После артподготовки, которая вследствие указанных причин нанесла минимум повреждений фортам, предстояла атака бойцов пехоты. На штурм их поднимали следующими словами «Боевые друзья, гвардейцы! На штурм Кенигсберга! Во имя полной победы над врагом, Родина приказывает нам разрубить последний укрепленный узел Восточной Пруссии, сокрушить крепость Кенигсберг и завершить разгром восточно-прусской группировки гитлеровских войск».[409] Обращение оказало должное влияние и после артобстрела и залпов реактивных минометов «катюш» пехота и танки ринулись в атаку. Буквально сразу им удалось овладеть двумя линиями траншей, саперы тем временем обеспечивали пропуск пехоты через разминированные проходы. Основная тяжесть ложилась на саперов первого эшелона 9-й штурмовой инженерно-саперной бригады генерала Пошехонцева. Именно они выполняли наиболее сложные задачи, участвуя в штурмовых действиях, создавая проходы для войск, сопровождая проход бронетехники и закрепляясь на захваченных объектах. В частности на подходах к указанному пункту в районе Годринен проявил себя лейтенант В. В. Уфимцев. Командуя своим саперным взводом, он обеспечивал проход двум дивизиям. Проход им удалось сделать на высоком уровне, что позволило пройти пехоте и технике, затем ему пришлось сделать аналогичное в районе Кальгена, а затем взял на себя командование саперной ротой ввиду того, что ее командир был ранен. На этом посту он внес свой неоценимый вклад в овладение опорным пунктом Гайде Вундлякеным.[410]

Особо упорные бои развернулись на подходе к Кенигсбергу в районе Понарта, в котором каждое здание было превращено в крепость, установлены противотанковые орудия и минные поля. В ходе этих боев снова проявил себя представители 41-го инженерно-саперного батальона. Им удалось первыми ворваться на улицы Понарта, преодолев ряд препятствий и укреплений. Вслед за ними пошла пехота и танки. Когда один из танков был подбит замаскированной противотанковой пушкой, сержант этого батальона Айзикович вместе со своими саперами смог взорвать стену, за которой она находилась, после чего орудие было уничтожено самоходной установкой. К 7 апреля, второму дню штурма Кенигсберга, Понарт уже был очищен от противника и соединения 11-й гвардейской армии в лице 31-й гвардейской стрелковой дивизии, переправившись через реку Беек, овладели вражеским рубежом на ее северном берегу. Тем временем батальон 243-го стрелкового полка под командованием майора И.С. Романова штурмовал восьмой форт. После артподготовки батальон, пройдя первую траншею, подошел ко второй и блокировал форт. Когда бойцы батальона в ходе штурма подошли к центральному зданию форта, его гарнизон объявил, что сдается в плен.[411] Одновременно с этими событиями части 83-й стрелковой дивизии овладели городом Шенфлисом и захватили одиннадцатый форт, 5-я стрелковая дивизия достигла Зюдпарка, 26-я дивизия подошла к Розенау. После этого соединения 3-го Белорусского фронта стали двигаться к реке Прегель, которая находилась уже в самом городе. Особо сильное сопротивление было оказано противником в районе Шенбуша, где немцы приспособили для обороны колоссальный по площади пивной завод. Лишь окружив его со всех сторон, в том числе со стороны реки Беек и проделав с помощью взрывов проходы в его стенах, советские воины прорвались внутрь. Там удалось заставить сдаться засевших в нем оставшихся в живых гитлеровцев. Вскоре красноармейцами был занят двенадцатый форт. В районе трамвайного парка отличились саперы 42-го штурмового инженерно-саперного батальона ефрейторы П. И. Воронов и И. М. Хоткевич, которые не дали уйти целому взводу немцев.[412] В ходе боя за железнодорожную станцию особо отличились младший сержант Владимир Киселев, уничтоживший гранатами дзот, сержант Петр Сигаев, блокировавший огневую точку и уничтоживший пять гитлеровцев, ефрейтор Кузьма Рыжиков, подорвавший стену у станции, создав возможность овладения ею.[413]

Однако к исходу второго дня штурма части 11-й гвардейской армии генерал-полковника К. Н. Галицкого всё ещё не могли соединиться с бойцами 43-й армией генерал-лейтенанта А. П. Белобородова и форсировать Прегель. Но останавливаться уже было невозможно. Одной из первых реку форсировала рота 45-го инженерно-саперного батальона. Затем были переброшены через Прегель подразделения 46-го стрелкового полка, затем прорвался 3-й батальон 95-го стрелкового полка по железнодорожному мосту. Несмотря на то, что железнодорожный мост был сильно разрушен в ходе боя, теперь уже враг пытался его преодолеть, чтобы подвезти подкрепление к своим войскам, ведущим бои в городской черте. Всю ночь с 7 на 8 апреля шел бой. Чтобы не дать вражеским войскам осуществить задуманное, к мосту были переброшены части 61-й стрелковой дивизии. Тем временем Прегель уже в другом месте форсировали силы 11-й гвардейской стрелковой дивизии, затем ее преодолели 16-я и 18-я гвардейские стрелковые дивизии. Они переправлялись уже не по мостам, а используя, подручные переправочные средства – различные лодки, буксиры, паромы, полупонтоны и амфибии. Вскоре советскими бойцами была захвачена железнодорожная станция Прегель, куда и вел разрушенный железнодорожный мост, а затем произошло долгожданное соединение 11-й гвардейской армии с 43-й армией. Через некоторое время была налажена переправа в виде наплавного моста в районе Нассер-Гартен. К ночи 8 апреля 8-й гвардейский стрелковый корпус 11-й гвардейской армии вышел к реке Альтер-Прегель. В течение этого дня враг был выбит с коксогазового завода, мельницы и железнодорожной станции.

На следующий день 9 апреля 1945 года бои в городе продолжались, враг сражался за каждую улицу, переулок, дом, но его силы были уже на исходе. Пути, по которым в Кенигсберг могло подойти подкрепление или подвезены боеприпасы были перерезаны советскими соединениями. Мирные жители в свою очередь, стремясь остаться в живых, сами сдавались красноармейцам и оставляли свои дома. К вечеру 9 апреля 1945 года комендант кенигсбергского гарнизона генерал Ляш подписал акт о безоговорочной капитуляции и прекращении огня. Таким образом, советские войска овладели крепостью и главным городом Восточной Пруссии. В честь этого события Москва 24 артиллерийскими залпами салютовала войскам 3-го Белорусского фронта, в составе которого были прославленные соединения 11-й гвардейской армии генерал-полковника К. Н. Галицкого и 43-й армии генерал-лейтенанта А. П. Белобородова. За мужество, героизм и полководческое мастерство генерал-полковник К. Н. Галицкий был удостоен звания Героя Советского Союза, а генерал-лейтенант А. П. Белобородов был удостоен второй «Золотой Звезды», став дважды Героем Советского Союза.

После окончания Великой Отечественной войны по итогам Потсдамской конференции произошло присоединение Кенигсберга и его области к РСФСР СССР, и Кенигсберг был переименован в Калининград в честь первого председателя Президиума Верховного Совета СССР М. И. Калинина, а город Инстербург, в память о погибшем полководце, переименовали в Черняховск. Город Пиллау был переименован в Балтийск Калининградской области и стал главной базой и местом расположения командования Балтийского флота, которое находится там и в наше время.