. Московские войска уже проникли в город, но в уличных боях под напором его защитников некоторые отряды обратились в бегство; государь, по словам Курбского, утратил твердость духа. Видя беглецов, он «…не только лицом изменился, но и сердце у него сокрушилось при мысли, что всё войско христианское басурманы изгнали уже из города. Мудрые и опытные его сенаторы, видя это, распорядились воздвигнуть большую христианскую хоругвь у городских ворот, называемых Царскими, и самого царя, взяв за узду коня его, — волей или неволей — у хоругви поставили: были ведь между теми сенаторами кое-какие мужи в возрасте наших отцов (по всей вероятности, имеются в виду дворовые воеводы князь Владимир Иванович Воротынский и боярин Иван Васильевич Шереметев-Большой. — Д. Ä), состарившиеся в добрых делах и в военных предприятиях. И тотчас приказали они примерно половине большого царского полка… сойти с коней, то же приказали они не только детям своим и родственникам, но и самих их половина, сойдя с коней, устремилась в город на помощь усталым… воинам». Вскоре после взятия Казани у царя произошел острый конфликт с воеводами. В частности, его спешное возвращение в Москву противоречило мнению высшего военного командования.