Такой отпор лишил российскую сторону перспективы на приобретение прав в долине Амура до самого конца столетия. И только после заключения Айгунского договора (1858) им все-таки разрешили плавание по этой реке. Когда этот вопрос подняли в Сенате в 1764 году, представитель Коллегии иностранных дел посоветовал не заниматься им, несмотря на очевидную ценность доступа к Амуру, из-за «непреклонности маньчжурского двора». Единственный реальный результат усилий на том направлении выразился в том, что у китайцев углубились уже появившиеся подозрения в постоянно нараставших аппетитах русских властей. В частности, когда их поползновения становились угрозой для родины самих маньчжуров.

Неприязнь к России и крайнее раздражение деятельностью ее властей, обнаруженные В.Ф. Братищевым в Пекине, возникали не из-за его переговоров по Амуру, а скорее по причине обострения проблемы беженцев, когда маньчжурские армии двинулись на народ Джунгарии, чтобы окончательно сломить его сопротивление. После поражений 1730-х годов сплоченность и мощь джунгар пошли на убыль. Блистательного хунтайджи Галдан-Цэрэна в 1745 году сменил его сын Цэван-Дорджи, или Аджа Намджилу-хан. Пять лет спустя, когда группа высокопоставленных предводителей джунгар подняла мятеж, началась череда междоусобных схваток за власть. Они схватили Намджилу-хана и лишили его зрения, а на его место хунтайджи поставили старшего, но незаконного сына Галдана по имени Лама-Дорджи. Сопротивление ему оказал один только внук знаменитого завоевателя Тибета Цэрэн-Дондуба славный Дабачи (Давацы). В 1751 году Лама-Дорджи разгромил войско Дабачи, но тот со своими немногочисленными сторонниками скрылся на западе. Среди этих сторонников числится некий Амурсана (А-му-эр-сань-а), возглавлявший монгольское племя хойтов (хуэй-тэ), населявших район Тарбагатая. Собрав тысячу воинов, Дабачи с Амурсаной отправились в район реки Ил, и в начале следующего года убили Лама-Дорджи. Дабачи досталось звание хунтайджи, и он щедро наградил Амурсану за помощь. На протяжении двух лет, однако, Амурсана и еще несколько вождей джунгар, истощенных непрерывной враждой и страданиями от преследований, как они считали, Дабачи, переселились в Монголию, где сдались на милость маньчжурам. Амурсана привел с собой больше 25 тысяч хойтов. С этого момента начинается сложная летопись похождений Амурсаны.

Признавая слабость продолжавших сопротивление джунгар, Цяньлун решил предпринять попытку положить конец затянувшемуся соперничеству с равным по силе противником. Армия в составе двух колонн в 1755 году выступила под командованием банди, причем Амурсана с армией северного маршрута (Улиастай) шел в авангарде. Подчинить население района Или маньчжурам труда не составило, Дабачи они схватили (его доставили в Пекин и присвоили звание цинь-вана). Джунгарский бассейн теперь находился в руках маньчжуров впервые с начала правления династии Цин, и последняя из великих империй кочевников стала достоянием истории.

Однако маньчжуры упустили из виду главную черту характера Амурсаны — его непостоянство и склонность к предательству. Опьяненному собственными успехами, ему претил вариант примирения, предложенный маньчжурами, по условиям которого его обещали признать в качестве хана хойтов (а ведь он явно замахнулся на ханство над всеми джунгарами). Такое предложение он отверг, и для согласования позиций ему приказали прибыть в Пекин. Он же предпочел удариться в бега. В сентябре 1755 года этот изворотливый и ненадежный союзник ускользнул от своего эскорта, состоявшего из маньчжурских всадников, чтобы снова заняться подготовкой мятежа. Сначала ему сопутствовал невиданный успех, так как основную часть маньчжурских войск уже вывели с территории Джунгарии. Беспомощный банди наложил на себя руки. Столкнувшись с полномасштабным восстанием, пекинские власти реагировали на зависть скоро. Они послали еще одну армию, и она разгромила мятежные отряды Амурсаны. Сам он бежал к киргизским казахам. Маньчжурские полки опять ушли, и Амурсана поднял точно такое же восстание. Маньчжурские каратели снова вернулись и силами двух армий под командованием Чжаохоя и Цзянгунчапуя взяли Джунгарию в огромные клещи. К тому же выживших главарей мятежников настигла эпидемия оспы. Теперь Амурсана бежал в Сибирь и в 1757 году умер от оспы в Тобольске. Своей кончиной Амурсана ознаменовал завершение затянувшейся череды схваток, терзавших народы Средней Азии на протяжении без малого столетия. В следующем году маньчжурские вояки разграбили земли калмыков, и Джунгария исчезла из летописи текущей истории. Название народа джунгары использовать запретили, а вместо него в обиход вошли термины «алеуты» или «ойраты».

Дело Амурсаны на этом не закончилось. Вместе с этим отступником границу Сибири пересекли четыре тысячи монгольских юрт, и, опасаясь того, что московиты, несмотря на опровержение Правительствующего сената, будут использовать их для ползучего укрепления своего влияния в Джунгарии, император Цяньлун потребовал выдачи ему Амурсану и его сторонников. Когда маньчжуры получили уведомление о смерти Амурсаны, у них возникли по этому поводу вполне понятные сомнения, и они начали настаивать на предъявлении им тела усопшего предводителя мятежников, чтобы собственными глазами удостовериться в данном факте. Забальзамированный труп Амурсаны отправили в Селенгинск, и там его в марте и апреле 1758 года осмотрели пограничные чиновники. По-прежнему не удовлетворенные вельможи в Пекине позже потребовали возвращения тела. У русских чиновников возникло предположение о том, что маньчжуры хотят выставить голову Амурсаны на шесте у государственной границы в назидание потенциальным мятежникам, чтобы те вовремя отказались от своей затеи. Возня вокруг тела Амурсаны осложняла китайско-российские отношения на протяжении еще некоторого времени. Как будто бы одной интриги было недостаточно, еще одна интрига громкого международного звучания одновременно сыграла свою роль в разрыве вполне дружественных отношений, налаженных в ходе пограничной торговли. В самый разгар вооруженного противостояния (1756–1757) и непосредственно из-за него многие вожди джунгар и прочих монгольских племен пытались найти убежище в России или просили его предоставить. В июльском и сентябрьском 1756 года донесениях сибирского губернатора В.А. Мятлева тот проинформировал Коллегию иностранных дел о больших толпах джунгар, просивших убежища на нескольких российских пограничных постах (Колывань, Бийск и проч.). Первое намерение в этой коллегии состояло в том, чтобы просто приказать В.В. Якоби выразить официальный протест китайским пограничным властям с указанием им на то, что этим беженцам нельзя было позволять приближаться к территории России. В этот момент и появилась самая серьезная угроза маньчжурскому сюзеренитету над Монголией.

Князь хошутов генерал Цзянгунчапуй, командовавший армией, охранявшей маньчжурские транспортные коммуникации в Монголии, а также активно принимавший участие в кампании против Амурсаны, поднял мятеж. Из Пекина тут же обо всем сообщили в Санкт-Петербург и просили вернуть мятежного генерала и его сторонников китайским властям, если они появятся на российской границе. Воодушевленные своим смелым актом неповиновения, несколько влиятельнейших монгольских предводителей, в том числе ханы тушету, чжечженей и даже духовный вождь в Угре хутухта, обратились к В.В. Якоби и устно попросили его направить в Санкт-Петербург их просьбу принять в вассалитет от России. В своем отчете Коллегии иностранных дел В.А. Мятлев рекомендовал принять их в надежде на то, что такому примеру последуют остальные монгольские вожди. Притом что маньчжурские армии в Джунгарии оказались отрезанными от своих пунктов материально-технического снабжения, оставшихся в Западном Китае, у России появляется невиданно мощная позиция для ведения переговоров на своих условиях.