Для поездки Сталина из Москвы в Крым был подготовлен специальный поезд, разработана система его охраны. По маршруту следования была организована оперативно-войсковая охрана, для которой были привлечены: 679 сотрудников транспортных органов госбезопасности; семь подвижных оперативно-розыскных групп (35 человек); 1078 работников железнодорожной милиции; 2691 военнослужащий войск НКВД по охране железных дорог. Каждый километр пути патрулировался парным нарядом военнослужащих железнодорожных войск НКВД.

По инициативе и при непосредственном участии оперативного состава НКВД — НКГБ и органов контрразведки «Смерш» проведен тщательный осмотр, ремонт и приведение в надлежащий порядок железнодорожных путей, станций, портов и аэродромов, их очистка от хлама и лома. На участке Симферополь — Севастополь, находившемся в аварийном состояний, были выделены два батальона железнодорожных войск НКВД для ремонта пути и искусственного сооружения. Вдоль железнодорожного полотна было собрано и вывезено: 896 вагонов боеприпасов; 1203 вагона разбитых паровозов, вагонов и другого металлолома. Кроме того, вследствие особой опасности подорвано на месте боеприпасов и взрывчатых веществ — 78 тонн. По инициативе контрразведчиков были полностью вывезены боеприпасы с артиллерийского склада боеприпасов Главного артиллерийского управления НКО № 3217, расположенного в 900 метрах юго-западнее станции Джанкой («547 вагонов боеприпасов разной номенклатуры»), а также склада боеприпасов Черноморского флота, находившегося на расстоянии 200 метров северо-западнее склада № 3217 (200 вагонов авиабомб крупного калибра)[491].

Одним из важных элементов в работе контрразведчиков была координация деятельности соответствующих подразделений НКВМФ, НКГБ, УКР «Смерш» НКВМФ и ОКР «Смерш» Черноморского флота по обеспечению приема иностранных кораблей и судов, работе с иностранными экипажами, порядку передачи им информации, организации пропускной системы и других мероприятий, связанных с передвижением доставленных грузов и личного состава.

Главная база Черноморского флота Севастополь стала основным портом для приема иностранных кораблей. Это было связано в первую очередь с тем, что из-за погодных условий стоянка кораблей в порту Ялты была невозможной.

В 20-х числах января ожидалось прибытие в Севастополь американского парохода «Cactoctin» с оборудованием и обслуживающим персоналом для поддержания прямой радиосвязи Рузвельта с Вашингтоном. Глава американской морской секции посольства США в Москве контр-адмирал Олсен просил сообщить ему точку встречи судна, организовать помощь буксирами для ввода в порт, предоставить возможность использования баржи для выгрузки имущества и нескольких машин, если судно будет стоять на рейде. Американцам была передана морская карта с нанесенной на ней полной обстановкой (точка встречи, опасные районы, протраленные фарватеры, затонувшие суда, опасные зоны в районе Севастополь — Ялта), а также список действующих навигационных огней и маяков для этого же района, с указанием, что проход по этим фарватерам производится под проводкой лоцманов[492].

Американцы намеревались провести собственными силами траление вод в районе Севастополя и Ялты. В этих целях они 20 января направили из Палермо в Черное море 4 американских тральщика. Однако нарком военно-морского флота СССР адмирал Кузнецов заявил, что траления в советских водах выполнено силами ВМФ СССР. Тем не менее для обеспечения безопасности было проведено повторное контрольное траление фарватера и входа в бухту. На проверку фарватера неоднократно лично выходили прибывшие сотрудники УКР «Смерш» НКВМФ и сотрудники Отдела контрразведки «Смерш» Черноморского флота.

30 января в Севастополь прибыл английский пароход «Фан-кория». По данным главы морской секции английской военной миссии в Москве контр-адмирала Арчена, которые он передал адмиралу Н.Г. Кузнецову, это судно было предназначено для организации прямой радиосвязи Черчилля с Лондоном, а также и как место проживания части английской делегации и обслуживающего персонала[493].

Для приема иностранных самолетов избран аэродром Саки, имевший две бетонные взлетно-посадочные полосы длиной 1400 и 1000 метров, в качестве запасного аэродрома — Сарабуз. Кроме того, на случай закрытия туманами основного и запасного аэродромов, дополнительно подготовлены к приему самолетов аэродромы Черноморского флота: Геленджик, Одесса, Николаев и Крымская и аэродромы ВВС Красной армии Кача и Запорожье. Проведена очистка аэродромов, ремонт взлетно-посадочных полос, проверка и подготовка аэронавигационного оборудования и метеослужбы и связи, подбор и комплектование обслуживающего персонала, подготовлены средства обеспечения возможного ночного старта, созданы запасы горюче-смазочных материалов[494].

В поле зрения контрразведчиков находилась и подготовка противовоздушной обороны района Ялта — Айтодор — Симеиз. В этом районе были сосредоточены: 76 орудий среднего калибра; 120 орудий мелкокалиберной зенитной артиллерии; 99 зенитных пулеметов ДШК и 65 зенитных прожекторов. Перечисленные зенитно-артиллерийские средства находились на оборудованных позициях в готовности и давали возможность сосредоточить огонь по одной цели от 4 до 12 батарей среднего калибра в дневное время и ставить заградительный огонь ночью над каждым защищаемым объектом шириной 3–4 км с плотностью огня в одной завесе от 6 до 12 батарей. Для противовоздушной обороны побережья Крыма было выделено 160 истребителей авиации Военно-морского флота и истребительной авиации ПВО Красной армии.

Для обеспечения безопасного базирования английских и американских самолетов на аэродроме Саки находились 155 зенитных пушек, которые позволяли ведение семислойного огня на высоту до 9 километров, прицельного огня на высоту 4 километров и заградительного огня на расстоянии до 5 километров[495].

Учет, регистрация и наблюдение за прибывающими иностранцами в портах Севастополь и Ялта, на аэродромах Саки и Сарабуз вели сотрудники контрольно-пропускных пунктов, начальниками которых были руководящие сотрудники контрразведки. Среди членов иностранных экипажей были выявлены несколько представителей разведывательных и контрразведывательных органов США и Великобритании, за которыми было организовано наблюдение.

За весь период пребывания иностранных судов в порту Севастополя на берег сходили 1566 американцев и 421 англичанин. Выходы в город иностранных моряков носили официальный характер: экскурсии, организованный просмотр кинофильмов, посещение концертов в Доме Военно-морского флота, посещение севастопольских школ и вручение им подарков, официальные встречи рядового и офицерского состава Черноморского флота и американских и английских моряков[496].