Пострадала и старомосковская знать (Шереметевы, Морозовы, Головины), но гораздо меньше, чем Владимиро-Суздальская, так как старомосковское боярство происходило не от удельных князей-рюриковичей и потому не могло претендовать на политическую власть. Здесь основной целью была конфискация родовых вотчин и перевод их в фонд поместного землевладения.

В соответствии с указом об опричнине территория государства была разделена на две части ― государев удел (опричь), опричные области, подчиненные Царю, и земщину, где правила Боярская дума и земские бояре. В государевом уделе были созданы «свои» дума, приказы («кельи»), личная гвардия Царя — опричники (до 1 тыс. опричников в начале и к концу опричнины — до 6 тыс.).

Можно сказать, что опричники являли собой военно-монашеский орден, предназначенный для защиты единства государства и чистоты веры. Александровская слобода была перестроена и являлась внешне и внутренне подобием монастыря. При поступлении на опричную службу давалась клятва, напоминавшая монастырский обет отречения от всего мирского.

Жизнь в этом мирском монастыре регламентировалась уставом, составленным лично Иоанном, и была строже, чем во многих настоящих монастырях. В полночь все вставали на полунощницу, в четыре утра — к заутрене, в восемь начиналась обедня. Царь показывал пример благочестия: сам звонил к заутрене, пел на клиросе, усердно молился, а во время общей трапезы читал вслух Священное Писание. В целом богослужение занимало около девяти часов в день.

Многие историки пытались и пытаются представить все это ханжеством, но не могут подтвердить свои обвинения реальными фактами. Тем, кто твердит о ханжестве, предлагаем пожить «по-царски» хотя бы месяц, чтобы убедиться, что без глубокой веры подобный ритм жизни просто невозможен. А ведь Иоанн жил так годами! (В. Манягин. Правда Грозного Царя).

Опричник олицетворял в себе небесного воина-монаха и земного воина-князя. Частое причащение Христовых Тайн давало большую духовную силу.

На борьбу Иоанна Грозного с боярами народ смотрел как «на выведение измены». Народ чуял, что противники Иоанна Грозного изменяли народным идеалам о верховной власти, вне которых народ не представлял себе Святой Руси. Святая Русь, какой грезилось всегда народу Русское государство, не может опираться на безбожные принципы власти, на многомятежное человеческое хотение. Народ глубоко инстинктивно чувствовал, что ждать добра от власти, которая опирается на одни человеческие желания, не приходится.

Царь в представлении народа должен не только миловать, но и карать. Поэтому Царь не может отличаться только одной кротостью. «Овых милуйте рассуждающее, овых страхом спасайте», — говорит Грозный. «Всегда Царям подобает быть обозрительными: овогда кротчайшим, овогда же ярым; ко благим убо милость и кротость, ко злым же ярость и мучение; аще ли сего не имеет — несть Царь!» Обязанности Царя нельзя мерить меркой частного человека. «Иное дело свою душу спасать, иное же о многих душах и телесах пещися». Нужно различать условия. Жизнь для личного спасенья — это «постническое житье», когда человек ни о чем материальном не заботится и может быть кроток, как агнец. Но в общественной жизни это уже невозможно. Даже и святители, по монашескому чину лично отрекшиеся от мира, для других обязаны иметь «строение, попечение и наказание». Но святительское запрещение — по преимуществу — нравственное. «Царское же управление требует страха, запрещения и обуздания. Царь сам наказуется от Бога, если его «несмотрением» происходит зло.

Власть столь важная должна быть едина и неограниченна. Если управляемые будут не под единой властью, то хотя бы они в отдельности были и храбры и разумны, общее правление окажется «подобно женскому безумию». (В. Манягин. Правда Грозного Царя).

Государственной (административной) целью опричнины было уничтожение родовитого боярства, ориентированного на сепаратизм и удельные притязания, и замена его дворянством — новым сословием служилых людей, награждаемых государем исключительно за верную службу государству.

Стремление создать особое войско, непосредственно подчиненное Царю, было связано еще и с тем, что Иван Грозный сталкивался с притязаниями боярской верхушки на власть, а влиятельные боярские семьи имели собственные наемные вооруженные отряды, что могло привести к попыткам насильственного захвата власти.

Однако, кроме борьбы с княжеским сепаратизмом, опричнина выполняла и иную задачу.

Царю пришлось бороться против ереси жидовствующих, которая пустила корни во многие поры русского общества. Особенно заражена ею была боярская верхушка и высшая московская служилая бюрократия. В этих условиях Царю Ивану требовался охранный корпус, не зараженный ересью. (Игорь Фроянов. Сталин и Грозный, Советская Россия. 29 июня 2005).

«Опричнина» замышлялась и осуществлялась царем по совету с державным духовенством иосифлянского направления, то есть учениками и последователями преподобного Иосифа Волоцкого (борца с ересью жидовствующих) и считалась чрезвычайным церковно-государственным мероприятием по образцу апокалипсической священной войны с силами антихриста. Вот почему противоречивые и непонятные действия опричников и самого Царя, соблюдавших в Александровской слободе монастырский устав, но в то же время казнями выводивших крамолу на Русской земле, находят объяснение, если посмотреть на них под новым углом зрения (Н. А. Веселова. Оклеветанные историей: Иоанн IV (Грозный)).

Опричнина была войной против хазарской антисистемы как главной силы антихриста, ополчившейся на Святую Русь. Эта война на протяжении всей истории нашего государства не прекращалась никогда, то вспыхивая, то затихая. Первые бои в этой войне дал русский Царь Иван Грозный, создавший опричнину и опричное войско, явивший нам пример бдительности, мужества, жертвенности и сумевший одержать первые победы во славу России.

Этим примером он показал нам, своим потомкам, чтобы мы не отчаивались, видя страшное коварство и силу врага, а вступали с ним в бой, помня, что Христос сильнее антихриста, что Он его победит и уже побеждает через Свои силы.

Опричное войско стало такой силой. Если мы страшимся врага и не вступаем с ним в борьбу, то в душе сомневаемся в силе Христа, а значит, впадаем в ересь жидовствующих, которые внушают, что Христос царствует только на небе, а на земле царствует зло. Следовательно, бесполезно вступать с этим «правителем» в борьбу, потому что сила и власть на его стороне, поэтому нужно ему покориться. Иван Грозный, несмотря на все жертвы, его самого, его семьи, даже рода, «отвергшись себя», не сломался, не убоялся, остался верным Богу до смерти, вступил за веру в бой и победил.

Все свидетельства о жестокостях опричных казней известны только из описаний непримиримых противников Грозного, изменивших ему, таких, как князь Курбский, Таубе, Краузе. Каждый смертный приговор выносился только в Москве и утверждался лично Царем, а приговор князьям и боярам обязательно утверждался Боярской Думой.