Вопрос с выделением участка для консульства долго не решался. Ни письма консула губернатору, ни личные визиты не могли ускорить дела. Японцы добросовестно раскладывали на полу огромную разрисованную от руки карту Хакодате, но стоило русским показать место в центре города, рядом с домом губернатора, как разыгрывалась одна и та же сцена. Японцы делали вид, что не понимают гостей, и предлагали им расположиться за городской чертой, в местечке, удаленном от города на 3 км. Было очевидно желание японцев поселить всех иностранных гостей рядом друг с другом, чтобы облегчить контроль над их передвижениями.

«Ваши усилия заставить всех иностранцев жить в одном месте бесполезны, — возражал Гошкевич. — Этот способ, который вы применяли в отношении голландцев в Нагасаки, уже невозможен». При этом русский консул показал на карте участки, не занятые постройками, и предложил рассмотреть их на месте. Губернатор с большой неохотой согласился и выделил офицеров, чтобы сопроводить русских. Но дело так и не получило завершения. Сначала губернатор захотел сам осмотреть эти участки, потом заявил, что надо запросить разрешение у столицы Эдо, на что может уйти целый год. После долгих переговоров и раздумий японцы все же решились выделить для иностранцев участок О-мачи (O-machi, ныне Nakahamamachi), который тогда граничил с городом.

О том, как строилось консульство, известно со слов литератора С. В. Максимова, побывавшего в Хакодате и узнавшего обо всем от Гошкевича: «Понадобилось русскому консулу место для дома, и состоялся приказ Сёгуна не пускать пришельцев селиться в среде города, не отводить им мест удобных в центрах населения. Хакодатское начальство не задумывалось. Была у них на горе, за городом, великолепная кипарисовая роща. Место это отлично согласовывалось со смыслом предписания из Иедо и видами высшего правительства, но представляло большие неудобства и трудности в том отношении, что гора была слишком отлога, слишком крута для того, чтобы можно было применить к ней русское здание, задуманное по нашему обыкновению в широких размерах. Как быть? Хакодатский губернатор согнал огромные массы рабочих, в короткое время немногих месяцев муравьи эти, не знающие устали, вырезали из горы громадный кусок (в несколько десятков сажень длины и ширины), как раз достаточный для того, чтобы иметь вид огромного плаца и поместить консульский дом со всеми службами, даже с церковью и домами секретаря и доктора». Когда понадобился участок для Британского консульства, процедура повторилось. Вынутую землю использовали для того, чтобы обустроить новую террасу.

Назимов произвел разбивку места под здание консульства и составил проект двухэтажного дома для консула, одноэтажного для врача, а также больницы и бани. Для строительства можно было нанять только японских рабочих, привыкших к японскому стилю архитектуры. Поэтому решено было внутреннюю обстановку сделать так, как в японских домах, а внешний вид — по-европейски. По разработанному плану были сооружены двухэтажное здание самого консульства и четыре одноэтажные постройки для проживания русских семей. Строительство шло быстрыми темпами. Губернатор Хакодате лично следил за его ходом и выполнял все просьбы русских. Правда, Назимов замечал, что за все постройки японцы «сравнительно берут дорого и делают непрочно, штукатурка обвалилась».

В апреле 1860 г. сотрудники Российского консульства переехали в новые здания. Они были очень небольшими, но все же отличались от японского жилья в лучшую сторону. Особенно важным русские считали, что можно будет печь хлеб и сушить сухари: некоторые никак не могли привыкнуть к японской еде. «Вообще Хакодате, — писал Махов, — мало-помалу начинает украшаться новыми домами, принадлежащими как иностранцам, так и японцам; дом нашего консула уже совершенно готов, и можно смело сказать, что он и наша церковь — лучшие здания в городе».

В новых помещениях консульства нашлось место и для медицинского пункта, о котором не переставал мечтать консульский врач надворный советник М. П. Альбрехт, внесший огромный вклад в обучение японских врачей европейской медицине. В апреле 1859 г. он получил из Эдо разрешение лечить японских больных, но хакодатцы поначалу с недоверием относились к русскому врачу. Ситуация изменилась после того, как Альбрехт вылечил двух японцев с тяжелой формой водянки, с которой не справились местные медики.

Деятельностью русского доктора заинтересовался губернатор Хакодате. Он стал присылать к Михаилу Петровичу японского врача, который внимательно следил за действиями русского коллеги. Потом к нему присоединились еще двое врачей, Фукусе Ёсин и Елдриге, которые стали бывать у Альбрехта каждый день, наблюдая за его способами лечения. Такое внимание японских медиков к консульскому врачу усилило доверие к нему местных жителей. Вскоре число пациентов настолько возросло, что Альбрехт стал испытывать затруднения и обратился к японским коллегам с просьбой помогать с приемом больных. При этом он старался хотя бы немного внимания уделять каждому обратившемуся. Если не было соответствующего лекарства, то он выделял из своей аптеки.

Оказание медицинской помощи жителям Хакодате русским врачом осложнялось из-за отсутствия помощника-фельдшера. Кроме того, пока не окончилось строительство консульского здания, Альбрехт не имел постоянного помещения для медицинского пункта и вел прием больных в храме Дзицугёдзи, где он жил вместе с консулом.

В марте 1860 г. в Японии вышел сборник, рассказывавший о европейских государствах. Были там и страницы, посвященные России. На одной был помещен портрет Петра I: «Сидит он на троне, в правой руке скипетр, который, впрочем, больше похож на палку, на голове что-то вроде короны, с плеч спущена фиолетового цвета порфира». Имелись в книге и другие рисунки, знакомящие с историей Российской империи.

В свою очередь, в российских периодических изданиях все чаще появлялись материалы, присланные из Японии или написанные после возвращения оттуда. Первые русские жители Хакодате и моряки, заходившие в этот порт, отличались наблюдательностью и старались собрать как можно более полные сведения об этом городе и в целом об острове Хоккайдо. Особенно ценно то, что многие пытались сохранить свои впечатления от Японии в дневниках или в виде заметок и статей для русских газет. Гошкевич включал их в отчеты, которые посылал Министерству иностранных дел, а также писал статьи в «Морской сборник». Регулярно писали в морской журнал свои заметки П. Назимов, А. Корнилов, И. Махов и другие.

Из всех служащих консульства, записывавших и публиковавших свои впечатления о Японии, только доктор Альбрехт отличался пессимистическим взглядом на окружающее. Это не удивительно. Врач, он смотрел на все, что его окружало, прежде всего с точки зрения гигиены и безопасности для жизнедеятельности, а в этом отношении Хакодате, как и многие японские поселения, выглядел не лучшим образом. М. П. Альбрехт покинул Хакодате в 1863 г., а около 1867 г. скончался в Санкт-Петербурге, не дожив до 46 лет. Перед тем как уехать в Европу, он собрал научные коллекции в бухте Святой Ольги и на Нижнем Амуре (1863). Максимович назвал в честь русского врача и талантливого исследователя японский вид рододендрона (Rhododendron Albrechti). После Альбрехта госпиталем заведовал доктор Залесский.

События Крымской войны и оборона Петропавловска-Камчатского в 1854–1855 г. подтвердили его опасения об уязвимости дальневосточных рубежей России. Совершив четыре экспедиции на Амур: в 1854, 1855, 1857 и 1858 гг. и убедившись в огромном значении этой реки для России, граф Николай Николаевич Муравьев-Амурский считал первоочередной задачей обустройство Амура и близлежащих территорий, К счастью, к этому времени русские успели закрепиться в устье Амура, где появился новый пост Николаевск. Генерал-губернатор Восточной Сибири стремился закрепить успех и уже предпринимал усилия для заключения нового соглашения с Китаем. Одновременно с этим он хотел заключить соглашение по разграничению Сахалина с Японией. «Я сам вызвался на это дело, — писал Муравьев-Амурский, — потому в особенности, чтобы оно кончилось без промедления, покуда англичане не водворились в Японии и не вздумали еще захватить уголок на Сахалине. Для успешного исполнения этого поручения, а также для скорейшего установления границ с Китаем я намерен отправиться из Николаевска с эскадрой, по возможности многочисленной, в Японию и в Печелийский залив».