Алиев также постарался сделать все, чтобы не допустить военных действий между Нахичеванью и Арменией. После серьезных пограничных столкновений в мае 1992 года обе стороны решили, что им не следует открывать второй фронт в этой войне. Стремясь снять напряженность в приграничной области, Алиев ежедневно поддерживал телефонную связь с Ашотом Манучаряном, советником по национальной безопасности армянского президента. Манучарян регулярно обеспечивал Алиеву воздушный коридор для полетов из Нахичевани в Баку над армянской территорией. Ходили слухи, что когда в апреле 1993 года Алиеву надо было вернуться домой из Анкары, где он присутствовал на похоронах Тургута Озала, он позвонил Манучаряну домой, чтобы получить его разрешение на пролет над армянской территорией, но застал только его престарелую мать, с которой он уже разговаривал. Та пообещала передать его просьбу сыну, но не смогла найти его. Когда армянский истребитель поднялся на перехват самолета Алиева и пилот спросил, кто дал добро на его вхождение в воздушное пространство Армении, ответ был: «Мама Ашота!»».[106]

12 июня армянские части начали наступление на город Мардакерт.

15 июня 1993 г. Гейдар Алиев был избран председателем Верховного Совета Азербайджанской Республики, и согласно решению Национального Собрания с 24 июня приступил к исполнению обязанностей президента республики.

26 июня армянские войска взяли город Агдере. В ночь на 27 июня 1993 г. азербайджанские войска бежали из Мардакерта, а наутро туда вошли армяне.

11 августа армянская армия начала наступление на райцентры Физули и Джебраил. При этом только на физулинском направлении было задействовано не менее одного танкового батальона (до 35 танков Т-72). Через несколько суток военных действий азербайджанские части из-за отсутствия подкреплений и подвоза боеприпасов были истощены. 20 августа после упорных боев армяне заняли оборонявшийся ленкоранским батальоном райцентр Джебраил, ранее трижды переходивший из рук в руки. К 25 августа была оккупирована вся территория района общей площадью 1050 кв. км. 22 августа под давлением сил противника части 160-го азербайджанского полка и физулинской бригады были вынуждены оставить город Физули и одноименный район (площадь 1380 кв. км.).

В конце августа после перегруппировки армянская армия нанесла удар по сходящимся направлениям с территории Армении и Карабаха по Губадлинскому району Азербайджана. 31 августа райцентр Губадлы был взят; северная часть района была занята ко 2 сентября. Тем самым была ликвидирована сохранявшаяся в течение полутора лет угроза блокирования лачинского коридора азербайджанской армией.

В середине октября вооруженные силы Армении начали очередное наступление в районе населенного пункта Горадиз, расположенного на иранской границе. 23 октябре армянские части при поддержке 12 танков начали штурм Горадиза. Заняв этот важный транспортный узел, армяне отрезали Зангиланский район и ранее неоккупированную часть Джебраильского и Губадлинского районов от остальной территории Азербайджана. Оставшиеся в окружении немногочисленные подразделения зангиланского полка не смогли удержать растянутую линию фронта. Нанеся удар со стороны Кафана и Мегри с территории Армении, армянская бронетанковая колонна (до 40 единиц бронетехники) заняла 28 октября железнодорожную станцию Миндживан, а утром 1 ноября – райцентр Зангилан и прилегающие населенные пункты. Личный состав зангиланского полка отошел в Иран, переправившись вместе с боевой техникой и вооружением через реку Аракс.

Последняя фаза карабахской войны оказалась самой кровавой. В бой были брошены десятки тысяч молодых необстрелянных призывников. Численность азербайджанской армии была доведена до 100 тысяч, а армянской – до 35 тысяч человек.

Большинство армянских солдат были выходцами из Армении, чьи попытки отрицать, что она ведет войну с Азербайджаном, уже никого не убеждали. В любом случае карабахский армянин Серж Саркисян в августе 1993 г. стал министром обороны Армении, после чего грань между воюющими силами Армении и Нагорного Карабаха окончательно стерлась. В 1994 г. сотрудники правозащитной организации «Хьюман райтс уотч» опросили военнослужащих на улицах Еревана: 30 % опрошенных служили в регулярной армии Армении и воевали в Карабахе. Азербайджан призвал в свою армию от полутора до двух с половиной тысяч афганских моджахедов. Официальные лица отрицали их присутствие, но длинноволосые бородатые бойцы, некоторые в традиционной афганской одежде, так часто появлялись в Баку, что их участие в боевых действиях было секретом полишинеля.

Ожесточенные бои возобновились в декабре 1993 г. Армяне попытались продвинуться к востоку от Физули, но столкнулись с беспрецедентным сопротивлением и вынуждены были отступить. После этого Азербайджан атаковал на трех фронтах. Наступление на северо-востоке Нагорного Карабаха вынудило армян оставить ряд поселков в Мардакертском районе. На юго-востоке Азербайджан 6 января вернул железнодорожный разъезд Горадиз на Араксе и продвинулся на север в сторону Физули.

Крупнейшее азербайджанское наступление состоялось в новом 1994 году на северо-западе. Эта кампания, ставшая самой кровавой за всю историю карабахской войны, меньше всего освещалась прессой. Наступление развернулось в условиях жестокой зимы на опустошенной территории, которую покинуло все гражданское население. Оно началось, когда крупные войсковые силы переправились через высокие Муровские горы и Омарский перевал и двинулись в Кельбаджарский район. Поначалу азербайджанцы, которым на поле боя противостояли необученные призывники армянской Ванадзорской дивизии, добились быстрого успеха. 24 января они объявили об окружении и почти полном уничтожении армянского батальона численностью 240 человек близ поселка Чарплы.

К первой неделе февраля азербайджанцы вплотную приблизились к городу Кельбаджар. Однако они уже сильно оторвались от своих тыловых позиций, оставшихся по ту сторону Муровских гор, а армяне уже успели подтянуть для укрепления своих позиций более опытные части из Карабаха. 12 февраля армяне под сильным снегопадом перешли в контратаку. Азербайджанцы в панике бросились отступать, и в ходе этого отступления сотни молодых солдат замерзли до смерти или пропали без вести. К 18 февраля азербайджанские части отступали через Омарский перевал.

Две азербайджанские бригады оказались в окружении и попытались с боями прорваться на север через узкий перевал. Армяне обрушили на окруженные части шквальный огонь ракет «Град». Результат этого обстрела был ужасающий: в этой атаке они уничтожили до полутора тысяч солдат. Спустя несколько лет те, кто посещал Кельбаджарский район, находили в горах замерзшие трупы. Позже армяне собрали сотни военных билетов молодых азербайджанских солдат, погибших на Омарском перевале. Съемочная группа армянского телевидения засняла одну из самых щемящих иллюстраций той войны: ворох красных военных билетов, вываленных на длинный деревянный стол, – единственное, что осталось от десятков погибших молодых азербайджанцев.

В ночь на 10 апреля 1994 г. армяне начали очередное наступление. Удары наносились по трем расходящимся оперативным направлениям из района Агдере к городу Тертер, а также западнее (сектор Гюлистан – Талыш) и южнее этого населенного пункта. На основном участке были введены в бой до двух тысяч военнослужащих и 30 единиц бронетехники (в том числе 17 танков) из состава 83-й армянской мотострелковой бригады и степанакертского мобильного полка, поддержанные огнем ствольной и реактивной артиллерии. Несмотря на использование фактора внезапности, армянским войскам не удалось добиться расчленения боевых порядков азербайджанской армии, выйти на оперативный простор и создать условия для ввода в бой сил второго эшелона.