Тогда Мустафа приказал рабам из Марсамшетта волоком протащить 80 галер по самому узкому отрезку Шиберраса в Большую гавань; мыс Сенглея с суши могла атаковать армия, а с моря – флот. Брат Жан поспешно стал сооружать заграждение – железные цепи, закрепленные на кольях, вбитых в морское дно, и одновременно строить понтонный мост между Биргу и Сенглеей. 5 июля 70 турецких пушек открыли огонь по Сенглее, убивая женщин и детей на улицах. Поплыли минеры с топорами, чтобы разрушить заграждение, но их отогнали мальтийцы, вооруженные ножами, которые схватились с турками в воде. Затем прибыл Хасан-паша, молодой правитель Алжира, вместе с 2500 ветеранами-корсарами, которые посмеялись над тем, что сотворили турки со Святым Эльмом; Мустафа позволил им возглавить общий штурм 15 июля. О вражеских войсках турок, алжирцев и корсаров очевидец происходящего Бальби писал так: «Даже на рядовых были надеты алые одежды, и многие были в золотой и серебряной парче и алом дамасте. Вооруженные прекрасными фесскими мушкетами, александрийскими и дамасскими скимитарами, все они щеголяли великолепными тюрбанами». Хасан с половиной своих сил попытался захватить форт Святого Михаила, где Роблес разорвал их в клочья картечью; другие войска брели на берег со стороны моря, и де ла Валлетт отправил туда подкрепления по понтонному мосту. Тогда Мустафа послал 10 судов с янычарами, которые должны были высадиться на неохраняемой косе Сенглеи. Он не знал о скрытой у Сан-Анджело батарее. Когда суда приблизились, командующий батареей навел на них пять кулеврин, заряженных камнями, цепями и шипованными железными шарами, и дал по воде единственный залп с расстояния в 140 метров. Немногие уцелевшие после выстрела утонули. Этот отпор оказался спасительным. Через пять часов страшной резни Хасан начал отступать, после чего гарнизон Святого Михаила сделал вылазку вдогонку за турками; «Помните Святого Эльма!» – кричали братья и мальтийцы. Неверные оставили погибшими 4 тысячи человек, включая утонувших. Великий магистр выложил в церкви шесть захваченных турецких штандартов и приказал петь «Те Деум».

Турки не сдавались – они знали, что защитники находятся в отчаянном положении. Гарнизон поредел, припасы были почти на исходе. Враг продолжал беспощадный обстрел. Самая яростная канонада началась 2 августа – ее грохот доносился до самой Сицилии. Потом мусульмане бросились в новый общий штурм на Сенглею; они нападали на форт Святого Михаила пять раз за шесть часов – мальтийские женщины помогали отбивать врага, обливая его кипятком. 7 августа состоялся еще один общий штурм; Пияле атаковал Биргу с 3 тысячами человек, бросив их в брешь в бастионе Кастилии, где они и полегли под перекрестным огнем. Мустафа одновременно атаковал Сенглею, подбадривая свои войска, и они в конце концов взяли форт Святого Михаила. На этот раз бастион Кастилии удалось заминировать и взорвать, и осажденные потоком влились в зияющую брешь. Среди дыма и смятения многие решили, что пришел конец. Схватив шлем и полупику, брат Жан бросился в брешь. Взорвалась граната и ранила его в ногу, но он не пожелал уйти: «Мне уже 71 год – можно ли в моем возрасте умереть более славной смертью, чем среди братьев и друзей, служа Богу и защищая наш святой орден?» Ударный отряд был отброшен, но Сенглея и Биргу были готовы пасть. Всем раненым, находившимся в госпитале, которые могли стоять на ногах, пришлось защищать стены. Внезапно прозвучал сигнал к отступлению; паша подумал, что противник получил подкрепления. На самом деле из Мдины выехало несколько всадников, чтобы перебить раненых турок. Десять дней их разъяренные товарищи атаковали христиан ежедневно, и затем, 18 августа, начали новый общий штурм. 20 августа 8 тысяч турок снова были отброшены от форта Святого Михаила. Через три дня весь высший совет ордена высказался за отступление в Сан-Анджело. Но брат Жан не желал оставлять «своих верных мальтийцев, их жен и родных», ведь турецкие батареи в Биргу вскоре разрушат и Сан-Анджело – «здесь мы или умрем вместе, или прогоним врага». После этого он взорвал мост между Биргу и Сан-Анджело.

Нещадные обстрелы и атаки продолжались. Однако хотя гарнизон и находился в отчаянном положении, но в такой же ситуации оказались и турки: еда и боеприпасы кончались, так как корабли со снабжением были перехвачены христианскими корсарами. Стояло невозможно жаркое лето – осаждающих косила лихорадка, и они боялись чумы. Пушки выходили из строя, падал и боевой дух; пошли слухи, что рядом с де ла Валлеттом видели джиннов и ифритов – ведь он чародей на службе у шайтана. Новым офицерам пришлось гнать людей в атаку. Мустафа отозвал наступление на Мдину, правитель которой выставил на стены горожан в красных сюрко и велел стрелять из всех имевшихся у них ружей и орудий. 8 сентября христианский флот миновал Сан-Анджело, все корабли дали залп из трех пушек, и моряки Пияле-паши были слишком деморализованы для нападения. «По-моему, никакая музыка не могла принести больше успокоения человеческой душе, чем бой наших колоколов 8 сентября 1565 года, в Рождество Богоматери», – написал Франческо Бальби, который присутствовал на месте действия с начала до конца осады и оставил ее драматичное описание. «Великий магистр приказал звонить в то время, когда обычно звучал призыв к оружию, и три месяца мы не слышали ничего, кроме призыва к оружию. В то утро, однако, колокола призвали нас к богослужению, торжественной понтификальной мессе, которую отслужили очень рано, чтобы возблагодарить Бога и Пречистую Деву за ниспосланные нам милости» (мальтийские рыцари по-прежнему посещают «победную» мессу каждый сентябрь). Севернее высадились подкрепления, которые насчитывали не более 10 тысяч человек, однако включали рыцарей со всей Европы, даже одного из Англии. Когда Мустафа, который уже успел поднять паруса, увидел, как мало новоприбывших, он снова высадился на берег в бухте Святого Павла. Но его людей уже отбили: христианские войска врезались во вражеские ряды, и туркам удалось избежать полного разгрома только благодаря руководству Мустафы. Он и Пияле подавленно отправились в Константинополь; османские султаны редко прощали неудачи, и обычной карой была смерть. И из 40 тысяч атакующих – турок, алжирцев, берберов – уцелело только 10 тысяч. Сулейман пришел в ярость и прокричал: «Только со мной мои армии одерживают победы – следующей весной я сам завоюю Мальту!» Но он все же пощадил своих трепещущих военачальников.

Де ла Валлетт со всеми почестями принял задержавшегося вице-короля. Всего лишь 600 солдат могли стоять на ногах, чтобы приветствовать его; погибло более 2500 наемников и 250 братьев, помимо 7 тысяч мальтийских мужчин, женщин и детей. Но они были героями Европы. Пий V предложил брату Жану красную кардинальскую шляпу, которую тот вежливо отклонил, поскольку это потребовало бы от него поездок в Рим, а он не желал покидать обитель. Даже архиепископ Кентерберийский приказал служить благодарственные молебны. Король Филипп прислал почетный меч и 15 тысяч солдат для охраны острова, пока он не будет вновь укреплен; ради этой же цели владыки католических государств не пожалели многих прекрасных даров.

Теперь можно было построить настоящую обитель. Шиберрас стал участком для строительства Humilissima Civitas Vallettae – Скромнейшего города Валлетты, и работы начались в марте 1566 года. Брат Жан основал новый Иерусалим, Родос своей юности; он планировал построить церковь, госпиталь, дворец и обержи с коллахием, как на том потерянном, но все еще любимом острове Эгейского моря. На портрете преподобный Великий магистр изображен с задумчивым лицом, лицом аббата, и в самом деле Валлетта должна была в первую очередь стать монастырем, главным домом великого ордена. Магистр прожил еще два года, глядя, как его мечта, которую он «любил, словно дочь», принимает форму, и умер от удара в августе 1568 года. Его похоронили в новом доме его брать ев. Оливер Старки написал эпитафию: «Здесь лежит Валлетт, достойный вечных почестей, тот, кто был прежде ужасом Азии и Африки и щитом Европы, откуда своим священным оружием изгнал варваров, первый погребенный в своем возлюбленном городе, коего был основателем».