Заочный суд над Туполевым и его соратниками состоялся лишь в мае 1940 года. Почти все получили по десять лет и по пять лет поражения в правах.

«Нет, меня не били, только подолгу держали на стойке, а ведь мне тяжело, я грузный. Стоишь, а следователь бубнит свое: „Пиши, б…, кому ты продал чертежи?! Сколько тебе заплатили? Пиши, не стесняйся, твои дружки Архангельский, Сухой, Петляков, Мясищев давно раскололись и продали тебя. Один ты упорствуешь, колись, самому легче будет“… Стоишь и думаешь: „Прости им, Боже, ибо не ведают, что творят“», — писал, ссылаясь на слова Туполева, Л. Л. Кербер.

«Хитроумные» следователи угрожают Туполеву, что если он не признается, не возьмет на себя предъявленного обвинения, то жену его также отправят в лагерь, а малолетних сына и дочь — в детские дома. Туполев «признался». Хотя, возможно, после ареста ему были открыты все карты.

Была арестована для дознания и супруга Юлия Николаевна. Некоторое время она провела в камере предварительного заключения, ее допрашивали. Конечно, это было тяжелое испытание, наложившее отпечаток на всю ее жизнь. Именно там, в тюрьме, Юлия Николаевна стала заядлой курильщицей, что в конце концов стало причиной ее серьезных проблем со здоровьем и горестного недовольства Андрея Николаевича, активно неприемлющего «курежа». На протяжении всей их совместной жизни Юлия Николаевна, однако, никогда не курила в присутствии супруга.

Следствие по делу Туполева было закончено в апреле 1938 года, он был переведен в Болшево, в ЦКБ № 29, располагавшееся в бывшей трудкоммуне ОГПУ. Этот лагерь был своего рода сборно-распределительным пунктом для арестованных специалистов. Отсюда их направляли по тюремным НИИ и КБ — шарагам.

Территория Болшевского лагеря занимала большой массив соснового бора, огороженного глухим забором с колючей проволокой. На территории лагеря помимо хозяйственных построек располагались три больших здания — «барака». Один был спальным корпусом, второй, оборудованный столами и кульманами, рабочим зданием и третий — столовой.

М. Б. Саукке, ссылаясь на воспоминания сотрудника А. Н. Туполева А. П. Алимова, пишет:

«К осени 1938 года в Болшево был доставлен в „черном вороне“ арестант Туполев. Встретил его Алимов… Вскоре работы по проекту Бартини были прекращены и все начали работать над заданием, полученным Туполевым от самого Берии».

«…15 апреля 1939 года[48] часов в одиннадцать по рабочему бараку прошел слух: „Привезли Туполева“. Имя Туполева было известно хорошо не только нам, авиационникам, но и широкому кругу советских людей, — вспоминал позднее один из ближайших помощников Туполева С. М. Егер[49]. — Послали выяснять у Ораса, но посланные опоздали — к нам из спального барака уже шли Андрей Николаевич Туполев, академик Александр Иванович Некрасов и Александр Васильевич Надашкевич, бывший заместитель Туполева по вооружению самолетов. Туполев и Надашкевич имели усталый, измученный вид, но держались бодро; Александр Иванович Некрасов был плох…

Это моя третья встреча с Андреем Николаевичем. Он очень похудел — одежда висела на нем мешком. Но по-прежнему ясны глаза и по-прежнему ослепительна лысина, переходящая со лба к затылку в форме яйца и обрамленная сбоку и сзади изрядно поседевшими волосами. Туполев внимательно знакомится с каждым из нас девятерых, из которых только два конструктора — Бартини и я, молодой инженер со стажем чуть более шести лет, всего два с половиной года назад окончивший МАДИ.

Примерно через 2–3 дня нас собрал куратор (Иван Иванович Устинов), с которым приехал заместитель начальника особого отдела НКВД Григорий Яковлевич Кутепов. Кутепов объявил, что техническим руководителем группы назначен А. Н. Туполев. Мы обязаны выполнять все его указания. Все стало ясным.

Шли дни. Андрей Николаевич не вмешивался в нашу работу. Ходил, присматривался.

Сразу после 1 мая Андрей Николаевич подошел к моей доске и сказал:

— Снимай эту чушь! Будем проектировать другой самолет.

С грустью откалывал я свою первую после годичного перерыва работу».

Написавший эти строки С. М. Егер, талантливый инженер и конструктор, проработавший с Туполевым, по его собственным словам, «с апреля 1939-го по день его смерти в декабре 1972 года», после войны — самый молодой из соратников Туполева, впоследствии — заместитель Генерального конструктора, ценнейший работник «туполевской фирмы», первоначально компенсировал свою молодость излишним упрямством.

«Сережка-то? Талантливый, молодой — упрямый. Требует особого ключика, или, как решали другие, надо жаловаться на него Андрею Николаевичу», — говорил о С. М. Егере Г. А. Черемухин.

Здесь, в Болшеве, сложилось ядро ЦКБ-29. «Кого там только не было: корабелы, танкисты, артиллеристы, химики, — вспоминал А. Н. Туполев. — Так вот, через пару дней меня вызвали к начальству, и получил я первое задание — составить список известных мне арестованных специалистов. Откровенно говоря, я был крайне озадачен. Всех арестованных до меня я знал, а после? Не выйдет ли так, что по моему списку посадят еще, Бог знает, сколько народу? Поразмыслив, я решил переписать всех, кого я знаю, а знал-то я всех. Не может же быть, чтобы пересажали всю авиапромышленность? Такая позиция показалась мне разумной, и я написал список человек на 200… Оказалось, что за редким исключением все они уже за решеткой».

Находясь в заключении, Андрей Николаевич сумел сохранить и личную независимость, и настойчивость в достижении своих решений. Он твердо требовал привлечения к «своим» работам коллективов ЦАГИ, ЦИАМ, других институтов и конструкторских бюро. По его требованиям ведущие специалисты многих иных отраслей при необходимости приезжали в его ОКБ.

Пятидесятилетие Андрея Николаевича Туполева 29 октября 1938 года было скромно отмечено за столом общего зала столовой в Болшеве. По желанию юбиляра к торжественному обеду были приобретены яблоки апорт.

В апреле 1939 года коллектив Туполева был возвращен в Москву, в недавно отстроенное здание КОСОС (ныне набережная Академика Туполева), поближе к опытному производству, где он возглавил один из четырех конструкторских отделов в ЦКБ-29 при Заводе опытных конструкций ЦАГИ (ЗОК № 156). Начальником ЦКБ-29 НКВД был полковник НКВД Г. Я. Кутепов, ранее работавший техником по вооружению самолетов на одном из авиационных заводов.

На шестом этаже здания, в Дубовом зале с балконом, построенном для приема гостей и проведения важных совещаний, разместилась спальня, где, рядом с тремя десятками других, стояла кровать и тумбочка А. Н. Туполева; на крыше был оборудован прогулочный дворик — «обезьянник».