Первостепенную роль в разыгравшемся 3 июля 1788 г. сражении у острова Фидониси сыграл капитан бригадирского ранга Ф. Ф. Ушаков. Капитан-лейтенант Д. Н. Сенявин показал себя тогда неустрашимым и расторопным офицером.

Победа осталась за русской эскадрой, но турецкий флот не был уничтожен и уже спустя месяц, оправившись и усилившись, вновь появился под Очаковом. Это было очень трудное время сильно затянувшейся осады Очакова. Потемкин, уже знавший о действиях Сенявина, решил поручить ему крайне опасное и ответственное дело: идти с небольшой эскадрой прямо к берегам Анатолии и здесь беспокоить турок, чтобы не дать им возможности и дальше усиливать свой флот, стоящий в Днепровском лимане и мешающий осаде Очакова. Сенявин вышел в море из Севастополя 16 сентября (1788 г.) всего с пятью судами. Экспедиция длилась три недели и была очень успешна: Сенявин навел такой страх на турок, понятия не имевших о слабых силах, участвовавших в этом русском крейсерском набеге, что Потемкин в самых лестных выражениях донес о нем императрице: Сенявин "исполнил с успехом возложенное на него дело — разнести страх по берегам анатолийским, сделав довольное поражение неприятелю, истребив многие суда его и возвратясь с пленными и богатой добычей".

Щедро наградив Сенявина, Потёмкин дал ему ряд ответственных поручений, быстро упрочивших почетную репутацию Дмитрия Николаевича.

С 1790 т. назначенный командиром одного из лучших кораблей Черноморского флота — "Навархии", Сенявин поступает под начальство Ушакова, и 31 июля 1791 г. мы видим его участником самой замечательной морской битвы всей этой войны битвы под Калиакрией, где Ушаков совершенно разгромил большой военный флот турок.

В битве под Очаковом, у Фидониси, в крейсировании у берегов Анатолии Сенявин обратил на себя всеобщее внимание во флоте своими умелыми и отважными действиями. Потемкин всячески выдвигал и отмечал его, и после внезапной смерти Мекензи, при новом начальнике Войновиче, Сенявин сделался фактически главным распорядителем дел в Севастополе. Блестящее исполнение ряда боевых заданий во время войны доставило Сенявину очень почетное положение и в Петербурге, куда он был отправлен Потемкиным к Екатерине с донесением о победе, одержанной над турками в июле 1788 г. у Фидониси. В 1791 г. он отличился в сражении при Калиакрии, кончившемся новой победой Ушакова.

Но именно после Калиакрии произошли первые недоразумения. В приказе от 7 апреля 1791 г. Ушаков, ставший уже командующим корабельной эскадрой, укорял Сенявина в невыполнении им его приказания об откомандировании на вновь построенные корабли в Херсон и Таганрог вполне здоровых матросов. Сенявин вместо этого настойчиво стремился "сбыть" с своего корабля больных матросов. Произошла резкая ссора между знаменитым адмиралом и Сенявиным. Неприятности назревали уже давно. У обоих характер был вспыльчивый. Но благородство, доброта, бескорыстный патриотизм, львиная храбрость были свойственны им обоим, и ссора между ними не могла быть (и не была) сколько-нибудь серьезной.

В данном случае формально кругом был виноват резкий на язык Дмитрий Николаевич. Он наговорил дерзостей Ушакову, а тот в сильнейшем раздражении повел дело официальным путем, подав жалобу князю Потемкину. Потемкин любил и жаловал их обоих. Но он понимал, что совершенно непозволительное поведение Сенявина, если сколько-нибудь ему мирволить, может нанести тяжкий удар дисциплине. Сенявин страшно распалился гневом на незаслуженное, по его мнению, порицание его действий в приказе от 7 апреля и, в свою очередь, жаловался, будто из приказа Ушакова явствует что Ушаков считает его "ослушником, неисполнителем и упрямым и причиняющим прискорбие неохотным повиновением".

Ссора между двумя благороднейшими людьми, высокоталантливыми и геройски храбрыми военачальниками не могла быть продолжительной. Сенявин извинился перед Ушаковым, и наступило полное примирение. "Ушаков, строгий, взыскательный, до крайности вспыльчивый, но столько же добрый и незлопамятный, приветливо встретил Сенявина, со слезами на глазах обнял, поцеловал его и от чистого сердца простил ему все прошедшее"1.

Внезапная смерть пятидесятидвухлетнего Потемкина явилась больщим ударом не только для Ушакова, но и для Сенявина. Мелкая душа и бюрократический, совсем неспособный к широким взглядам ум Н. С. Мордвинова, который командовал Черноморским флотом после Потемкина, не мирились с явным, подавляющим превосходством Ушакова. Мордвинов явно завидовал герою Калиакрии, его громкой славе в Черноморском флоте. Сенявин был совсем в другом положении, он еще находился в слишком скромном служебном ранге, и не так громка еще была его репутация, чтобы Мордвинов мог видеть в нем конкурента. Его непосредственным начальником оставался в эти годы вице-адмирал Ушаков, который все более и более высоко ценил ум, энергию, оперативность своего подчиненного, "…он отличный офицер и во всех обстоятельствах может с честию быть моим преемником в предводительствовании флотом", — говорил о Сенявине Ушаков2.

Когда в 1798 г. Ушаков был назначен командующим эскадрой, отряженной в Средиземное море для действий против французов, то он не преминул включить в состав ее и Сенявина, тогда уже капитана 1 ранга, причем тот в течение всей экспедиции оставался командиром семидесятичетырехпушечного корабля "Св. Петр", незадолго до того спущенного на воду. Сенявин, кстати, принимал в свое время прямое участие в постройке этого корабля.

Подойдя к Ионическим островам и обстоятельно ознакомившись с условиями предстоящей борьбы, Ушаков нашел, что, если не считать о. Корфу, завоевание которого должно было быть финалом, самым трудным делом являлось занятие острова Св. Мавры3. Именно поэтому он приказал Сенявину, на которого полагался больше, чем на кого-либо другого, взять под свою команду, кроме линейного корабля "Св. Петр", еще русский фрегат "Навархия" и два турецких судна (один линейный корабль и один фрегат). 18 октября 1798 г. Сенявин произвел высадку на остров Св. Мавры. Русские начали обстрел крепости, продолжавшийся с перерывами около двух недель. 1 ноября крепость капитулировала. В плен был взят французский гарнизон численностью в 512 человек со всей артиллерией (4 большие мортиры, 55 пушек) и боеприпасами. Ушаков, прибывший к острову как раз в день его сдачи, был очень доволен действиями Сенявина. В донесении императору Ушаков писал: "Во всех случаях, принуждая боем оную (крепость) к сдаче, употребил он все возможные способы и распоряжения, как надлежит усердному, расторопному и исправному офицеру, с отличным искусством и неустрашимой храбростью".

До конца экспедиции Ушакова Сенявин выполнял самые ответственные поручения. В конце декабря 1799 г. он, перевозя войско из Корфу в Мессину, чуть не погиб во время шторма. В часы смертельной опасности он проявил изумительную распорядительность, искусство и силу духа при совсем, казалось бы, безнадежном положении.

Экспедиция Ушакова закончилась в 1800 г. Отличившийся Сенявин был назначен начальником Херсонского порта. Состоя в этой должности, Сенявин получил (в 1803 г.) чин контр-адмирала и 27 сентября 1804 г. был назначен начальником флота в Ревеле.

Цели русской восточной политики, как они определились к концу XVIII и к началу XIX столетий, диктовались такими условиями, которые не тогда начались и не тогда окончились. Основная экономическая и политико-стратегическая цель после всех побед над турками достигнута не была: русская внешняя торговля на юге оставалась в полной зависимости от намерений и расчетов Порты, в державном обладании которой находились Босфор и Дарданеллы. Безопасность русского Причерноморья находилась под постоянной угрозой и в прямой зависимости от всех колебаний политики Турции и ее возможных союзников — Англии и Франции.