Марсель рассказывал, что если Мари не появлялась в парке из-за плохой погоды, то он не мог сдержать слез разочарования. Однако родители и молодого человека, и девушки считали это увлечение слишком ранним и совершенно не соответствующим их социальным амбициям. Родители Мари искали для нее более аристократическую партию: в конце концов она выйдет замуж за князя Мишеля Радзивилла, представителя старинного польско-литовского аристократического рода. Родители же Марселя считали семейство Бенардаки слишком эксцентричным: говорили, что мадам Бенардаки интересуется исключительно «любовью и шампанским» и носит слишком вызывающие наряды. Впрочем, родители Пруста скоро пожалели о своем запрете — ведь довольно быстро увлечение девушкой не своего круга было замещено наклонностями гораздо более досадными.

Встречи с друзьями в саду на Елисейских Полях были одним из главных удовольствий юного Марселя. Однако наслаждение от них часто прерывалось приступами астмы. В первый раз Пруст пережил столкновение с этой болезнью в возрасте девяти лет после долгой прогулки с родителями по весеннему Булонскому лесу, расположенному совсем рядом с Отеем. Робер Пруст вспоминал, что болезнь застала родителей будущего писателя врасплох: приступ был настолько сильным, что Адриен Пруст не надеялся больше увидеть своего сына живым.

Растерянность Адриена Пруста, не знающего, что предпринять для спасения своего отпрыска, объяснима: причина возникновения астмы в конце XIX века была неизвестна. Считалось, что загадочная болезнь провоцируется психологическими проблемами. Потому, кстати, во многих ранних работах, посвященных биографии писателя, истоки заболевания искали в его излишней нервозности. Однако современная медицина склоняется к тому, что астма является не психологическим, а органическим заболеванием, одной из разновидностей аллергии. Это значит, что версии о том, что болезнь Пруста была воображаемой, что она позволяла ему иметь большее внимание со стороны его родителей, что она была вызвана ревностью к брату, и другие им подобные не являются достаточно обоснованными. Следует при этом отметить, что сама болезнь может изменить характер страдающего ею: пациент может стать более раздражительным, чувствительным, боязливым. Кроме того, и сами кризисы могут иногда быть вызваны психологическими причинами, например сильным волнением. Однако эти факты, показывающие связь болезни с психологическим состоянием астматика, не отменяют главного вывода об органических причинах заболевания.

В первые годы после появления приступов родители и сам Марсель надеялись, что его можно будет вылечить, что заболевание пройдет с возрастом. Действительно, в ходе болезни бывали недолгие ремиссии, однако полностью победить астму ему так и не удастся, недуг будет во многом определять его образ жизни и в конце концов станет одной из главных причин его смерти.

В октябре 1882 года Марсель Пруст начал учебу в лицее Фонтан, который с 1883 года сменит название на Кондорсе. Он поступает в пятый класс (во французской системе образования в период обучения в лицее счет годам идет в обратном порядке, начиная с шестого класса). Прусту 11 лет, и он уже посещал занятия в частной школе Пап-Карпантье, а также занимался со своей мамой и бабушкой немецким и латинским языками. Кроме того, он уже очень любит читать. Так, в послании своей двоюродной сестре Полине в сентябре 1880 года он пишет, что отправляется на отдых в Дьеп и в восторге оттого, что сможет провести время за чтением.

Выбор лицея Кондорсе родителями Пруста определялся несколькими причинами. Начнем с того, что он был расположен совсем близко от дома будущего писателя. Кроме того, он, без сомнения, являлся одним из самых престижных учебных заведений Парижа: лицей отличался хорошо продуманной педагогической системой, благодаря которой его в течение всего XIX века выбирали для своих детей семьи, принадлежавшие к прогрессивной французской буржуазии. Здесь, как и в некоторых других лицеях Парижа, обучался будущий правящий класс французского общества, что и учитывалось дирекцией и при приеме на работу преподавателей, и при определении направления обучения. Отбор учителей шел среди тех, кто не просто победил в самых престижных конкурсах, но и выделился на поприще конкретной деятельности в области журналистики, литературы, философии, политики. В преподавании предметов акцент ставился не только на накоплении знаний, но и на практическом их применении, потому учащихся поощряли к выполнению заданий, которые предполагали способность ясно выражать свои идеи в письменной форме, а также выступать перед публикой; им настоятельно рекомендовали издавать собственные рукописные журналы. Ведущее положение в лицее занимали гуманитарные предметы. При этом предполагалось, что ученики должны иметь представление не только о классической, но и, что особенно важно, о современной культуре. Например, лицеисты не только посещали театральные представления, но и учили наизусть монологи героев из самых популярных пьес. Таким образом, с юности они были включены в современную им культурную жизнь и как зрители, и как активные участники благодаря своим учителям и практическим заданиям. Можно сказать, что подход дирекции Кондорсе был ориентирован не на прошлое, а на современность и будущее, что и определяло особенную привлекательность лицея.

Многие ученики упоминали о доброжелательной, открытой атмосфере, царившей в учебном заведении. Так, Робер Дрейфюс, один из друзей Пруста, рассказывал, что лицей Кондорсе напоминал разновидность кружка, чья привлекательность была настолько велика, что некоторые ученики старались приходить задолго до начала занятий: им не терпелось встретиться друг с другом и побеседовать под легкой тенью деревьев, украшавших двор на улице Авр, ожидая сигнала барабана, который скорее советовал, чем приказывал войти в класс. Дисциплина не была жесткой, она казалась семьям учеников даже слишком свободной.

Несмотря на несомненные достоинства, лицей имел репутацию дилетантского в сравнении с более высоко котировавшимися учебными заведениями, расположенными на левом берегу Сены, в Латинском квартале. Считалось, что в лицее Генриха IV или в лицее Людовика XIV можно получить более глубокие и серьезные познания. Впрочем, учебные заведения на левом берегу были скорее известны тем, что открывали доступ одаренным провинциалам для продвижения в столице. Для тех же парижских семей, которым средства позволяли гарантировать и выгодное место, и удачную карьеру для своих детей, строгости этих лицеев казались излишними. Не исключено также, что родители Марселя предпочли Кондорсе и по другой причине: их сын был болен астмой, и они опасались, что слишком усиленные занятия могут пагубно сказаться на его здоровье.

Действительно, Пруст очень часто отсутствовал на уроках, особенно во время сезонных обострений — во втором и третьем триместрах, приходившихся на весну и лето. Много пропусков было у него уже в четвертом и третьем классах, а во втором он практически не посещал занятий, из-за чего ему пришлось остаться на второй год. Эти отсутствия, конечно, снижали его оценки, но Пруст, никогда особенно не блистая результатами, не был и совсем уже плохим учеником. Так, в пятом классе он получил вторую премию по курсу естествознания. Интерес Пруста к этому предмету определялся и семейными традициями — сын медика должен был интересоваться не только гуманитарными предметами — и тем, что ему повезло встретить удивительного преподавателя.