В структуру органов контрразведки Тихоокеанского флота в разное время входили 3-й отдел (Особый отдел НКВД; Отдел контрразведки «Смерш») ТОФ; 3-е отделение (Особый отдел НКВД; Отдел контрразведки «Смерш») Северной Тихоокеанской военной флотилии, 3-й отделения (особые отделы НКВД; Отделы контрразведки «Смерш») военно-морских баз флота, секторов береговой обороны и авиабригад, соединений Тихоокеанского флота.

С началом Великой Отечественной войны, в связи с осложнением военной и оперативной обстановки на Северном флоте, ряд кораблей и подводных лодок ТОФ был направлен на Север. Одновременно велось пополнение корабельного состава на Тихом океане за счет строительства новых кораблей.

К августу 1945 г., т. е. к началу боевых действий против Японии, Тихоокеанский флот имел 2 крейсера, 1 лидер, 12 эсминцев, 78 подводных лодок и более 30 кораблей других классов (сторожевиков, тральщиков и торпедных катеров). Но все-таки он численно уступал японскому флоту, особенно по крупным надводным кораблям. Поэтому прилагались все усилия для укрепления береговой обороны Тихоокеанского побережья, подходов к военноморским базам, средств ПВО. Для предотвращения возможного проникновения противника в прибрежные воды активно велись минные постановки[502].

Анализ поступающей из различных источников оперативной информации показывал, что Япония до весны 1942 г. наступательных действий против СССР предпринимать не будет. Однако нападение Японии на США свидетельствовало о том, что японские спецслужбы продолжают оставаться мастерами маскировки военных планов и дезинформации предполагаемого противника. Поэтому контрразведка ТОФ начала работу по созданию агентурного аппарата для оперативного использования в тылу противника в случае начала войны с Японией.

30 сентября 1942 г. начальник ОО НКВД ТОФ дивизионный комиссар В.В. Виноградов направил всем начальникам ОО НКВД военно-морских баз, секторов береговой обороны и авиабригад, соединений ТОФ и начальникам оперативных отделений ОО НКВД ТОФ указание, в котором ставились задачи по организации разведывательно-диверсионной работы в тылу противника.

Указание учитывало негативный опыт первых месяцев войны на советско-германском фронте и предписывало, в случае возникновения войны на Дальнем Востоке и временного тактического успеха противника на отдельных участках фронта и отхода советских войск из того или иного населенного пункта, в захваченных противником районах создавать невыносимые для него условия, преследовать и уничтожать его на каждом шагу, срывать все его мероприятия. Перед особыми отделам НКВД ТОФ ставились задачи: внедрять квалифицированную агентуру в военные разведывательные, административные учреждения и антисоветские организации противника и быть в курсе их мероприятий; систематически путем диверсии разрушать железнодорожный транспорт, промышленность, связь и коммунальное хозяйство, уничтожать стратегическое сырье, боеприпасы и горючее; истреблять командный и руководящий состав противника, в этих целях создавать разведывательные и диверсионные резидентуры для оставления их на временно захваченной противником территории.

Далее в указании излагались обязанности членов разведывательных и диверсионных резидентур (резидента, агентов, связников и радистов), а также указывались места их действия. Особому отделу ТОФ и подчиненным ему органам требовалось в сжатые сроки провести организационные мероприятия и быть готовыми к работе в особых условиях. Указание центра было выполнено, но, как отмечали сами контрразведчики ТОФ в своих донесениях в НКВД СССР, работа по созданию агентурной сети в тылу противника была развернута недостаточно, так как основная часть сотрудников не имела опыта в организации разведывательно-диверсионной работе[503].

Лишь к середине 1943 г. контрразведчики-тихоокеанцы смогли сформировать 13 резидентур общей численностью 38 человек, предназначенных для разведывательно-диверсионной работы. Существенную помощь в этом флотским контрразведчикам оказали сотрудники УНКГБ Приморского края. Вербовка агентуры в основном происходила в местах наиболее вероятной высадки десантов противника, т. е. в секторах береговой обороны и в ряде военно-морских баз ТОФ[504].

В связи с изменениями военной и политической обстановки в конце 1942–1943 гг., когда стало ясно, что нападение Японии на СССР практически стало невозможным, формирование разведывательно-диверсионных резидентур для действий в тылу противника было приостановлено, а контрразведчики ТОФ основные свои усилия сосредоточили на противодействии устремлениям японской разведки.

С середины 1943 г. и до начала боевых действий с Японией ОКР «Смерш» ТОФ были арестованы восемь агентов японской разведки, выполнявших задание в Дальневосточном регионе. При этом следует отметить, что за период 1941–1945 гг. сотрудники морской контрразведки ТОФ арестовали за контрреволюционную агитацию 556 человек, причем до начала войны с Японией — 539 человек, а с августа по декабрь 1945 г. — лишь 17[505].

Результаты борьбы с агентурой противника стали предметом серьезного разбирательства уже в конце 1943 г. В выступлении на оперативном совещании начальников вторых отделов ОКР «Смерш» флотов и флотилий начальник УКР «Смерш» НКВМФ П.А. Гладков заявил: «Вот мы имеем под боком Японию, которая не совсем дружелюбно к нам относится. Однако ни один работник не видел японского шпиона. Это задача, которая должна очень крепко потревожить работников ТОФ. В чем же дело? Что — японцы шпионов сюда не засылают? Что — разве их не интересуют сведения по ТОФ? Тогда это просто смешно, просто недалекие, глупые азиаты. Но это неверно. Говорят, что они умные разведчики, а мы этого не подтверждаем. Наряду с борьбой с немецкими шпионами нужно заниматься и японскими. Нужно посмотреть глубже, нет ли связи между этим шпионажем. А у вас этого до сих пор нет. Очень плохо. ТОФ в этом году арестовал только шесть человек, подозреваемых в шпионаже, до сих пор он вообще ни одного шпиона не поймал. По японскому шпионажу у нас даже дел нет. Есть зацепки, которые говорят, что есть японские шпионы, но и только»[506].

Число арестов по обвинению в шпионаже резко изменилось с августа 1945 г. За период войны с Японией до декабря 1945 г. было арестовано 50 человек.