Реакция Цезаря была жесткой. Полководец сказал, что легионеры получат все, когда война будет выиграна, и что он никогда не нарушал своих обещаний в прошлом. Затем он заявил, что произведет децимацию в IX легионе, но позволил офицерам «уговорить» себя казнить лишь двенадцать солдат из 120, считавшихся зачинщиками. Этот бунт — как и многие другие в истории — отчасти был следствием периода безделья, который позволил небольшому недовольству перерасти в открытый мятеж. Возможно, это выступление ветеранов стало причиной того, что Цезарь решил не прибегать к оборонительной тактике и не ждать возвращения Помпея.

4 января 48 г. до н. э. Цезарь собрал небольшой флот из купеческих кораблей и посадил на него семь из двенадцати легионов, сосредоточенных в Брундизии. Маловероятно, чтобы численность любого из этих подразделений значительно превышала половину полного состава — к концу года VI легион будет насчитывать менее 1000 боеспособных солдат. Вероятно, в его войске было 500 единиц вспомогательной кавалерии и значительно меньше 20 000 солдат. С ними отправили снаряжение и минимальное количество армейской прислуги. Небольшое количество кавалеристов объяснялось тем, что требовалось место для вьючных животных, а не для тяжелой пехоты. Только несколько боевых кораблей могли защитить транспортные суда от огромного флота Помпея, которым командовал Бибул, коллега Цезаря по консульству 59 г. до н. э. и его большой завистник. Однако решение отправиться в плавание в необычное для навигации время застало врага врасплох, и благодаря этому Цезарь смог беспрепятственно высадиться в г. Палесте на побережье Эпира.

Бибулу удалось перехватить несколько порожних кораблей, когда они возвращались обратно, и вскоре он установил блокаду, которая отрезала армию Цезаря как от подкреплений, так и от продовольствия. Самой серьезной проблемой стало именно продовольствие. На этот раз январь по римскому календарю приходился на позднюю осень, и должно было пройти несколько месяцев, прежде чем нужное количество провианта и фуража можно будет раздобыть на месте.

Армия Цезаря также значительно уступала противнику в численности. Вскоре Помпей был в состоянии выставить девять легионов — каждый почти полностью укомплектованный, поддерживаемых 5000 легких пехотинцев и 7000 кавалеристов. Еще два легиона, находившихся в Сирии под командованием его тестя Сципиона, отправились в путь и должны были присоединиться к основным силам.

В ночь после высадки на берег Цезарь ускоренным маршем направился в Орику, где у Помпея находился большой запас продовольствия, и вынудил город сдаться. Хотя кораблям Помпея с зерном удалось ускользнуть или уничтожить свой груз, это все же было большой удачей. Еще более ценной добычей был крупный город Аполлония, который также вскоре сдался. Эти успехи побудили Цезаря предпринять незамедлительную атаку на самый большой склад Помпея в торговом порту Диррахий (современный Дуррес в Албании). Разведчики Помпея сообщили об этом вражеском марше, и тот также поспешил в Диррахий. Цезарь не располагал достаточно сильной армией, чтобы рисковать и немедленно вступать в бой. Поэтому он отвел свои войска для охраны Аполлонии и Орика.

Проходили недели, и Цезарь все острее ощущал необходимость получить подкрепления от Марка Антония, который оставался с его войсками в Брундизии. Несколько попыток пересечь Адриатическое море не удались, и в большинстве наших источников говорится, что Цезарь, отчаявшись, пришел к мысли, что только его личное присутствие ускорит переброску войск. Он отплыл на небольшом суденышке в плохую погоду и беззаботно говорил капитану, что тому нечего бояться, поскольку он перевозит Цезаря, а «Цезарю сопутствует удача», он приказал ему следовать указанным курсом, невзирая на шторм. Тем не менее, даже его решимость должна была отступить перед силами природы, и Цезарю пришлось вернуться на берег.

Эти месяцы были очень трудными, и отрадам, занимавшимся поиском провизии, приходилось уходить все дальше. Помпей радовался, что Цезарь страдает от острейшей нехватки продовольствия, и хорошо подготовленная армия из-за этого могла с трудом проводить боевые операции. Лишь 10 апреля Антоний смог привезти остальную часть армии — четыре легиона и 800 кавалеристов — в Грецию. Вражеский флот при этой операции понес лишь незначительные потери. Помпей действовал в этот момент слишком медленно и не смог помешать объединению двух частей армии Цезаря.

Теперь у Цезаря было одиннадцать легионов. Каждый, вероятно, уступал вражескому в численности, но обладал куда большим опытом. Однако неприятель по-прежнему сильно превосходил Цезаря в кавалерии и легкой пехоте. Безусловно, стало ничуть не легче кормить это возросшее войско, используя истощенные ресурсы, так как из Италии было крайне трудно перевозить большое количество припасов, а до наступления весны оставалось еще несколько недель.

Продолжай Цезарь придерживаться оборонительной тактики, это было бы только на руку Помпею, поэтому победитель Галлии решил снова напасть на Диррахий. Цезарю удалось добиться преимущества при помощи удачных маневров и оказаться между армией Помпея и городом. Однако захватить сам город не удалось. Армия Помпея разбила укрепленный лагерь на холме под названием Петра, который возвышался над заливом и служил естественным портом. Таким образом Помпей мог привезти достаточное количество продовольствия для своих солдат, в то время как армия Цезаря, занявшая удаленную от моря возвышенность к северу, продолжала страдать от нехватки провианта.

Для того чтобы его патрули и отряды фуражиров меньше подвергались нападениям вражеской кавалерии, Цезарь приказал построить линию укреплений вдоль ряда холмов, обращенных к позициям Помпея. Он решил растянуть их так, чтобы полностью блокировать большую по численности армию противника. Чтобы предотвратить это, Помпей в свою очередь поручил легионерам построить линию укреплений напротив тех, что возвел Цезарь, при этом из-за ключевых позиций произошли стычки. Солдаты Цезаря спешили довести стену и ров до моря, а бойцы Помпея пытались помешать этому, возводя собственные укрепления. У Помпея было больше людей и ему нужно было покрыть меньшее расстояние — 15 миль против 17 у Цезаря, — так как Великий находился ближе к побережью.

Использование линий укреплений для полного или частичного окружения неприятеля, чтобы ограничить его передвижения и мешать поступлению провианта, уже ранее применялось римскими армиями, например Крассом против Спартака, Помпеем против Митридата и Цезарем против Верцингеторига. Это свидетельство инженерного мастерства и упорства легионеров сделалось отличительным признаком профессиональной армии. Подобные действия также привели к увеличению традиционного периода предварительного маневрирования армий перед проведением решающего сражения. Несмотря на то что полевые укрепления служили в основном для обороны, их можно было использовать для различных целей — ограничивать активность неприятеля, заставлять его сражаться, когда тот не стремится к этому, вынуждать его отводить войска или, в самых крайних случаях, наблюдать за тем, как его армия погибает от голода.

Обе армии, усиленно трудясь над расширением укреплений и продвигаясь к югу и к морю, страдали от недостатка продовольствия. Иногда солдаты Цезаря питались почти исключительно мясом вместо обычного сбалансированного рациона из зерна, овощей и мяса — утверждение, что легионеры были вегетарианцами и ели мало мяса или даже вовсе не употребляли его, является мифом, основанным на неправильном толковании ряда фрагментов книги Цезаря. Некоторые солдаты добывали корни растения под названием «хара», им удавалось превращать их в неприятный, но съедобный заменитель хлеба. Говорят, что Помпей, увидев этот хлеб, заявил, что он сражается не с людьми, а с животными.