К этому времени уже начал созревать урожай, и так как армия Цезаря проходила по землям, которые ранее не подвергались мародерству ведущих боевые действия армий, жители смогли собрать хороший урожай. Некоторые греческие сообщества считали легионы Цезаря войском, потерпевшим поражение, и не желали оказывать им помощи из боязни навлечь на себя неудовольствие победителя. После того как город Гомфы закрыл свои ворота перед офицерами Цезаря и отказался давать им какое-либо продовольствие, он взял город штурмом и отдал его своим солдатам на разграбление. Как сообщают некоторые источники, передвижение армии Цезаря на следующий день больше походило на гуляние пьяной компании, чем на дисциплинированный марш. После этого наглядного и жестокого урока другие города не осмеливались в чем-либо ему отказывать.

Помпей двигался следом, но держался на некотором расстоянии и, вероятно, хотел продолжить свою стратегию изматывания врага, лишая того продовольствия. Многие известные сенаторы в его лагере активно критиковали подобную тактику и требовали, чтобы ставленник сената как можно быстрее разбил Цезаря и закончил войну. Цезарь (надо помнить, что он не является беспристрастным источником) утверждал, что помпеянцы уже спорили из-за того, какие кому достанутся посты, почести и награды.

Несомненно, Помпей находился под постоянным давлением своих союзников-аристократов, но нам не известно, послужило ли это причиной того, что Великий все же решил дать генеральное сражение. Стоял август. Было ясно, что в это время года у Цезаря, имевшего свободу передвижения, ситуация с продовольствием значительно улучшилась. У Помпея было заметное превосходство в пехоте и еще большее — в кавалерии. Это делало битву, особенно на открытой местности, весьма многообещающей для Помпея.

В начале месяца соперничающие армии находились около Фарсала и провели несколько дней в обычных для такой ситуации попытках завязать бой и предварительном маневрировании. Утром 9 августа 48 г. до н. э. Цезарь уже собирался перенести лагерь в другое место, так как его солдаты израсходовали большую часть добытого в окрестностях фуража, когда было замечено, что войска Помпея снова пытаются завязать бой. В первый раз войско Помпея миновало возвышенность перед своим лагерем и теперь разворачивалось в боевом порядке на равнине рядом с рекой Энипей. Помпей шел на риск, предлагая провести сражение. Подобный шаг свидетельствовал о его решимости, и Цезарь решил принять вызов. Приказав легионерам оставить вещи и готовиться к бою, он начал выводить войска для встречи с неприятелем.

У Цезаря было 22 000 легионеров, разделенных приблизительно на восемьдесят когорт — дополнительные семь когорт были оставлены для охраны лагеря — и 1000 кавалеристов. Расположив свой левый фланг у реки, он развернул легионы с использованием обычного построения в три ряда. Его лучший X легион ветеранов занял почетное место справа, а рядом с ним находилась вся кавалерия, поддерживаемая легкой пехотой. Слева Цезарь поместил смешанное подразделение, состоящее из VIII и IX легионов.

Два этих легиона были с неполной численностью. IX особенно сильно пострадал во время битвы у Диррахия. Разделив линию фронта на три участка, Цезарь поставил Марка Антония слева, Гнея Домиция Кальвина в центре, а Публия Корнелия Суллу справа. Сам командующий мог свободно перемещаться по всему фронту, но в действительности он контролировал ход боя на правом крыле, находясь почти все время со своим любимым X легионом.

Одиннадцать легионов Помпея также развернулись в три ряда на равнине напротив. Всего у Помпея насчитывалось 45 000 человек, и каждая его когорта была построена глубиной в десять рядов, в то время как подразделения Цезаря едва насчитывали половину своего состава и стояли, вероятно, всего лишь в четыре или пять рядов. Лучшие легионы находились на флангах и в центре, и вся линия фронта была разделена на три части. Левой командовал Луций Домиций Агенобарб, центром — тесть Помпея Сципион, а Луций Афраний — справа. Сам Помпей присоединился к Агенобарбу и воинам, находящимся прямо напротив Цезаря.

Как пишет Фронтин, 600 кавалеристов было поставлено на правом фланге рядом с рекой. Оставшиеся 6400 конников — или, как говорится во всех остальных источниках, все конные подразделения — были сосредоточены на левом фланге вместе с большим количеством пращников, лучников и других легких пехотинцев. Они были отданы под командование Лабиена, и именно эта часть армии должна была стать главным звеном атаки и смести кавалерию Цезаря, а потом напасть на легионы с фланга и тыла.

Этот план нельзя назвать особенно утонченным, так как сосредоточение такого большого количества кавалерии на одном участке равнины невозможно скрыть, но это не означало, что Цезарю было легко принять контрмеры. Он сделал следующее: взял по одной когорте из третьего ряда каждого легиона и поставил их в качестве четвертого ряда позади своей собственной кавалерии и, вероятно, сдвинул их вправо. Кавалеристы Цезаря помешали врагу заметить этот ход.

Соперничающие армии были уверены в своих силах. Обе стороны придумали пароли, чтобы уменьшить путаницу, неизбежную, когда противники носят одинаковую форму и говорят на одном языке. У сторонников Цезаря был пароль «Венера, Носительница Победы» — в честь его божественной прародительницы, а у солдат Помпея — «Геркулес Непобедимый».

В разговоре, похожем на те, которые станут частью наполеоновской легенды, бывший примипил X легиона, являвшийся теперь командиром специально созданного подразделения из 120 ветеранов, крикнул Цезарю: «Сегодня я заслужу твою благодарность независимо от того, погибну я или нет». Этот человек, Гай Крастин, находился в самом первом ряду на линии фронта, которая начала бой и стала двигаться на легионеров Помпея. Те продолжали стоять на месте. Это было необычной тактикой, ибо римская пехота, как правило, шла в наступление, чтобы вступать в бой с вражескими пехотинцами. Даже солдаты Мария у Акв Секстиевых и воины Цезаря в битве с гельветами, несмотря на то что они ждали, пока неприятель утомится, поднимаясь по склону, метали в последнюю минуту свои пилумы с расстояния приблизительно в 10 или 15 ярдов, а затем шли в атаку.

Цезарь пишет, что приказ оставаться на месте исходил от Гая Триария, который убедил Помпея, что это позволит когортам сохранить боевое построение и наилучшим образом использовать щиты для защиты от вражеских метательных снарядов.

Эти опасения нарушить боевой порядок во время движения свидетельствовали о том, что легионеры Помпея отчетливо сознавали, насколько они уступают в боевой подготовке солдатам Цезаря. С другой стороны, Помпей, возможно, просто хотел, чтобы пехотинцы Цезаря выдвинулись как можно дальше вперед, чтобы его кавалерии на левом крыле было легче обойти ее с фланга. В «Записках» Цезарь критикует данное решение, утверждая, что наступление приободряет солдат, а пассивная защита оказывает пагубное воздействие на их боевой дух.

Прежде чем ряды легионеров вступили в бой, кавалерия Лабиена двинулась на всадников Цезаря и оттеснила их после непродолжительной борьбы. Во время этой стычки среди атакующих началась неразбериха. Такое большое число всадников редко сосредоточивалось на столь узком фронте, к тому же большинство кавалерийских подразделений не имело боевого опыта. Ни Лабиен, ни его офицеры никогда не командовали такой массой всадников, и их задача только усложнилась из-за густых облаков поднятой копытами пыли. Эти факторы в сочетании с естественной склонностью лошадей, сгрудившихся вместе, волноваться, судя по всему, превратили левое крыло Помпея из упорядоченных отдельных эскадронов в одну неуправляемую массу.