В правительстве рейха Нейрат имел особое положение. Назначенный министром иностранных дел после захвата нацистами власти, он был одним из тех министров-консерваторов, выдвинутых Гинденбургом, чтобы «ограничивать деятельность» фюрера. В начале 1938 года он выразил несогласие с внешней политикой Гитлера и 4 февраля 1938 года был заменен на посту министра иностранных дел Риббентропом. Он стал членом совета по обороне империи и рейхсминистром без портфеля. Покинув пост министра иностранных дел, он практически прекратил активную политическую деятельность.

С момента оккупации Чехословакии гестапо разместило там свои службы, распределив их в соответствии с территориальным делением страны. Прифронтовые районы образовали специальный департамент – Судетенланд, а два центральных управления были размещены в Праге и Брно. В 15 чешских городах были образованы оберландраты, при каждом из них создавались местная полиция безопасности и СД, состав которых был примерно таким же, как и состав служб, которые вскоре будут действовать во Франции.

Эти 15 оберландратов подчинялись центральным управлениям в Праге и Брно, которые, в свою очередь, были закреплены за центральными органами Главного имперского управления безопасности. Подбор местного персонала этих органов был облегчен тем, что в протекторате проживало около 400 тысяч «чистокровных немцев», среди которых вербовались агенты. Деятельность этих осведомителей была облегчена поддержкой, которую им оказывало немецкое население.

Та часть Чехословакии, которую немцы превратили в «независимое словацкое государство», создала свою собственную полицию – УСБ, фактически полностью контролируемую гестапо. Все свои мероприятия эта полиция проводила во взаимодействии с немецкими службами Богемии и Моравии. Только после словацкого национального восстания в 1944 году гестапо и СД внедрили туда свои сети.

Шеф гестапо в Праге Бёме, действуя обычными методами, между 15 и 23 мая 1939 года арестовал в Праге и Брно 4639 человек, в основном членов подпольной коммунистической партии. 1 сентября 1939 года 8 тысяч известных чешских деятелей, список которых был заранее составлен, по его приказу были арестованы и отправлены в концлагерь, где они в дальнейшем почти все погибли.

В 1940 году Карл Франк, государственный секретарь, работавший под началом у Нейрата, выступая с речью перед руководителями Движения за национальное единство, заявил, что, если влиятельные чешские политические деятели откажутся подписать декларацию о лояльности по отношению к рейху, 2 тысячи заложников будут расстреляны.

Однако меры, принятые Нейратом, Гитлер счел недостаточно действенными и поэтому решил назначить к нему энергичного вице-протектора. Гейдрих сразу увидел, какую выгоду можно извлечь из такого поста. При поддержке Бормана он быстро оказался в рядах кандидатов на должность. Гиммлеру этот маневр не очень понравился, так как Гейдрих становился для него все более опасным соперником, а новое назначение усиливало его влияние. Однако он не смог этому воспрепятствовать.

Вильгельм Хётл утверждал, что Гейдриху удалось добиться от Гитлера обещания назначить его на пост министра внутренних дел, тот самый пост, которого домогался и в скором времени получил Гиммлер. Этот факт, однако, не подтверждается официальным документом. Но очевидно, что Гейдрих надеялся получить все возможные выгоды, которые предоставляло новое назначение.

23 сентября 1941 года Гитлер вызвал Нейрата в Берлин. В очень жестких выражениях он упрекнул его в недостатке твердости и сообщил о назначении Гейдриха его заместителем с самыми широкими полномочиями. Нейрат не согласился с таким решением и подал в отставку. Гитлер, по своей привычке, ее не принял, но уже 27 сентября Нейрат был отправлен в отпуск. И пребывал в этом отпуске до 25 августа 1943 года, когда был заменен Фриком.

29 сентября Гейдрих переехал и обосновался в Праге. Всего лишь вице-протектор по должности, он фактически сосредоточил в своих руках всю полноту власти. Непосредственно с Берлином он был связан ежедневными авиапочтовыми отправлениями и особой секретной телетайпной линией, кроме телефонных линий и радиосвязи через особую сеть Главного имперского управления безопасности. Два специальных самолета были постоянно готовы к вылету, предоставляя ему возможность при срочной необходимости за два часа оказаться в Берлине.

На новое место работы Гейдрих привез и своих людей. Он отказался использовать персонал Нейрата и подобрал из управления безопасности пользующуюся его доверием команду, включавшую даже стенографисток-машинисток. Он даже хотел взять с собой Шелленберга, но тот, не очень веря в счастливую звезду своего шефа, осторожно отклонил сделанное ему предложение.

Обосновавшись в Праге, Гейдрих тут же усилил репрессии, приказав производить массовые экзекуции при малейших проявлениях сопротивления.

14 октября 1941 года руководитель частей СС в Богемии и Моравии писал в своем докладе на имя Гиммлера: «Все батальоны войск СС будут поочередно перебрасываться в протекторат Богемии и Моравии, чтобы производить здесь расстрелы и контролировать казни через повешение. К настоящему моменту насчитывается: в Праге – 99 расстрелянных и 21 повешенный; в Брно – 54 расстрелянных и 17 повешенных, то есть всего 191 казненный, из которых 16 – евреи».

В следующем месяце политика репрессий еще более ужесточилась. 17 ноября студенты Праги организовали антифашистскую демонстрацию. В тот же день четыре сотни ее участников были арестованы. Два дня спустя 9 студентов – руководителей различных молодежных ассоциаций были казнены без суда и следствия, а 1200 студентов были отправлены в лагерь Заксенхаузен.

9 марта 1942 года Гейдрих добился для гестапо права прибегать к «превентивному заключению» на территории протектората.

В то же время он умножил призывы к германско-чешскому сотрудничеству, проводя политику, почти аналогичную той, которая проводилась во Франции, чередуя обещания с жестокими наказаниями, причем этот подход он образно назвал «политикой кнута и сахара».

Для «сахарных» методов Гейдрих привез с собой из Берлина «технического советника», обязанного искать демагогические средства, способные приобщить чешских трудящихся к прелестям нацизма и заставить их работать для германской военной экономики. Человек этот носил чужое имя, но очень многие могли бы узнать в нем Торглера, депутата-коммуниста, который сыграл жалкую роль на процессе «поджигателей» рейхстага. Несколько лет назад Гейдрих извлек его из концлагеря и использовал для своих грязных дел.

Но чехи отказывались от немецкого «сахара», и кнуту приходилось играть все более важную роль.

При взгляде из Берлина усилия Гейдриха и полученные им результаты производили сильное впечатление, и престиж его заметно рос. История с «кнутом и сахаром» рассматривалась как шедевр активной дипломатии и образец, который следовало освоить в подходе к «недисциплинированным народам», об уничтожении которых уже не могло быть речи. Ведь их производственный потенциал и рабочие руки стали слишком ценным фактором, поскольку борьба на Востоке становилась все более ожесточенной.

К весне 1942 года Гейдрих достиг вершины своего могущества и начал непосредственно угрожать двум «серым кардиналам» режима: Гиммлеру, полностью выйдя из подчинения ему, и Борману, который после бегства Гесса в Англию стал тенью Гитлера. Продолжая осуществлять общее руководство Главным имперским управлением безопасности, Гейдрих готовился к захвату поста министра внутренних дел. Гиммлер и Борман объединились, чтобы перекрыть дорогу этому опасному конкуренту, когда непредвиденное событие разом разрешило все проблемы.