Манштейн так описывал развитие наступления: «Второй этап наступления, до 17 июня, характеризуется на обоих фронтах наступления ожесточенной борьбой за каждую пядь земли, за каждый ДОС, за каждую полевую позицию. Ожесточенными контратаками русские вновь и вновь пытаются вернуть потерянные позиции. В своих прочных опорных пунктах, а то и в небольших ДОС, они часто держатся до последнего человека».

Для уничтожения советских позиций на Сапун-горе Манштейн решил в полночь 28 июня атаковать там, где немецкий десант не ждали, – через бухту Северная: «Непрерывная бомбардировка города 8 авиационным корпусом должна была заглушить шум на северном берегу бухты. Вся артиллерия была в готовности открыть ураганный огонь по высотам южного берега, как только огонь оттуда показал бы, что противник разгадал наш замысел. Но на противоположной стороне все было спокойно. Трудный спуск штурмовых лодок на воду и их погрузка удались. В 1 час ночи от северного берега отчалил первый эшелон 24 и 22 дивизий, и лодки взяли курс на южный берег. Переправа, которая явилась для противника совершенно неожиданной, удалась. Смелый прыжок через морскую бухту увенчался успехом. Когда вражеская оборона района южных высот вступила в действие, наши бравые пехотинцы уже закрепились на южном берегу. Обнаруживаемые огневые средства противника на скатах высот южного берега уничтожались нашим огнем; наши войска поднялись на плоскогорье. Тем самым была уничтожена представлявшая серьезную угрозу позиция на Сапунских высотах».

Но Севастополь продолжал обороняться – в городе-крепости раз за разом звучал по радио приказ И. Сталина держаться до последнего человека. И поэтому, не желая нести больших потерь в уличных схватках, Манштейн не стал вводить 11-ю армию в Севастополь, а отдал приказ 1 июля начать массированный артобстрел окраинных укреплений и городских опорных пунктов, сопровождая бомбовыми ударами 8-го авиационного корпуса. Через несколько часов немецкая разведка доложила, что советские войска покинули город. Позже выяснилось, Приморская армия, ушедшая из города, попыталась организовать сопротивление на позициях, прикрывавших Херсонесский полуостров. Боевые действия на полуострове длились еще три дня, в ходе которых был захвачен обороняемый советскими войсками бронированный ДОС «Максим Горький II». Части Красной армии, которые не смогли эвакуировать морем, пытались ночами прорваться в восточном направлении, в горы к партизанам или укрыться в пещерах, расположенных в крутых берегах Херсонесского полуострова. Большинство из них сдались 4 июля 1942 года, так и не дождавшись эвакуации.

Генерал-лейтенанту Козлову, который был снят с поста командующего и потом рвался на прием к Сталину, дабы убедить Верховного, что во всем виноват только Мехлис, тоже досталось. Свидетелем этого разговора оказался Рокоссовский. «Подождите, товарищ Козлов! Скажите, кто был у вас командующим фронтом, вы или Мехлис? – Я… – Значит, вы командующий фронтом, а Мехлис не командующий фронтом? Значит, вы должны были командовать, а не Мехлис, да?… – Я, но он мне не давал командовать. – Почему же вы не позвонили и не сообщили?… – Со мною все время находился Мехлис, и я не мог позвонить без него. Мне пришлось бы звонить в его присутствии. – Почему, если вы считали, что правы вы, а не он, почему же не могли позвонить в его присутствии? Очевидно, вы, товарищ Козлов, боялись Мехлиса больше, чем немцев?»

8 января 1942 года войска Калининского фронта под командованием Конева стали участвовать в Ржевской битве, которая включила в себя четыре наступательные операции против немецкой группы армий «Центр». Ржевская битва стала одной из самых кровопролитных и продолжительных битв Великой Отечественной войны, получив неформальные народно-солдатские названия «ржевской мясорубки», «прорвы». Ржевская битва завершилась только 31 марта 1943 года. Город Ржев был освобожден от немцев раньше – 3 марта. Первая Ржевско-Вяземская операция 1942 года продолжалась с 8 января по 31 марта и являлась продолжением советского контрнаступления под Москвой. С советской стороны в ней участвовали войска Западного и Калининского фронта, и из резерва Ставки ВГК был использован 4-й воздушно-десантный корпус. 22 января Ставка передала в состав Калининского фронта 3-ю и 4-ю ударные армии Северо-Западного фронта. Кроме того, активное участие в боевых действиях против врага приняли советские партизаны. Важно подчеркнуть, что помимо местных жителей, ушедших в партизаны (в основном это были люди пожилые, не мобилизованные ранее в Красную армию или пятнадцати-шестнадцатилетние подростки и женщины), в лесах и деревнях скрывались сотни наших окруженцев, умевших держать оружие.

Основной задачей, которую советская власть (из-за линии фронта) поставила местным партизанам, – контроль над коммуникациями, и в первую очередь железнодорожной линией Брянск-Вязьма. Днем 24 февраля 1942 года, после проведенной накануне ночью разведки, партизаны освободили станцию Вертехово, также подорвав железнодорожное полотно, соединявшее станции Вертехово и Угра. Уже через четыре дня немцы попытались восстановить железнодорожное сообщение, но были обстреляны на подходе к станции партизанами и были вынуждены отступить. В течение последующих дней партизаны успешно отбили еще несколько нападений.

Основная поставленная Ставкой задача – окружить, расчленить и уничтожить основные силы группы армий «Центр» в районе Ржева, Вязьмы, Юхнова, Гжатска – не была выполнена. В ходе боев была окружена и разгромлена советская 33-я армия под командованием генерал-лейтенанта М. Г. Ефремова и 11-й кавалерийский корпус под командованием полковника С. В. Соколова.

В ходе боев с 1 января по 30 марта 1942 года группа армий «Центр» потеряла более 330 тысяч человек – почти половину личного состава, но были велики потери в ходе Ржевско-Вяземской операции и у Красной армии – 776 889 человек, из них безвозвратные 272 320. Этой ценой удалось отбросить немецкие войска на западном направлении на 80-250 км, завершить освобождение Московской и Тульской областей и освободить от гитлеровской оккупации часть территорий Калининской и Смоленской областей. В результате наступления образовался Ржевско-Вяземский выступ. Затем войска Калининского фронта под командованием Конева потерпели поражение в Холм-Жирковской оборонительной операции.

30 июля 1942 года войска Калининского фронта под командованием Конева и Западного фронта под командованием Жукова начали Первую Ржевско-Сычевскую стратегическую наступательную операцию, целью которой было уничтожение 9-й армии под командованием генерал-полковника В. Моделя, оборонявшейся в Ржевско-Вяземском выступе. 25 августа 1942 года приказом Ставки Конев был снова назначен командовать войсками Западного фронта и продолжил проведение операции. После продолжительных кровавых боев 27 сентября войскам 30-й армии удалось освободить Ржев, но подошедшие немецкие резервы группы армий «Центр» выбили советские войска из Ржева.

24 июля 1942 года войска вермахта захватили Ростов-на-Дону. Планируя захват нефтеносных районов Кавказа, в конце июня 1942 года немецкие войска, нанеся мощный удар по позициям Брянского и Юго-Западного фронтов, прорвали оборону Красной армии и совершили рывок в направлении Воронежа (частично захваченного 6 июля 1942 года) и к Дону. Советские войска оказались отброшенными за Дон, и к середине июля вермахт, развернувший наступление в большой излучине на Сталинград, прорвал стратегический фронт нашей армии на глубину 150–400 км. Возникла непосредственная угроза захвата немцами Северного Кавказа.