К 1602 году у населения иссякли все запасы продовольствия. Чтобы утолить муки голода, люди употребляли в пищу древесную кору и траву. Собаки и кошки были выловлены и съедены. Голодная смерть стала косить народ по всей стране. Трупы валялись по дорогам. Датские послы, покидая Москву в феврале 1603 года, своими глазами видели огромные братские могилы у самых стен столицы. В окрестностях города появилось множество хищников, привлеченных трупным запахом. Волки сбивались в огромные стаи, и по ночам их вой не давал спать посадским людям. На улицах города появились лисы. Их стреляли во рву у стен Кремля.

За годы голода в трех московских богадельнях на больших братских кладбищах похоронили более 120 тысяч трупов. Умирали в огромном числе неимущие горожане и холопы.

Годунов с первых дней оценил страшную опасность и всеми средствами пытался бороться с ней. В некоторых городах он ввел единые цены на хлеб, составлявшие половину рыночной цены. Посадская община в Соль-Вычегодске отбирала запасы хлеба у богатых людей, расплачиваясь с ними по твердым ценам. Скупщиков хлеба приказано было бить кнутом, а за возобновление спекуляции сажать в тюрьму. Меры против хлебной спекуляции на городских рынках носили общегосударственный характер. Власти обратились к бедствующему населению с особым воззванием. Они старались успокоить недовольных и убедить всех и каждого, что царь Борис правит землею справедливо, «всем людям к тишине, к покою и льготе», что он по своему милосердию оберегает их во всем, «сыскивая» «всем всего народа людям полезная», чтобы было «во всех землях изобилование, житие немятежное и неповредимый покой у всех ровно».

Казна не жалела средств на борьбу с голодом. В Смоленск Годунов отправил только в одну посылку 40 тысяч рублей для раздачи посадским людям. В столице он велел раздать нуждающимся еще большие суммы денег, а кроме того, организовал общественные работы, чтобы прокормить население. Но денежные раздачи не достигали цели. Деньги теряли цену. Казенная копейка не могла более пропитать семью и даже одного человека. Между тем слухи о царской милостыне распространились по стране, и народ толпами хлынул в столицу, отчего голод там усилился. Борис провел розыск хлебных запасов по всей стране и приказал продавать народу зерно из царских житниц. Запасы истощились довольно быстро. Немало хлеба, проданного по твердым ценам, попало в руки хлебных скупщиков. Царь пытался бороться с хлебной спекуляцией и даже велел казнить нескольких столичных пекарей, мошенничавших на выпечке хлеба. Но все это мало помогало.

Меры Годунова могли бы иметь успех при кратковременном голоде. Второй неурожай свел на нет все его усилия. Монастыри и бояре поспешили надежнее припрятать имевшиеся у них запасы зерна. Сам патриарх Иов подал пример всем остальным, отказавшись расстаться с хлебными излишками. Правительство пыталось проводить реквизиции хлеба, но ему недоставало твердости и последовательности. Царь не осмелился идти на серьезный конфликт с богатейшими из своих подданных. Попытки обуздать бешеную спекуляцию торговцев также не удались.

Борис благотворил посадам, чтобы сохранить основной источник поступлений денег в казну. Крестьянство же было обречено на голод. Даже в дворцовых волостях, фактической вотчине Годуновых, дело ограничилось продажей крестьянам «старого» хлеба в долг по кабальным распискам. Не обладая материальными резервами, чтобы прокормить деревню, власти пытались использовать социальные рычаги. Многие годы закрепощенные крестьяне жили надеждами на государевы выходные лета. 28 ноября 1601 года страна узнала о восстановлении сроком на год крестьянского выхода в Юрьев день. Указ объяснял крестьянам, сколь милостив к ним «великий государь», который «пожаловал во всем своем государстве от налога и от продажи велел крестьянам давати выход».

Годунов постарался оградить интересы знати, князей церкви, столичного дворянства. Их крестьяне не получили права на выход и оставались крепостными. Юрьев день не был возобновлен в пределах Московского уезда и на государственных черносошных землях. Борис не желал восстанавливать против себя московских помещиков, постоянно обретавшихся в столице. Что касается черносошных земель, они служили важнейшим источником казенных доходов, и власти старались сохранить черносошных крестьян на их старых наделах.

Помещики всеми силами противились любым уступкам в пользу крепостных крестьян. Сопротивление дворян достигло таких масштабов, что царь Борис при повторном издании указа о возобновлении Юрьева дня включил в него пункт, ограждавший крестьян от помещичьего насилия и грабежа. «Насильно бы дети боярские крестьян за собой не держали, – значилось в указе, – и продаж им никоторых не делали, а кто начнет крестьян грабить и из-за себя не выпускать, и тем от нас быть в великой опале». Словесные угрозы не могли испугать дворян, коль скоро дело касалось их доходов. О серьезных же санкциях против дворянства правительство и не помышляло.

Крестьяне восприняли указы о возобновлении Юрьева дня как возврат к воле. Имея пустые житницы, они перестали вносить последние крохи в счет податей и оброков. Неповиновение голодающей деревни испугало власть имущих. В 1603 году правительство отказалось от всех сделанных ранее уступок и упразднило Юрьев день окончательно и бесповоротно. Надежды крестьян рухнули и уступили место ожесточению.

Многочисленные помещичьи холопы оказались в столь же трудном положении, что и крестьяне. Господа гнали их со двора, чтобы избавиться от лишних ртов. Холопы не получали при этом вольной. Лишившиеся пропитания люди заполонили все пути и дороги. Самые решительные из них стали вооружаться. Голодные мужики и холопы нападали на дворянские усадьбы, грабили господ на большой дороге, уходили в леса. В стране возгоралось пламя гражданской войны. «Разбои» появились в непосредственной близости от стен столицы. Царь Борис поручил борьбу с ними окольничему Бутурлину, одному из лучших воевод Ливонской войны. Бутурлин разослал дворянские отряды против «разбоев» в Коломну, Волоколамск, Можайск, Вязьму, Медынь, Ржев, Белую и другие уезды.

С мая 1603 года москвичи стали свидетелями невиданных военных приготовлений. Борис Годунов разделил столицу на двенадцать округов и вверил их попечению бояр и окольничих. Окольничий Иван Басманов охранял порядок на окраине «в деревянном городе». Осенью он отправился в поход на «разбоев», подбиравшихся к столице с запада. Воеводам прочих округов царь велел оставаться на месте. Он опасался восстания столичной бедноты. В бою с правительственными войсками «разбои» проявили упорство и смелость. Иван Басманов погиб, но мятежники потерпели поражение, их вождь Хлопко был взят в плен и повешен.

Волнения охватили многие уезды страны. «Разбои» казались неуловимыми. Они появлялись повсюду. В Москве власти вскоре поняли, что с помощью одних только военных мер им не удастся справиться с повстанческим движением. 16 августа 1603 года царь Борис посулил свободу кабальным людям, не получавшим пропитания от своих господ в годы голода. Восставшим холопам предлагали сложить оружие и явиться в Москву для получения отпускных в Приказе холопьего суда. Таким путем власти рассчитывали внести раскол в среду мятежников. Их расчеты оправдались, по крайней мере отчасти. К концу 1603 года мятеж пошел на убыль.