Архиепископ Дмитрий (Сеченов) в 1742 году в присутствии императрицы заявил в проповеди, что со времени смерти Петра Великого и Екатерины находившиеся у власти недруги «прибрали все отчество наше в руки, великий яд злобы на верных чад российских отрыгнули, коликое гонение на церковь Христову и на благочестивую веру воздвигли».

Подобные заявления находили у благочестивой императрицы угодный для духовенства отклик. Один за другим последовали указы о предоставлении белому духовенству льгот, освобождение их дворов от постоев воинских команд; освобождение от несения караульной службы по ночам; освобождение от необходимости участвовать в тушении пожаров; освобождение от наказания священнослужителей и монахов за ложный донос по «слову и делу». В знак особого уважения к Троице-Сергиеву монастырю он в 1744 году именным указом был переименован в Троице-Сергиеву лавру. Изменение названия одной из Древнейших обителей сопровождалось предоставлением ей ряда существенных льгот. Так, лавра освобождалась от уплаты пошлин за покупаемые на Украине три тысячи ведер вина в год, от уплаты налогов за принадлежавшие ей мельницы, а ее подворья в Москве и Петербурге — от постоев воинских команд и др.

Особое попечение о духовенстве императрица выказала в изустном указе, объявленном Синоду 27 мая 1743 года Троицким архимандритом Кириллом Флоринским: «Ежели какие о делах синодальных доклады быть имеют к подаче ее императорскому величеству от Святейшего Синода, то отправлять оные с синодальными членами».

Набожность императрицы усиливали еще два лица из ее окружения: ее духовный отец протоиерей Федор Дубянский, пользовавшийся огромным на нее влиянием, и фаворит А. Г. Разумовский, проникшийся глубоким уважением к духовенству, поскольку в детские и юношеские годы приютивший его дьячок помог ему овладеть грамотой, нотным пением и тем помог ему войти «в случай».

Подобная обстановка отнюдь не содействовала развитию секуляризационного процесса. После вступления на престол Елизаветы Петровны Синод добивается ликвидации Коллегии экономии и создания вместо нее Канцелярии синодального экономического правления. Дело здесь не в смене вывесок, а в существенном сужении прав нового учреждения. Канцелярия лишилась самостоятельности, которой располагала Коллегия экономии, и превратилась в придаток Синода. Новое положение Канцелярии определялось и ее составом, укомплектованным духовными лицами.

Синоду, однако, и при Елизавете Петровне не удалось стать полновластным и бесконтрольным хозяином вотчин. Тому мешал назначенный императрицей обер-прокурором Синода князь Яков Петрович Шаховской. Манера деятельности Шаховского оказалась сродни деятельности первого генерал-прокурора Сената Павла Ивановича Ягужинского. Оба они прониклись идеями служения государству и неукоснительного соблюдения его интересов, оба добились уважения к своей должности и блюли ее престиж, оба не опасались вступить в единоборство с сильными персонами, если те покушались на интересы казны. Словом, энергичный и неустрашимый Шаховской выполнял в Синоде такие же функции «ока государева», какие в свое время выполнял в Сенате Ягужинский. В этой связи отметим одну существенную особенность условий деятельности Шаховского: на Ягужинского, пользовавшегося полным доверием императора, по чьей инициативе была учреждена должность генерал-прокурора, Сенат не осмеливался жаловаться. На Шаховского Синод, осведомленный о набожности императрицы и ее фаворита и имевший к ней доступ, получил право подавать жалобы, просить о его отставке. В своих знаменитых «Записках» князь Шаховской красноречиво описал столкновения с Синодом, объективно отражавшие борьбу светской власти с духовной за церковное землевладение.

Чиновники Синода встретили появление обер-прокурора в конце 1741 года «почтительно», а члены Синода — даже «ласково». Вскоре те и другие обнаружили в обер-прокуроре служебное рвение, нарушавшее их спокойную и безмятежную жизнь. По мере того как Шаховской глубже вникал в суть синодских дел, росли его претензии к членам Синода, вызывавшие конфликтные ситуации. Первая из них связана со стремлением обер-прокурора сделать вычет у членов Синода, ухитрившихся в нарушение указов получать наряду с жалованьем из казны денежные суммы от епархий и монастырей. Императрица поддержала законность действий Шаховского, и, по его подсчетам, эти действия сэкономили казне более 100 тысяч рублей.

Члены Синода отплатили обер-прокурору взаимностью: перестали выдавать ему жалованье из синодальных доходов на том основании, что они не имеют на этот счет точного указа. Шаховской пожаловался императрице. Судьба жалобы высвечивает, с одной стороны, стремление ущемить интересы строптивого обер-прокурора, а с другой — присущее императрице беспечное отношение к делам. Истекло четыре месяца, а жалоба оставалась без ответа. Во время очередной встречи, а они происходили довольно часто, Елизавета заявила: «Я виновата, все позабываю о твоем жалованье приказать». Спустя два месяца императрица, встретившись с Шаховским, опять сказала: «Вот я забыла о вашем жалованье». На этот раз вопрос был решен на месте: она позвала сенатского обер-секретаря и велела ему объявить Синоду, чтобы тот без задержки платил жалованье Шаховскому.

Еще один конфликт возник в связи с попыткой членов Синода замять безнравственный поступок одного архимандрита, застигнутого с грешницей в бане и доставленного крестьянами в Синод. Началось следствие. Поначалу монах «чистосердечно в том во всем в сходственность, как на него те крестьяне и девка, с одной постели с ним взятая, показали, признался и, повергая себя на землю, в чувствительном о том сожалении и раскаянии являясь, просил Божеского помилования».

Синодалы решили уговорить обер-прокурора «об оном монахе дело уничтожить и приличным образом скрыть от большого разглашения». Яков Петрович наотрез отказался выполнить их просьбу. Тогда они прибегли к коварному и безнравственному способу выручить из беды виновника и одновременно отомстить обер-прокурору за его упрямство: они научили архимандрита отказаться от первоначальных показаний. Призванный на повторный допрос в Синод, он объявил, что во время первого допроса признал себя виновным, находясь в крайнем «духа своего смятении… винился в грехопадении с какою-то девкой, с коею де злодеи мои крестьяне невинно меня ополичили и поругательно с нею чрез всю Москву в Святейший Синод везли». Синодалам показалось убедительным заявление обвиняемого о том, что он признание вины совершил «в смятении и в исступлении ума», и они сочли возможным закрыть дело, но обер-прокурор заявил протест. Члены Синода, однако, «нашли способы ее величеству внушить и о своей по тому делу чувствительности, что оным размышлением теперь всенародное посмеяние всему их сану происходит, так что, когда из оных кто по улице едет, то нарочно пальцами указывают».

Императрица сочла доводы членов Синода убедительными и велела «тех мужиков, кои так оного архимандрита обругали, отослать для наказания в губернскую канцелярию, а девку, которая по их научению архимандрита поклепала, наказать в Синоде и послать на покаяние в монастырь, оного же архимандрита, для отвращения соблазна и чтобы тем воспоминания о его истории менее было, отдалить в другой монастырь».

Эпизод вызвал охлаждение императрицы к обер-прокурору, оказавшееся, правда, непродолжительным. Яков Петрович, улучив момент во время аудиенции у императрицы, рассказал ей подлинную суть дела. Елизавета в ответ сказала ему: «Боже мой! Можно ль мне было подумать, что меня так обманывать отваживались?! Весьма о том сожалею, да уже пособить нечем».