В 1564 году Ромегас перехватил большую турецкую каракку, шедшую из Венеции в Константинополь с грузом в 80 тысяч испанских дукатов. Поскольку корабль принадлежал кизляр-аге, начальнику черных евнухов, и доля груза принадлежала «императорским одалискам», в султанском дворце разразился большой скандал. Между тем пожилая турецкая «дама высокого звания», захваченная раньше, посылала с Мальты жалобные письма. Сулейман, уже старый, подавленный мятежом сына и смертью любимой жены, легко пришел в ярость; «даритель мира земного» не мог больше терпеть пиратов-неверных в «своем» турецком море. Тургут, неуязвимый противник братьев, преувеличивал их слабость, поэтому султан отправил своих военачальников совершить нападение на Мальту менее чем с 30 тысячами человек. Однако это были наилучшие воины имперской армии: во главе с 6 тысячами отборных янычар с длинными дамасскими мушкетами, за ними 9 тысяч сипахов, ударных войск, в резком контрасте, феодальные войска, которые, видимо, напоминали полки Порты, в алой, желтой или темно-синей парче, всадники с луками из рога, хотя у них были и ружья, и они умели драться пешими. Также с ними было 6 тысяч корсаров и моряков, не так великолепно обмундированных, и 3 с половиной тысячи ненасытных акинджи, добровольцев, которые занимались грабежами. Самыми грозными были 4 тысячи гази-дервишей, берсерков, употребляющих гашиш.

Этим войском командовали два военачальника: престарелый Мустафа-паша, ветеран Родоса, и молодой Пияле-паша, сербский найденыш, женившийся на османской царевне и ставший капудан-пашой, то есть главным адмиралом турецкого флота. В их штаб также входил Улудж Али, будущий герой Лепанто, и многие знаменитые корсары, но, несмотря на такие таланты и присутствие личного штандарта Сулеймана – большого серебряного диска с золотым шаром и полумесяцем и неизменными конскими хвостами, экспедиции сильно помешало это разделение командования. Однако пушки в 1565 году были эффективнее прежних, усовершенствовались и мушкеты, и янычары стали опытными стрелками; их оружие с длинными стволами и колесцовыми замками, сделанное в Константинополе немецкими оружейниками, заряжалось не так быстро, как более короткие европейские аркебузы, но било оно точнее. Шпионы сообщали, что артиллерия разрушит импровизированную оборону Мальты всего за несколько дней.

Агенты ордена не могли не заметить кипучую деятельность на верфях и в арсеналах Константинополя. Членов ордена вызвали из Европы, в подвалы, устроенные в скалах под Сан-Анджело, свезли большие запасы провизии и пороха. На Мальте осаждающие не могли с легкостью найти себе пропитание; крестьяне собрали все посевы и отравили колодцы, побросав в них паклю и гниющие потроха. Мдине, хорошо укрепленной, с гарнизоном из ополченцев, предоставили самой позаботиться о себе. В распоряжении брата Жана было 600 братьев – община из 474 рыцарей и 67 служащих братьев плюс новоприбывшие, а также 1200 итальянских и испанских наемников и 3000 мальтийских ополченцев. Других доступных войск, включая галерных рабов и греков – жителей острова, насчитывалось 1300 человек. Всего его силы составляли 6 тысяч человек, из которых меньше половины были профессионалами. А кроме того, сицилийский вице-король дал Филиппу II слово, что 25 тысяч человек придут на помощь обители.

Ополчение и наемники были пикинерами и аркебузирами, хотя у каждого был меч. Наемники, будучи профессионалами, носили морионы с высоким гребнем, нагрудники и наспинники, а также бедренные пластины. Ополченцев защищали только шлемы и кожаные безрукавки. Их офицеры-рыцари были вооружены палашом или рапирой и кинжалом, хотя некоторые братья предпочитали большой немецкий двуручный меч. У некоторых, возможно, был небольшой круглый баклер с шипом. Из охранявших стены многие были вооружены алебардами с крюками или абордажными баграми. Латы по-прежнему давали преимущество в рукопашном бою; большинство братьев, вероятно, носили полудоспехи для пешего боя, у некоторых были утолщенные «пуленепробиваемые» нагрудные пластины, у других – клепаные бригантины из ткани. Поверх надевали алый сюрко, что-то вроде камзола герольда, с большим белым крестом с квадратными концами вместо восьмиконечного с острыми. Сюрко Великого магистра был вышит золотом.

Орден представлял собой не обычную армию, а монастырь на войне, который следовал за своим преподобным магистром, и его руководство покоилось на духовном основании: братья, которые ослушивались начальников, ослушивались Иисуса Христа; они, как и прежде, были убеждены, что, погибая в битве с неверными, они отдают жизнь ради своего Спасителя, как и он отдал свою жизнь за них. Де ла Валлетт прекрасно понимал своих детей. Весной они собрались на капитул, чтобы услышать из его уст благородную проповедь: «Сегодня на кону стоит наша вера – должно ли Евангелие подчиниться Корану. Бог просит жизней, которые мы обещали ему при вступлении в орден. Счастливы те, кто сможет пожертвовать собою». Потом он и его братья прошли торжественной процессией в орденскую церковь, где все вновь принесли данные раньше обеты, прослушали богослужение и причастились; это было общее причастие религиозного братства, которое снова посвятило себя Богу, поскольку его членам вскоре предстояло исполнить свое призвание – умереть за Христа, защищая христиан.

В основном обитель защищало море. Крепостные валы не отвечали задаче, но земляные укрепления – рвы, траншеи, насыпи – были превосходны, с весьма разумно размещенной артиллерией. Форт Сан-Анджело на окончании северного полуострова имел два яруса батарей и был укомплектован 500 солдатами и 50 братьями под командой самого де ла Валлетта, который сделал его своим командным пунктом. Остальной полуостров охраняли стены Биргу и несколько меньших бастионов, связанных траншеями, хотя оборона со стороны суши была слабее и полагалась на земляные укрепления, где стояли французские ланги. Немцы взяли на себя берег, а кастильцы защищали уязвимый угол с юга. Между бастионом Кастилии и госпиталем находился «пост Англии» – там стояли рыцари из нескольких стран под началом Оливера Старки. Сенглея, южный полуостров, была еще лучше защищена морем, имела четыре бастиона, которые обороняли итальянцы, а арагонцы находились в форте Святого Михаила со стороны суши. Форт Святого Эльма у подножия Монте-Шиберрас, имевший форму четырехконечной звезды, был возведен на камне плохого качества, но усилен приподнятой огневой позицией (кавальером) со стороны моря и внешними траншеями и равелином со стороны Марсы. Обычно там находились только 80 человек, но теперь гарнизон увеличили до 300, которыми командовал брат Луиджи Бролья, старый командор и бейлиф, а также к нему присоединился более молодой брат Хуан де Эгуарас, бейлиф Негропонта.

18 мая 1565 года показалась турецкая армада: 180 боевых кораблей, не считая грузовых судов, с почти 30 тысячами разгоряченных солдат и плавучей артиллерией. Турки бросили якорь в открытой бухте Марсашлокк. Мустафа хотел штурмовать Мдину, но Пияле боялся за свои корабли и настоял на том, чтобы первым взять форт Святого Эльма, господствовавший над входом в Марсамшетт, идеальную гавань. Турки обложили маленький форт, и 25 мая батареи открыли огонь; среди их пушек было десять 80-фунтовиков и василиск, стреляющий ядрами весом более 70 килограммов. Жан бросил на защиту 64 братьев и 200 наемников под началом Пьера де Массюэ Веркуарана по прозвищу «полковник Мас». Защитники несли тяжелые потери, и старый Бролья вскоре запросил у де ла Валлетта новых подкреплений; его гонец брат Хуан де ла Серда сказал священному совету, что Святой Эльм долго не продержится. Рассерженный магистр объявил, что намерен взять командование на себя, но в конце концов отправил туда брата Гонсалеса де Медрана с 200 солдатами и 50 рыцарями. К 29 мая турки захватили внешнюю траншею. Потом, 2 июня, прибыл Тургут, которому было уже 80 лет, с 1500 корсарами и новыми пушками. Он осудил план Пияле-паши сосредоточиться на форте Святого Эльма, однако понимал, что, если турки его оставят, это чрезвычайно плохо скажется на боевом духе войск. Он направил свои орудия на мыс Гэллоус, обрушив на маленький бастион еще более яростный обстрел.