Вскоре после первых двух официальных встреч между Путятиным и японскими сановниками начались переговоры. Они проходили в так называемом «правительственном доме», в котором русские уже бывали, встречаясь с губернаторами. На эти совещания Путятин ездил на катере, без церемониала, в сопровождении только четырех, необходимых при переговорах лиц. Японские чиновники также были без многочисленной свиты. Результаты этих предварительных переговоров Путятин изложил в особой записке, представленной министру иностранных дел.

Пока Путятин был занят дипломатической миссией, офицеры русских судов, коротая свободное время, занялись театральными постановками: на борту корвета «Оливуца» сыграли «Женитьбу» Н. В. Гоголя. Руководил всем барон Крюднер, и затея удалась. Особенно зрителям понравился мичман Зеленый, обладавший природным юмором и, видимо, больше других знакомый с театральным искусством.

«Едучи с корвета, — написал в дневнике Гончаров, — я видел одну из тех картин, которые видишь в живописи и не веришь: луну над гладкой водой, силуэт тихо качающегося фрегата, крутом темные, спящие холмы и огни на лодках и горах. Я вспомнил картины Айвазовского». Романтичным настроениям были подвержены и другие. Однажды поздним вечером на «Палладе» услышали, как с моря доносится мелодичное пение. Оказалось, это офицеры корвета «Оливуца» с камчадалами-певчими затеяли серенаду из русских и цыганских песен. Они долго плавали при лунном свете около фрегата, пели и жгли фальшфейеры, а все, кто был на «Палладе», собрались на юте и молча слушали их. Когда пение закончилось, адмирал поблагодарил певцов и позвал офицеров пить чай. Напоили чаем и певчих. На японской лодке, стоявшей в бухте, тоже, видимо, заслушались песен: она отделилась от других и подошла к фрегату, но близко подойти не посмела и, остановившись, долго качалась на одном месте.

Переговоры Путятина с полномочными из Эдо продолжались целый месяц. В это время в мире запахло порохом: начиналась Крымская война. Хотя основной театр военных действий был на Черном море, Путятин предвидел, что Дальний Восток тоже не избежит сражений. Поэтому он решил, используя перерыв в переговорах, исследовать побережье около устья реки Тюмень-Ула (ныне Туманная) в поисках мест, где русский флот мог бы в случае нужды укрыться от неприятеля. В дальнейшем решено было продолжить встречи и начать консультации по разграничению границы. Путятин писал: «В конце января 1854 г. после прощальных обедов в Нагасаки и на фрегате и изъявлений взаимной дружбы я расстался с полномочными, назначив им свидание весной для дальнейших переговоров в заливе Анива, на южной оконечности острова Сахалин».

Оставив «Палладу» в Императорской гавани, Путятин пересел на фрегат «Диана», который к тому времени перешел из Кронштадта в Николаеве к-на-Амуре. На этом корабле и довелось русским в октябре 1854 г. вновь прийти в Хакодате — на этот раз из устья Амура.

…Порт Хакодате располагался в бухте, закрытой почти от всех ветров, на склоне гористого Хакодатского полуострова, который соединялся с островом Хоккайдо низменным песчаным перешейком. Песчаными пляжами были окаймлены и берега залива. Моряки уже знали, что подходы к заливу глубоководны и безопасны. В ясную погоду ориентиром служил вулкан Комагатаке высотой 1142 м, в 15 милях к северу от вершины залива. Путятину порт был знаком по запискам В. М. Головнина, бывшего командира «Дианы». Конечно, то судно давно списали, передав имя новому фрегату. Ситуация с тех пор тоже заметно изменилась. Если Головнину на японском берегу пришлось сидеть в клетке, как дикому зверю, то сейчас Путятин чувствовал себя здесь на правах важного гостя, хотя и непрошеного. До него дошли сведения, что незадолго до прихода русских сюда заходили корабли американского командора Перри: тот хотел заручиться поддержкой местных жителей на случай, если американским морякам, терпящим бедствие у берегов Японии, понадобится помощь.

При заходе в Хакодате Путятин сразу же объявил местному губернатору о своих намерениях — идти в Осаку для продолжения переговоров и потребовал немедленно доложить об этом японскому правительству. Зная нерешительность местных властей, он в первый же день сообщил и о своем желании сойти на берег. Чиновники принялись было возражать, но потом ограничились тем, что указали место для швартовки. Узнав, что город предполагается открыть для иностранной торговли, Путятин решил познакомиться с ним получше. Взяв с собой свободных от вахты офицеров, он отправился на прогулку. Моряки посетили несколько буддистских храмов, сады. Вероятно, Путятин хотел найти и то место, где содержали в заключении Головнина и его спутников. Какие разительные перемены! Еще совсем недавно было невозможно представить, что по Хакодате будут гулять иностранцы. Русские моряки вернулись на корабль лишь поздно вечером.

В последующие дни моряки занимались описью бухты, измерением горы, осмотром окрестностей. Позднее уточненная карта пригодилась экипажам русских судов, приходящих в порт. С командой проводили артиллерийские и парусные учения, а свободных от обязанностей матросов отправляли на берег. Нарушений не было. Среди членов экипажа был молодой художник Леман, стремившийся запечатлеть Хакодате в разных видах. Как-то раз, когда он делал наброски, с ним познакомился японский юноша Йокояма Мацусабуро (Yokoyama Matsusaburo) из Эторофу (Etorofu). Это знакомство изменило жизнь японца, который захотел научиться западной технике живописи. Впоследствии он стал известным японским художником.

«Входя в Хакодате, — писал Путятин, — я не предполагал оставаться в нем более двух или трех дней, но система японских властей медлить с исполнением самых пустых обычаев удержала меня сверх предположения. Новое затруднение состояло в условии о принятии платы за доставленную на фрегат провизию; а потом губернатор, основываясь на законе своей страны, по которому губернаторы Нагасаки ни разу не были на нашем фрегате, не решился приехать, чтобы принять письмо в Верховный совет, хотя и сознавался, что мне как полномочному не приходится ехать к нему первому, и таким образом увертывался от приема письма. Наконец решено было, что письмо передаст губернатору капитан 2-го ранга Посьет».

16 (30) октября 1854 г. моряки на «Диане» предполагали сняться с якоря, но помешал сильный ветер. Адмирал решил переждать непогоду, так как не был уверен в том, что имеющаяся карта точна. Поздно вечером, когда береговая черта слилась с небом и только слабые огоньки обозначали то место, где находился Хакодате, к фрегату «Диана» скрытно подошла лодка. Из нее на борт спешно поднялся японец. Его провели к Путятину, который тут же вызвал в каюту командира фрегата С. С. Лесовского и переводчика И. А. Гошкевича. Скороговоркой, с помощью жестов, японец рассказал о том, что он является православным и просит убежища. В своем рапорте Путятин написал, что хотел было высадить японца под покровом ночи, но раздумал: непогода разгулялась и велик был риск для жизни. Возможно, он оставил незнакомца на борту совсем по другой причине. Во-первых, японец мог помочь конкретным советом, как вести переговоры с местными властями. Во-вторых, появилась реальная возможность начать изучение японского языка. Все попытки Гошкевича узнать побольше о японском языке, оказывались тщетными: власти уклонялись от каких-либо разговоров на эту тему. Поэтому после коротких переговоров с офицерами фрегата и Гошкевичем Путятин принял решение зачислить неожиданного гостя денщиком. Командир «Дианы» принял соответствующие меры, и японец во время трехмесячного пребывания на борту русского корабля не был замечен японскими властями и оказался в России.