Великий магистр иоаннитов, Вилларе, собрав на Кипр всех рыцарей своего ордена из разных государств, положил начало могущественному флоту ордена, при помощи которого в 1309 году завоевал остров Родос (в Средиземном море около берегов Малой Азии), куда Орден и перешел с острова Кипра.

XV век был наиболее блестящим в истории Ордена. С уничтожением в 1312 году Ордена рыцарей–тамплиеров иоанниты унаследовали от них Кипр и несколько других островов. Сильный флот дал им возможность завоевать земли в Малой Азии около Смирны и Галикарнасса. Около середины XV века египтяне начали высылать свой флот для борьбы с рыцарями. В 1444 году они в первый раз напали на остров Родос, но были отражены. В 1479 году армия султана Магомета II в 100 000 человек вновь отправилась к острову Родос, но, несмотря на ряд штурмов, была отбита. В XVI веке внутри Ордена начинаются раздоры и значение его постепенно падает. В 1521 году великим магистром был избран Филипп Виллье де Лиль Адан. Канцлер Ордена Амораль, сам рассчитывавший быть избранным, решил отомстить Ордену и через одного еврея сообщил туркам детали положения гарнизона острова Родос В 1522 году султан Солиман II подошел к острову Родос на 400 кораблях с войском в 140 000 человек. У Ордена было всего 603 рыцаря и 4500 человек пехоты, но, несмотря на такое несоответствие сил, оборона тянулась полгода. Великий магистр надеялся, что христианские государства помогут Ордену, но надежда его не оправдалась и 1 января 1523 года состоялась капитуляция острова Родос Остатки рыцарей Ордена иоаннитов перебрались сперва в Мессину, оттуда в Чивитта–Векию и, наконец, на остров Мальту, который получили в дар, вместе с Гоцо и Трипполи, с обязательством защищать берега от набегов мусульманских корсаров. С 1530 года, когда Орден прочно устроился на Мальте, рыцари получили название мальтийских. Реформация (ересь Лютера) лишила Орден богатых имений в Англии, Нидерландах и в Скандинавии, а изменившаяся обстановка жизни в европейских государствах значительно сократила приток к Ордену новых сил.

Внутреннее устройство Ордена к этому времени было таково: во главе стоял Великий магистр, избираемый рыцарями пожизненно; все остальные члены Ордена делились на восемь «наций»: Прованс, Овернь, Франция, Италия, Аррагония, Кастилия с Португалией, Германия и Англия. Во главе каждой «нации» стояло особое выбранное лицо, которое вместе с тем занимало одну из крупных должностей в Ордене. Прованс давал Великого командора (главный казначей), Овернь — Великого маршала (начальника пехоты), Франция — Госпитальера (заведующего благотворительными и странноприимными учреждениями Ордена), Италия — Великого адмирала (командующего флотом), Аррагония — Великого консерватора (министра внутренних дел), Кастилия с Португалией — Великого канцлера (министра иностранных дел), Германия — Великого бальи (начальника всех фортификационных сооружений), Англия—Туркопилера (командующего конницей). Главы «наций», под председательством Великого магистра, составляли Тайный совет Ордена.

Каждая «нация» делилась на Великие приорства, баллии и командорства. Весь XVI век Мальтийские рыцари вели героическую борьбу с турками и продолжали расширять свои владения, завоевав Коринф, Лепанто и Патрас.

С конца XVI века Орден испытывает все большее и большее вмешательство папской власти, и к началу XVII века папский инквизитор, живший на острове Мальта, захватил право выдавать патенты на звание мальтийского рыцаря.

Сношения мальтийских рыцарей с Россией начались при Великом магистре Раймунде де Рокафуль (1697—1720), когда возникли ничем не кончившиеся переговоры о союзе против турок. Более действительными оказались сношения, завязанные Великим магистром принцем де Роган (1775— 1797). По завещанию князя Осгрожского, большая часть его земель, при прекращении мужского потомства, должна было перейти к Мальтийскому ордену, образовав особое Великое приорство. Завещание это вызвало долгие споры, но Императрица Екатерина II поддержала права Ордена и еще увеличила земли нового Великого приорства, присоединив к ним владения изгнанных из России иезуитов.

Французская революция, объявив борьбу духовенству и дворянству, тяжело обрушилась на мальтийских рыцарей. Декретом Конвента от 19 сентября 1792 года имения Мальтийского ордена во Франции были конфискованы, а рыцари изгнаны из пределов государства. В это тяжелое время Мальтийские рыцари получили неожиданную могущественную помощь от Императора Павла I.

По докладу посланника Ордена в С.–Петербурге, капитана 2–го ранга графа Литты, 4 января 1797 года было Высочайше разрешено учредить в России Великое приорство Ордена с 13–ю командорствами, одаренными землями и деньгами. Русское Великое приорство было присоединено к Англобаварскому языку («нации»), чтобы не нарушать организации Ордена. В 1798 году манифестом своим Император Павел I объявил об установлении в России Ордена Святого Иоанна Иерусалимского. Орден делился на 2 приорства (православное и римско–католическое). Великий приор, 2 приора и 98 командоров должны были быть обязательно русскими подданными и иметь не менее 150 лет дворянства, полученного за военные заслуги и сверх того сделать взнос в Орденскую казну. Для получения командорства требовалось, кроме того, сделать не менее 4–х кампаний, по 6–ти месяцев каждая, в русских армии или флоте, назначенных в состав Ордена Святого Иоанна Иерусалимского.

От Гвардии в Орден был зачислен Кавалергардский полк, а от флота в Черном море была сформирована специальная эскадра, плававшая под флагом Ордена рыцарей Святого Иоанна Иерусалимского (темно–малиновое полотнище и на нем белый Мальтийский восьмиконечный крест).

Средства, жалуемые Ордену, были по Высочайшему повелению увеличены. Вихрь революции во Франции в это время заканчивал разрушение Ордена.

В 1798 году Генерал Бонапарт (впоследствии император французов), на пути в Египет, 12 июня без боя овладел островом Мальтой. Великий магистр Ордена Гомпеш был низложен. В декабре того же года мальтийские рыцари собрались для избрания нового Великого магистра.

Рыцари не забыли благодеяний, оказанных им Россией в тяжелые годы Французской революции, и наметили на пост Великого магистра Русского Императора. Часть рыцарей, несмотря на умелую политику помянутого выше графа Литты, на это не согласилась, полагал, что Великим магистром Ордена не могло быть лицо православного вероисповедания. Тем не менее 16 декабря 1798 года Государь Император Павел I оказался избранным и Высочайше повелеть соизволил прибавить к своему титулу слова: «Великий Магистр Ордена Святого Иоанна Иерусалимского».

В России эта связь католического рыцарского Ордена Святого Иоанна Иерусалимского с православным Русским Государем осталась до 1917 года в виде целого ряда особенностей в учреждениях, связанных с памятью покойного Государя Императора Павла I. Так, все лица, окончившие полный курс наук в Пажеском Его Императорского Величества корпусе, в здании которого помещалась часовня и управление Ордена рыцарей Святого Иоанна Иерусалимского в С–Петербурге, был присвоен особый нагрудный знак в виде восьмиконечного белого эмалевого мальтийского креста Линейный корабль «Император Павел I» получил право иметь флюгарки на шлюпках темно–малинового цвета с белыми мальтийскими крестами, а пробки на орудиях из красной меди с накладными из латуни мальтийскими крестами. Кавалергардский Ея Императорского Величества Государыни Императрицы Марии Феодоровны полк, вместо обычной полковой печати с Государственным малым гербом, имел печать особую с изображением мальтийского креста.