В декабре 1918 г. была образована Ставка Верховного главнокомандующего, которой непосредственно подчинялся штаб Верховного главнокомандующего. Сибирская и Народная армии были упразднены, и в начале января 1919 г. фронт разделен на Сибирскую, Западную и Оренбургскую отдельные армии, в оперативном подчинении ставки находилась также Уральская отдельная армия. В конце мая 1919 г. фронт (ген. Дитерихс) был поделен на три неотдельные армии — 1-я и 2-я из бывшей Сибирской и 3-я (бывшая Западная); в непосредственном подчинении Ставки находились Южная армия (образована из Оренбургской армии и Южной группы; ее составили в основном оренбургские и уральские казачьи части) и Уральская армия, а также Степная группа в районе Семипалатинска, войска Семиречья и внутренние антипартизанские фронты. Осенью 1919 г. Ставка была упразднена, и управление войсками осуществлялось непосредственно через штаб Верховного главнокомандующего[884].

Армия адм. Колчака была сравнительно единообразно организована. Она делилась на армии, корпуса и (помимо казачьих частей) на дивизии и полки с единой нумерацией и с названиями по сибирским и уральским городам. Корпуса и стрелковые (пехотные) дивизии (свыше 20) в 1919 г. также получили в основном единую нумерацию; дивизии именовались, как правило, Уральскими и Сибирскими стрелковыми дивизиями, некоторые из них именовались также и по городам. Помимо них в армии имелись 1-я и 2-я Уфимская кавалерийские, Ижевская, Добровольческая, Морских стрелков, Особая Маньчжурская (2 пехотных и конный полки) дивизии, отдельные Волжская кавалерийская, Красноуфимская партизанская, Егерская, Штурмовые бригады, Отдельный Морской, Конно-Егерский и Приморский драгунский полки и некоторые другие части и соединения[885]. Оренбургское казачье войско выставило всего 36 конных и 3 пластунских полка и 9 батарей, Сибирское — 15 конных полков и 3 батареи, Забайкальское — 14 конных полков и 4 батареи, Семиреченское — 3 конных полка, Енисейское — 2 конных полка и батарею, Иркутское — конный дивизион.

Сибирская армия (образована на Пермском направлении из Екатеринбургской группы) первоначально включала 1-й Средне-Сибирский и 3-й Степной Сибирский корпуса, Воткинскую дивизию и Красноуфимскую партизанскую бригаду, в феврале — марте 1919 г. — 1-й Средне-Сибирский, 3-й Степной Сибирский и Сводный корпуса, а к июню 1919 г. включала Северную (1-й Средне-Сибирский и 5-й Сибирский армейские корпуса) и Южную (3-й Сибирский Степной и 4-й Сибирский корпуса) группы, Сводно-Ударный и 8-й Камский корпуса и 1-ю кавалерийскую дивизию.

Западная армия (на Уфимском направлении) была образована на базе Камской и Самарской групп Народной армии и 3-го Уральского корпуса. Первоначально включала 3-й Уральский горных стрелков, 6-й Уральский, 8-й Уфимский (Воткинская и Сводная Уфимская дивизии) и 9-й Волжский (4-я стрелковая и Волжская дивизии) корпуса. К марту 1919 г. состояла из 2-го Уфимского, 3-го Уральского горных стрелков и 6-го Уральского корпусов, а также Южной группы. В мае была усилена 1-м Волжским армейским корпусом[886]. В конце мая 1919 г. Западная армия поделена вместо корпусов на три группы: Волжскую ген. В. О. Каппеля (1-я Самарская, 3-я Симбирская, 13-я Казанская дивизии, Волжская кавалерийская и Оренбургская казачья бригады, а с конца июля также 12-я Сибирская стрелковая дивизия), Уфимскую ген. С. Н. Войцеховского (4-я Уфимская, 8-я Камская, 12-я Уральская дивизии и Сибирская казачья бригада, а с конца июля также 13-я Сибирская стрелковая дивизия) и Уральскую ген. кн. В. Э. Голицына (6-я и 7-я Уральские горных стрелков, 11-я Уральская стрелковая, 2-я Уфимская кавалерийская дивизии и 1-я Отдельная стрелковая бригада)[887].

Оренбургская армия к концу 1918 г. состояла из корпусов: 1-го (1-я и 2-я дивизии) и 2-го (4-я и 5-я дивизии) Оренбургских казачьих, 4-го Оренбургского армейского (2-я Сызранская, 5-я Оренбургская стрелковые дивизии и 1-я Отдельная Сводно-казачья бригада), Сводного Стерлитамакского (Сводно-Уральская и Сводно-Оренбургская дивизии) и Башкирского (4 пехотных полка). Численность ее красные оценивали в 10 тыс. чел… Весной 1919 г. из нее выделена и подчинена Западной армии Южная группа (4-й Оренбургский армейский корпус и др. части). С подходом подкреплений и формированием новых дивизий армия и Южная группа 23 мая переформировываются в Южную армию, состоящую из корпусов: 1-го Оренбургского казачьего (1,2 и 4-я казачьи дивизии), 4-го Оренбургского армейского (2-я Сызранская, 5-я Оренбургская и 5-я Оренбургская казачья), 5-го Сибирского (19-я и 2 полка 20-й стрелковой дивизии), 11-й армейского (21-я Яицкая и 2 полка 20-й дивизии), Сводно-Туркестанского (Оренбургская пластунская дивизия, 42-й Троицкий и 24-й Уральский и 1-й Линейный казачий полки) и Отдельной конной башкирской бригады. В августе 1919 г. Южная армия состояла из 8 оренбургских казачьих полков, 21-й Яицкой пехотной дивизии (по 200–300 ч), двух конных (ротмистров Марсова и Львова) по 100 сабель и артиллерийского (подполковник Гринев) дивизионов. Южная армия с конца июля 1919 г. действовала самостоятельно (Ставка не имела о ней сведений) и только через два месяца вышли из тургайской степи в районе Петропавловска[888]. В октябре 1919 г. она насчитывала 20 тыс. чел. [889]. В октябре 1919 г. из остатков Южной армии была сформирована отдельная Оренбургская армия. По приходе в Семиречье, она вошла как Оренбургский отряд в состав Отдельной Семиреченской армии генерал-майора Б. В. Анненкова[890]. Последняя была образована в конце 1919 г. на базе 2-го Отдельного Степного Сибирского корпуса (в состав которого в июле входили Партизанская дивизия атамана Анненкова, 5-я Сибирская стрелковая дивизия, Отдельные Семиреченская казачья, Степная стрелковая и Киргизская конная бригады)[891].

Уральская армия к октябрю 1918 г. состояла из 17 Уральских полков (около 600 чел. каждый), 13-го Оренбургского, 33-го Николаевского стрелкового полков и пришедшей в с Волги Семеновской дружины, общей численностью до 18 тыс. [892] К июлю 1919 г. она включала 3 корпуса: 1-й Уральский (1,2, 6-я и 3-я Илецкая дивизии, 1-й Уральский пехотный, Николаевский, Семеновский и Царевский полки, пешие партизанские, броневой и авиационный отряды), 2-й Илецкий (5-я Илецкая дивизия и ряд отдельных частей) и 3-й Урало-Астраханский[893]. Отдельная Уральская армия действовала на трех направлениях. На 10. 10. 1919 г. красные оценивали ее силы на Бузулукском направлении в 6 тыс. штыков и сабель (13-й Оренбургский, 13, 15, 18-й Уральские казачьи, 5-й Уральский пехотный, 12-й Сборный полки и Семеновская дружина), на Саратовском — 8,3 тыс. (4–8, 10, 11, 16 и 17-й Уральские казачьи, 1 и 3-й Уральские учебные, 33-й Николаевский стрелковый, Гурьевский пеший полки и 1-й пеший сводный дивизион), на Новоузенском — 1,4 тыс. (9-й Уральский казачий полк, полковника Карташева и Чижинский партизанские отряды)[894]. Основную тяжесть борьбы несли три учебных полка. В 1919 г. армия была реорганизована и все полки кроме учебных стали именоваться по станицам (например, 6-я дивизия состояла из полков Сламихинского, Чижинского, 2-го партизанского и Поздняковского иногороднего). Кроме них были отряды Позднякова из Самарской губ., Решетникова, Бичерахова, Сафаровская татарская рота, перешедший от красных Покровско-Туркестанский полк. Отрядом на Астраханском направлении командовал полковник Тетруев[895].