Именно европейские владения ордена имели обязанность выплачивать своей центральной администрации основной ежегодный налог, называемый responsions. Каждое командорство отправляло в Иерусалим ежегодно треть произведенной им сельскохозяйственной продукции или треть от доходов на недвижимость. Выплачивались также иные дополнительные налоги: на пожертвования верующих ордену и на доходы церковных учреждений, и другие феодальные налоги.

Командоры в каждом приорстве платили responsions провинциальному капитулу. Капитулярные бейлифы отвечали за доставку налога на Восток. Иногда это делали братья, иногда – купцы и миряне. Суммы налога могли быть значительными. В 1295 г. налог Англии и Ирландии оценивался в 5 тысяч серебряных марок. Однако в некоторых командорствах можно было получать продукции больше, чем требовалось. Поэтому в 1305 г. Фульк де Вилларе намеревался ввести для них новый налог на 5-летний срок в 20 тысяч золотых флоринов в год.

Налоги выплачивались не всегда и не везде. Развитие новых форм организации коменд давало возможность избежать уплаты налогов; соблазн поступить так был достаточно велик, потому что отдельные коменды перешли в личную собственность братьев. Генеральный капитул 1262 г. напомнил всем бейлифам на заморских территориях, что они обязаны выплачивать ежегодный налог с домов, находившихся в их владении. В то же время появление других налогов ставило под угрозу выплату основного ежегодного налога. Генеральный капитул 1265 г. издал указ, согласно которому приоры в своих владениях в качестве сеньоров не могли требовать со своих вассалов уплаты им пошлины, пока не будет собран ежегодный налог. В 1296 г. конвентуальные бейлифы неоднократно жаловались на действия магистров ордена, обременявших их дополнительными поборами. Все это сказывалось и на выплате ежегодного налога.

Снижение его сборов могло быть вызвано также экономическим кризисом и феодальными усобицами на Западе. Насколько тяжелым было положение в 1268 г., показывает отчаянное письмо Гуго де Ревеля. Из Испании он получил в качестве налога только несколько лошадей. Госпитальеры в Италии приняли сторону Карла Анжуйского, однако их поместья были опустошены; в то время как ежегодный налог из Франции был использован ее приором для уплаты своих долгов. Налоговые поступления из Англии резко снизились вследствие бедствий гражданской войны, вспыхнувшей между Генрихом III и феодалами. Госпитальеры не могли в должной мере влиять на эти события, как и на самовластные действия европейских правителей. В 1291 г. папа потребовал предоставить в его распоряжение половину ежегодного налога и другие субсидии для покупки кораблей. В 1295 г. правительства Португалии и Англии конфисковали ежегодный налог, который поступил из приорств, которые находились под их контролем. В начале XIV в. проблемы с выплатой налогов в провинциях вызвали еще большее беспокойство в ордене. Генеральный капитул 1300 г. постановил, что ни один брат не должен использовать ежегодный налог в своих личных целях, не имея на то разрешения магистра. Генеральный капитул 1301 г. запретил бейлифам в Германии возводить новые здания, и подчеркнул необходимость прежде всего обеспечить полную выплату ежегодного налога, и напомнил братьям о том бедственном положении, в котором находился орден. Приорам и капитулярным командорам было приказано ежегодно отправлять возложенный на них налог на Кипр. В следующем году был принят указ о том, что те приоры, которые не в состоянии заплатить своих налогов, должны предоставить письменное свидетельство об этом, скрепленное печатью и подтвержденное семью братьями их капитулов, которые обязывались принести клятву в том, что они говорят только правду. В 1306 г. Фульк де Вилларе заявил, что повышение цен на товары и обострение междоусобных споров в Европе мешают выплате ежегодного налога.

Насколько важна была его выплата, говорят многочисленные попытки Генеральных капитулов предотвратить дальнейшее отчуждение земель. На протяжении XIII в. существовал запрет отдавать в залог или отчуждать земельные участки без разрешения капитула того или иного приорства и, по-видимому, без санкции Генерального капитула. Ни один брат не мог отказаться от своей собственности или продать ее без разрешения вышестоящего администратора; ни один дом не мог быть передан мирянину без разрешения центральной администрации ордена. Генеральный капитул 1278 г. постановил, что только согласно принятой конвентуальной булле должно даваться разрешение на подписание всех грамот о дарении и продаже, об обмене и укрупнении земельных участков. Генеральный капитул 1262 г. проявил обеспокоенность не только в отношении политики отчуждения земель, но и по поводу арендной платы. XIII в. был временем усиления процессов инфляции, и собираемая землевладельцами арендная плата попросту обесценилась. Предпринимались попытки вернуть отчужденные земли и дома, хотя раздавались обеспокоенные голоса, не нанесет ли это ущерб престижу ордена.

Коменда была основной административной единицей ордена, которая была учреждена после того, как госпитальерами были приобретены значительные по площади территории, достаточные для организации местных администраций. Их размеры были различны; в некоторых отдаленных областях Европы границы коменд могли совпадать с границами диоцезов. В качестве экономической единицы, которая платила ежегодный и другие налоги, комендой управлял бейлиф. Коменда представляла собой не только поместье, она выполняла также административную функцию. Здесь жил чиновник от администрации, и братья имели те же обязанности, что и госпитальеры, служившие в Конвентах приорств и в Конвенте магистра. Командор, представитель центральной администрации, проводил еженедельные капитулы. В 1288 г. папа, видимо, установил среднее число братьев, которые проживали в больших домах, в пределах 20 человек. Но согласно нашим исследованиям во всем командорстве едва набиралось такое количество братьев; случалось, что иногда их было не больше трех человек. Постоянно проживать в коменде могли и рыцари, но в основном это были служащие сержанты. Однако все они были конвентуальными братьями, и в этом состояло основное отличие между их домом и домом Центрального конвента. Они занимали различные посты; некоторые из них были созданы исходя из местных условий. В небольших орденских домах имелись церковные приоры, госпитальеры, инфирмарианы и сборщики милостыни.

Командор обычно назначался своим приором. В XIV в. им становился брат-воин или рыцарь; но нередко эту должность занимали священники и сержанты. Генеральный капитул 1304 г. издал указ, согласно которому брат мог стать командором, только отслужив в ордене три года; кастеляном замка – пять лет. Командор находился в юрисдикции приора и платил ему ежегодный налог (responsions); пошлину, которую полагалось платить вассалу своему сеньору; а также различные местные налоги. Он был обязан посещать ежегодный капитул приорства. Командор обязывался устраивать торжественную встречу приору во время его визитации и содержать его вместе со свитой. Однако приор не мог рекомендовать командору нанимать в качестве слуг своих братьев или донатов или требовать уплаты дополнительных налогов без согласия на то магистра.

В XIII в. произошло несколько изменений в системе административного управления ордена в европейских провинциях. Братьям было дано разрешение владеть несколькими комендами; начал складываться новый тип коменд – Commanderies of Grace (пожалованные коменды); дома госпитальеров могли передаваться мирянам в вечное пользование; некоторые коменды становились camerae.